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万見
- EMDB-21176: EM-Based Polyclonal Epitope Mapping. ConM-SOSIP Complexed with Pu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21176
タイトルEM-Based Polyclonal Epitope Mapping. ConM-SOSIP Complexed with Purified Polyclonal Fab (Grp 1, ID r2382, Wk4)
マップデータEM-Based Polyclonal Epitope Mapping. ConM-SOSIP Complexed with Purified Polyclonal Fab (Grp 1, ID r2382 Wk4), Negative Stain EM map
試料
  • 複合体: ConM-SOSIP.v9 complexed with purified polyclonal Fab from an immunized rabbit (Grp 1, ID r2382, Wk4)
    • タンパク質・ペプチド: ConM-SOSIPv9
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.52 Å
データ登録者Ward AB / Antanasijevic A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Structural and functional evaluation of de novo-designed, two-component nanoparticle carriers for HIV Env trimer immunogens.
著者: Aleksandar Antanasijevic / George Ueda / Philip J M Brouwer / Jeffrey Copps / Deli Huang / Joel D Allen / Christopher A Cottrell / Anila Yasmeen / Leigh M Sewall / Ilja Bontjer / Thomas J ...著者: Aleksandar Antanasijevic / George Ueda / Philip J M Brouwer / Jeffrey Copps / Deli Huang / Joel D Allen / Christopher A Cottrell / Anila Yasmeen / Leigh M Sewall / Ilja Bontjer / Thomas J Ketas / Hannah L Turner / Zachary T Berndsen / David C Montefiori / Per Johan Klasse / Max Crispin / David Nemazee / John P Moore / Rogier W Sanders / Neil P King / David Baker / Andrew B Ward /
要旨: Two-component, self-assembling nanoparticles represent a versatile platform for multivalent presentation of viral antigens. Computational design of protein nanoparticles with differing sizes and ...Two-component, self-assembling nanoparticles represent a versatile platform for multivalent presentation of viral antigens. Computational design of protein nanoparticles with differing sizes and geometries enables combination with antigens of choice to test novel multimerization concepts in immunization strategies where the goal is to improve the induction and maturation of neutralizing antibody lineages. Here, we describe detailed antigenic, structural, and functional characterization of computationally designed tetrahedral, octahedral, and icosahedral nanoparticle immunogens displaying trimeric HIV envelope glycoprotein (Env) ectodomains. Env trimers, based on subtype A (BG505) or consensus group M (ConM) sequences and engineered with SOSIP stabilizing mutations, were fused to an underlying trimeric building block of each nanoparticle. Initial screening yielded one icosahedral and two tetrahedral nanoparticle candidates, capable of presenting twenty or four copies of the Env trimer. A number of analyses, including detailed structural characterization by cryo-EM, demonstrated that the nanoparticle immunogens possessed the intended structural and antigenic properties. When the immunogenicity of ConM-SOSIP trimers presented on a two-component tetrahedral nanoparticle or as soluble proteins were compared in rabbits, the two immunogens elicited similar serum antibody binding titers against the trimer component. Neutralizing antibody titers were slightly elevated in the animals given the nanoparticle immunogen and were initially more focused to the trimer apex. Altogether, our findings indicate that tetrahedral nanoparticles can be successfully applied for presentation of HIV Env trimer immunogens; however, the optimal implementation to different immunization strategies remains to be determined.
履歴
登録2020年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年7月22日-
更新2020年8月26日-
現状2020年8月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21176.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM-Based Polyclonal Epitope Mapping. ConM-SOSIP Complexed with Purified Polyclonal Fab (Grp 1, ID r2382 Wk4), Negative Stain EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 224 pix.
= 396.48 Å		1.77 Å/pix.
x 224 pix.
= 396.48 Å		1.77 Å/pix.
x 224 pix.
= 396.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.027319307 - 0.06622066
平均 (標準偏差)0.00001359268 (±0.002764895)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 396.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z396.480396.480396.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0270.0660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ConM-SOSIP.v9 complexed with purified polyclonal Fab from an immu...

全体名称: ConM-SOSIP.v9 complexed with purified polyclonal Fab from an immunized rabbit (Grp 1, ID r2382, Wk4)
要素
  • 複合体: ConM-SOSIP.v9 complexed with purified polyclonal Fab from an immunized rabbit (Grp 1, ID r2382, Wk4)
    • タンパク質・ペプチド: ConM-SOSIPv9

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超分子 #1: ConM-SOSIP.v9 complexed with purified polyclonal Fab from an immu...

超分子名称: ConM-SOSIP.v9 complexed with purified polyclonal Fab from an immunized rabbit (Grp 1, ID r2382, Wk4)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4

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分子 #1: ConM-SOSIPv9

分子名称: ConM-SOSIPv9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDACTTLFCA SDAKAYDTEK RNVWATHCCV PTDPNPQEIV LENVTENFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTDVN ATNNTTNNEE IKNCSFNITT ELRDKKKKVY ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDACTTLFCA SDAKAYDTEK RNVWATHCCV PTDPNPQEIV LENVTENFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTDVN ATNNTTNNEE IKNCSFNITT ELRDKKKKVY ALFYKLDVVP IDDNNSYRLI NCNTSAITQA CPKVSFEPIP IHYCAPAGFA ILKCNDKKFN GTGPCKNVST VQCTHGIKPV VSTQLLLNGS LAEEEIIIRS ENITNNAKTI IVQLNESVEI NCTRPNNNTV KSIRIGPGQW FYYTGDIIGD IRQAHCNISR TKWNKTLQQV AKKLREHFNK TIIFNQSSGG DLEITTHSFN CGGEFFYCNT SELFNSTWNG TNNTITLPCR IKQIINMWQR VGQAMYAPPI EGKIRCTSNI TGLLLTRDGG NNNTETFRPG GGDMRDNWRS ELYKYKVVKI EPLGVAPTRC KRRVVERRRR RRAVGIGAVS LGFLGAAGST MGAASMTLTV QARNLLSGIV QQQSNLLCAP ECQQHLLQDT HWGIKQLQAR VLAVEHYLKD QQLLGIWGCS GKLICCTNVP WNSSWSNKSQ DEIWDNMTWM EWDKEINNYT DIIYSLIEES QNQQEKNEQE LLALD

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris-HCl
150.0 mMsodium chlorideNaCl

詳細: TBS buffer, pH 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Sample diluted to 0.05 mg/mL. 3 uL was applied onto the grid, blotted off, and then stained with 2% uranyl formate for 60 seconds.
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細ConM-SOSIP.v9 was complexed with the purified polyclonal Fab overnight. The complex was purified using SEC and concentrated. The complex was then diluted in TBS to 0.05mg/ml to be loaded onto an imaging grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 62000
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Negative Stain EM map of SOSIP trimer
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 86565
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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