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万見
- EMDB-20909: Cryo-EM structure of VcCascade complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20909
タイトルCryo-EM structure of VcCascade complex
マップデータVcCascasde
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of VcCascade
    • タンパク質・ペプチド: Cas8
  • タンパク質・ペプチド: Cas7
  • タンパク質・ペプチド: Cas6
生物種Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Chang L / Li Z / Zhang H
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of a type I-F CRISPR RNA guided surveillance complex bound to transposition protein TniQ.
著者: Zhuang Li / Heng Zhang / Renjian Xiao / Leifu Chang /
履歴
登録2019年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月4日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2021年3月31日-
現状2021年3月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0078
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0078
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20909.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20909.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈VcCascasde
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0078 / ムービー #1: 0.0078
最小 - 最大-0.010018795 - 0.03680428
平均 (標準偏差)0.0002814237 (±0.0020445397)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z268.800268.800268.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0100.0370.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of VcCascade

全体名称: Cryo-EM structure of VcCascade
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of VcCascade
    • タンパク質・ペプチド: Cas8
  • タンパク質・ペプチド: Cas7
  • タンパク質・ペプチド: Cas6

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超分子 #1: Cryo-EM structure of VcCascade

超分子名称: Cryo-EM structure of VcCascade / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
分子量実験値: 450 KDa

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分子 #1: Cas8

分子名称: Cas8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
配列文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKFP DIRSEGVIRT QALGELPSFL LSSSKIPPYH WSYSHDSKYV NKSAFLTNEF CWDGEISCLG ELLKDADHPL WNTLKKLGCS ...文字列:
MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKFP DIRSEGVIRT QALGELPSFL LSSSKIPPYH WSYSHDSKYV NKSAFLTNEF CWDGEISCLG ELLKDADHPL WNTLKKLGCS QKTCKAMAKQ LADITLTTIN VTLAPNYLTQ ISLPDSDTSY ISLSPVASLS MQSHFHQRLQ DENRHSAITR FSRTTNMGVT AMTCGGAFRM LKSGAKFSSP PHHRLNSKRS WLTSEHVQSL KQYQRLNKSL IPENSRIALR RKYKIELQNM VRSWFAMQDH TLDSNILIQH LNHDLSYLGA TKRFAYDPAM TKLFTELLKR ELSNSINNGE QHTNGSFLVL PNIRVCGATA LSSPVTVGIP SLTAFFGFVH AFERNINRTT SSFRVESFAI CVHQLHVEKR GLTAEFVEKG DGTISAPATR DDWQCDVVFS LILNTNFAQH IDQDTLVTSL PKRLARGSAK IAIDDFKHIN SFSTLETAIE SLPIEAGRWL SLYAQSNNNL SDLLAAMTED HQLMASCVGY HLLEEPKDKP NSLRGYKHAI AECIIGLINS ITFSSETDPN TIFWSLKNYQ NYLVVQPRSI NDETTDKSSL

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分子 #2: Cas7

分子名称: Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
配列文字列: MADLKLPTNL AYERSIDPSD VCFFVVWPDD RKTPLTYNSR TLLGQMEAAS LAYDVSGQPI KSATAEALAQ GNPHQVDFCH VPYGASHIEC SFSVSFSSEL RQPYKCNSSK VKQTLVQLVE LYETKIGWTE LATRYLMNIC NGKWLWKNTR KAYCWNIVLT PWPWNGEKVG ...文字列:
MADLKLPTNL AYERSIDPSD VCFFVVWPDD RKTPLTYNSR TLLGQMEAAS LAYDVSGQPI KSATAEALAQ GNPHQVDFCH VPYGASHIEC SFSVSFSSEL RQPYKCNSSK VKQTLVQLVE LYETKIGWTE LATRYLMNIC NGKWLWKNTR KAYCWNIVLT PWPWNGEKVG FEDIRTNYTS RQDFKNNKNW SAIVEMIKTA FSSTDGLAIF EVRATLHLPT NAMVRPSQVF TEKESGSKSK SKTQNSRVFQ STTIDGERSP ILGAFKTGAA IATIDDWYPE ATEPLRVGRF GVHREDVTCY RHPSTGKDFF SILQQAEHYI EVLSANKTPA QETINDMHFL MANLIKGGMF QHKGD

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分子 #3: Cas6

分子名称: Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPNSSMVK WYYKTITFLP ELCNNESLAA KCLRVLHGFN YQYETRNIGV SFPLWCDATV GKKISFVSKN KIELDLLLKQ HYFVQMEQLQ YFHISNTVLV PEDCTYVSFR RCQSIDKLTA AGLARKIRRL EKRALSRGEQ FDPSSFAQKE HTAIAHYHSL ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPNSSMVK WYYKTITFLP ELCNNESLAA KCLRVLHGFN YQYETRNIGV SFPLWCDATV GKKISFVSKN KIELDLLLKQ HYFVQMEQLQ YFHISNTVLV PEDCTYVSFR RCQSIDKLTA AGLARKIRRL EKRALSRGEQ FDPSSFAQKE HTAIAHYHSL GESSKQTNRN FRLNIRMLSE QPREGNSIFS SYGLSNSENS FQPVPLI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 138000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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