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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21196 | ||||||||||||
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タイトル | ClpP from N. meningitidis | ||||||||||||
マップデータ | ClpP from N. meningitidis | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ripstein ZA / Vahidi S / Kay LE / Rubinstein JL | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: A processive rotary mechanism couples substrate unfolding and proteolysis in the ClpXP degradation machinery. 著者: Zev A Ripstein / Siavash Vahidi / Walid A Houry / John L Rubinstein / Lewis E Kay / 要旨: The ClpXP degradation machine consists of a hexameric AAA+ unfoldase (ClpX) and a pair of heptameric serine protease rings (ClpP) that unfold, translocate, and subsequently degrade client proteins. ...The ClpXP degradation machine consists of a hexameric AAA+ unfoldase (ClpX) and a pair of heptameric serine protease rings (ClpP) that unfold, translocate, and subsequently degrade client proteins. ClpXP is an important target for drug development against infectious diseases. Although structures are available for isolated ClpX and ClpP rings, it remains unknown how symmetry mismatched ClpX and ClpP work in tandem for processive substrate translocation into the ClpP proteolytic chamber. Here, we present cryo-EM structures of the substrate-bound ClpXP complex from at 2.3 to 3.3 Å resolution. The structures allow development of a model in which the sequential hydrolysis of ATP is coupled to motions of ClpX loops that lead to directional substrate translocation and ClpX rotation relative to ClpP. Our data add to the growing body of evidence that AAA+ molecular machines generate translocating forces by a common mechanism. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21196.map.gz | 14.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21196-v30.xml emd-21196.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21196.png | 78.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21196 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21196 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21196_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21196_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21196_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21196 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21196 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21196.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ClpP from N. meningitidis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ClpXP complex
全体 | 名称: ClpXP complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ClpXP complex
超分子 | 名称: ClpXP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Complex formed between ClpX hexmers and a ClpP tetradecamer |
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由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Bl21(DE3) / 組換プラスミド: pet28a |
分子量 | 理論値: 860 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 8.5 構成要素:
詳細: Buffer pH was measured as 8.2 at room temperature corresponding to a pH of 8.5 at 4 degrees, the temperature at which the complex was held before vitrification | ||||||||||
グリッド | 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 30.0 nm / 詳細: unspecified | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Blotted for 15 seconds at an offset of -5 mm. | ||||||||||
詳細 | Mono-disperse complexes |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 77.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3776 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 122 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 25000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |