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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2110 | |||||||||
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タイトル | Negative structure of open and closed conformation of crm1 | |||||||||
マップデータ | open conformation of Chaetomium thermophilum crm1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | crm1 / open and closed conformation | |||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Monecke T / Haselbach D / Neumann P / Thomson E / Hurt E / Stark H / Dickmanns A / Ficner R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013 タイトル: Structural basis for cooperativity of CRM1 export complex formation. 著者: Thomas Monecke / David Haselbach / Béla Voß / Andreas Russek / Piotr Neumann / Emma Thomson / Ed Hurt / Ulrich Zachariae / Holger Stark / Helmut Grubmüller / Achim Dickmanns / Ralf Ficner / 要旨: In eukaryotes, the nucleocytoplasmic transport of macromolecules is mainly mediated by soluble nuclear transport receptors of the karyopherin-β superfamily termed importins and exportins. The highly ...In eukaryotes, the nucleocytoplasmic transport of macromolecules is mainly mediated by soluble nuclear transport receptors of the karyopherin-β superfamily termed importins and exportins. The highly versatile exportin chromosome region maintenance 1 (CRM1) is essential for nuclear depletion of numerous structurally and functionally unrelated protein and ribonucleoprotein cargoes. CRM1 has been shown to adopt a toroidal structure in several functional transport complexes and was thought to maintain this conformation throughout the entire nucleocytoplasmic transport cycle. We solved crystal structures of free CRM1 from the thermophilic eukaryote Chaetomium thermophilum. Surprisingly, unbound CRM1 exhibits an overall extended and pitched superhelical conformation. The two regulatory regions, namely the acidic loop and the C-terminal α-helix, are dramatically repositioned in free CRM1 in comparison with the ternary CRM1-Ran-Snurportin1 export complex. Single-particle EM analysis demonstrates that, in a noncrystalline environment, free CRM1 exists in equilibrium between extended, superhelical and compact, ring-like conformations. Molecular dynamics simulations show that the C-terminal helix plays an important role in regulating the transition from an extended to a compact conformation and reveal how the binding site for nuclear export signals of cargoes is modulated by different CRM1 conformations. Combining these results, we propose a model for the cooperativity of CRM1 export complex assembly involving the long-range allosteric communication between the distant binding sites of GTP-bound Ran and cargo. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2110.map.gz | 33.7 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2110-v30.xml emd-2110.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2110.png | 67.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2110 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2110 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2110_validation.pdf.gz | 191.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2110_full_validation.pdf.gz | 191 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2110_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2110 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2110 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 602.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | open conformation of Chaetomium thermophilum crm1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : crm1 open conformation
全体 | 名称: crm1 open conformation |
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要素 |
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-超分子 #1000: crm1 open conformation
超分子 | 名称: crm1 open conformation / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: crm1
分子 | 名称: crm1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: exportin1 Xpo1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET24d |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES/NaOH pH 7.5, 2 mM MgCl2, 4 mM DTT |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1% w/v uranyl formate for 60 seconds |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid with thin carbon support, freshly floated on protein solution |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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温度 | 平均: 298 K |
日付 | 2012年3月21日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k) 実像数: 300 |
電子線 | 加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 155000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: imagic / 使用した粒子像数: 21000 |