[日本語] English
万見
- EMDB-21043: Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neura... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21043
タイトルStructure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013
    • 複合体: Influenza virus neuraminidase
      • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • 複合体: Human antibody
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab light chain
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuraminidase / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dai YN / Fremont DH / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2020
タイトル: Human Antibodies Targeting Influenza B Virus Neuraminidase Active Site Are Broadly Protective.
著者: Anders Madsen / Ya-Nan Dai / Meagan McMahon / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Jessica Tan / Tingting Lei / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Mostafa Amor / Bassem M Mohammed / ...著者: Anders Madsen / Ya-Nan Dai / Meagan McMahon / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Jessica Tan / Tingting Lei / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Mostafa Amor / Bassem M Mohammed / Philip A Mudd / Viviana Simon / Rebecca J Cox / Daved H Fremont / Florian Krammer / Ali H Ellebedy /
要旨: Influenza B virus (IBV) infections can cause severe disease in children and the elderly. Commonly used antivirals have lower clinical effectiveness against IBV compared to influenza A viruses (IAV). ...Influenza B virus (IBV) infections can cause severe disease in children and the elderly. Commonly used antivirals have lower clinical effectiveness against IBV compared to influenza A viruses (IAV). Neuraminidase (NA), the second major surface protein on the influenza virus, is emerging as a target of broadly protective antibodies that recognize the NA active site of IAVs. However, similarly broadly protective antibodies against IBV NA have not been identified. Here, we isolated and characterized human monoclonal antibodies (mAbs) that target IBV NA from an IBV-infected patient. Two mAbs displayed broad and potent capacity to inhibit IBV NA enzymatic activity, neutralize the virus in vitro, and protect against lethal IBV infection in mice in prophylactic and therapeutic settings. These mAbs inserted long CDR-H3 loops into the NA active site, engaging residues highly conserved among IBV NAs. These mAbs provide a blueprint for the development of improved vaccines and therapeutics against IBVs.
履歴
登録2019年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月7日-
マップ公開2020年10月7日-
更新2020年10月28日-
現状2020年10月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v4o
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21043.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21043.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0123 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.0680078 - 0.14400901
平均 (標準偏差)0.00000559499 (±0.0043729153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 275.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.000275.000275.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ162182277
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0680.1440.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neura...

全体名称: Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013
要素
  • 複合体: Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013
    • 複合体: Influenza virus neuraminidase
      • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • 複合体: Human antibody
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab light chain
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

-
超分子 #1: Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neura...

超分子名称: Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 400 KDa

-
超分子 #2: Influenza virus neuraminidase

超分子名称: Influenza virus neuraminidase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Phuket/3073/2013
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
超分子 #3: Human antibody

超分子名称: Human antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 50.038824 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: ADPHHHHHHS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSPS RWTYPRLSCP GSTFQKALLI SPHRFGETK GNSAPLIIRE PFIACGPKEC KHFALTHYAA QPGGYYNGTR EDRNKLRHLI SVKLGKIPTV ENSIFHMAAW S GSACHDGR ...文字列:
ADPHHHHHHS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSPS RWTYPRLSCP GSTFQKALLI SPHRFGETK GNSAPLIIRE PFIACGPKEC KHFALTHYAA QPGGYYNGTR EDRNKLRHLI SVKLGKIPTV ENSIFHMAAW S GSACHDGR EWTYIGVDGP DSNALLKIKY GEAYTDTYHS YAKNILRTQE SACNCIGGDC YLMITDGPAS GISECRFLKI RE GRIIKEI FPTGRVKHTE ECTCGFASNK TIECACRDNS YTAKRPFVKL NVETDTAEIR LMCTKTYLDT PRPNDGSITG PCE SDGDEG SGGIKGGFVH QRMASKIGRW YSRTMSKTKR MGMGLYVKYD GDPWTDSEAL ALSGVMVSME EPGWYSFGFE IKDK KCDVP CIGIEMVHDG GKTTWHSAAT AIYCLMGSGQ LLWDTVTGVN MTL

-
分子 #2: Antibody Fab heavy chain

分子名称: Antibody Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.840137 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGYTFI NHALSWVRQA PGQGLEWVGG IIPIFGLAKY GQKFQDRVTI TADESTKTAY MDLRSLRSD DTAVYYCARD TVAVYEDFDW SSPYFFYMDV WGKGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGYTFI NHALSWVRQA PGQGLEWVGG IIPIFGLAKY GQKFQDRVTI TADESTKTAY MDLRSLRSD DTAVYYCARD TVAVYEDFDW SSPYFFYMDV WGKGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCRSLVP RG SSGHHHH HH

-
分子 #3: Antibody Fab light chain

分子名称: Antibody Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.327992 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPAT LSLFPGERAT LSCRASQSAG SKSLAWYQHK VGQPPRLLIN GASSRATGIP DRFSGSGSGP DFNLTISRLE PEDFAVYYC QRYGTSLVTF GGGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVLTQSPAT LSLFPGERAT LSCRASQSAG SKSLAWYQHK VGQPPRLLIN GASSRATGIP DRFSGSGSGP DFNLTISRLE PEDFAVYYC QRYGTSLVTF GGGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

-
分子 #5: beta-D-mannopyranose

分子名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス

-
分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 459004
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) / 使用した粒子像数: 150730
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6v4n

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 89 / 当てはまり具合の基準: CORRELATION COEFFICIENT
得られたモデル

PDB-6v4o:
Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る