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万見
- EMDB-20939: Negative-stain EM map from 3D sorting of BG505-immunized rhesus m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20939
タイトルNegative-stain EM map from 3D sorting of BG505-immunized rhesus macaque OQ7 wk 0 serum fab complexed with BG505 SOSIP.664 trimer
マップデータNegative-stain EM map from 3D sorting of BG505-immunized rhesus macaque OQ7 wk 0 serum fab complexed with BG505 SOSIP.664 trimer
試料
  • 複合体: Polyclonal serum fab with BG505 SOSIP.664
    • 複合体: BG505 SOSIPv5.2 trimer
    • 複合体: Polyclonal Fab
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 27.0 Å
データ登録者Nogal B / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteAI136621 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteAI100663 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Mapping Polyclonal Antibody Responses in Non-human Primates Vaccinated with HIV Env Trimer Subunit Vaccines.
著者: Bartek Nogal / Matteo Bianchi / Christopher A Cottrell / Robert N Kirchdoerfer / Leigh M Sewall / Hannah L Turner / Fangzhu Zhao / Devin Sok / Dennis R Burton / Lars Hangartner / Andrew B Ward /
要旨: Rational immunogen design aims to focus antibody responses to vulnerable sites on primary antigens. Given the size of these antigens, there is, however, potential for eliciting unwanted, off-target ...Rational immunogen design aims to focus antibody responses to vulnerable sites on primary antigens. Given the size of these antigens, there is, however, potential for eliciting unwanted, off-target responses. Here, we use our electron microscopy polyclonal epitope mapping approach to describe the antibody specificities elicited by immunization of non-human primates with soluble HIV envelope trimers and subsequent repeated viral challenge. An increased diversity of epitopes recognized and the approach angle by which these antibodies bind constitute a hallmark of the humoral response in most protected animals. We also show that fusion peptide-specific antibodies are likely responsible for some neutralization breadth. Moreover, cryoelectron microscopy (cryo-EM) analysis of a fully protected animal reveals a high degree of clonality within a subset of putatively neutralizing antibodies, enabling a detailed molecular description of the antibody paratope. Our results provide important insights into the immune response against a vaccine candidate that entered into clinical trials in 2019.
履歴
登録2019年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月4日-
マップ公開2020年4月1日-
更新2020年4月1日-
現状2020年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0165
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0165
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20939.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative-stain EM map from 3D sorting of BG505-immunized rhesus macaque OQ7 wk 0 serum fab complexed with BG505 SOSIP.664 trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å		2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å		2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0165 / ムービー #1: 0.0165
最小 - 最大-0.04457919 - 0.11533822
平均 (標準偏差)0.0003195534 (±0.007779546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 295.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.200295.200295.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0450.1150.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Polyclonal serum fab with BG505 SOSIP.664

全体名称: Polyclonal serum fab with BG505 SOSIP.664
要素
  • 複合体: Polyclonal serum fab with BG505 SOSIP.664
    • 複合体: BG505 SOSIPv5.2 trimer
    • 複合体: Polyclonal Fab

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超分子 #1: Polyclonal serum fab with BG505 SOSIP.664

超分子名称: Polyclonal serum fab with BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: BG505 SOSIPv5.2 trimer

超分子名称: BG505 SOSIPv5.2 trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: unidentified (未定義)

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超分子 #3: Polyclonal Fab

超分子名称: Polyclonal Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 4.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッド詳細: unspecified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 103000
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1600
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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