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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20830 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of the inner membrane rings containing the core components of the export apparatus and associated membranes of the needle complex from Salmonella typhimurium type III secretion system. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Butan C / Galan J | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: High-resolution view of the type III secretion export apparatus in situ reveals membrane remodeling and a secretion pathway. 著者: Carmen Butan / Maria Lara-Tejero / Wenwei Li / Jun Liu / Jorge E Galán / 要旨: Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into ...Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into a holostructure or injectisome. The core component of the injectisome is the needle complex, which houses the export apparatus that serves as a gate for the passage of the secreted proteins through the bacterial inner membrane. Here, we describe a high-resolution structure of the export apparatus of the type III secretion system in association with the needle complex and the underlying bacterial membrane, both in isolation and in situ. We show the precise location of the core export apparatus components within the injectisome and bacterial envelope and demonstrate that their deployment results in major membrane remodeling and thinning, which may be central for the protein translocation process. We also show that InvA, a critical export apparatus component, forms a multiring cytoplasmic conduit that provides a pathway for the type III secretion substrates to reach the entrance of the export gate. Combined with structure-guided mutagenesis, our studies provide major insight into potential mechanisms of protein translocation and injectisome assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20830.map.gz | 65.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20830-v30.xml emd-20830.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20830_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20830.png | 344.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20830 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20830_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20830_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20830_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20830 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PrgH and PrgK, the protein components of the inner rings of the S...
全体 | 名称: PrgH and PrgK, the protein components of the inner rings of the Salmonella's needle complex, in complex with the core components of the export apparatus and associated membranes. |
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要素 |
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-超分子 #1: PrgH and PrgK, the protein components of the inner rings of the S...
超分子 | 名称: PrgH and PrgK, the protein components of the inner rings of the Salmonella's needle complex, in complex with the core components of the export apparatus and associated membranes. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |