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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20820 | ||||||||||||||||||
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タイトル | A complete structure of the ESX-3 translocon complex | ||||||||||||||||||
マップデータ | Consensus map used to generate all focused refinements. Unsharpened | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ESX / secretion system / type VII secretion system / mycobacteria / complex / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Poweleit N / Rosenberg OS | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: The structure of the endogenous ESX-3 secretion system. 著者: Nicole Poweleit / Nadine Czudnochowski / Rachel Nakagawa / Donovan D Trinidad / Kenan C Murphy / Christopher M Sassetti / Oren S Rosenberg / 要旨: The ESX (or Type VII) secretion systems are protein export systems in mycobacteria and many Gram-positive bacteria that mediate a broad range of functions including virulence, conjugation, and ...The ESX (or Type VII) secretion systems are protein export systems in mycobacteria and many Gram-positive bacteria that mediate a broad range of functions including virulence, conjugation, and metabolic regulation. These systems translocate folded dimers of WXG100-superfamily protein substrates across the cytoplasmic membrane. We report the cryo-electron microscopy structure of an ESX-3 system, purified using an epitope tag inserted with recombineering into the chromosome of the model organism . The structure reveals a stacked architecture that extends above and below the inner membrane of the bacterium. The ESX-3 protomer complex is assembled from a single copy of the EccB, EccC, and EccE and two copies of the EccD protein. In the structure, the protomers form a stable dimer that is consistent with assembly into a larger oligomer. The ESX-3 structure provides a framework for further study of these important bacterial transporters. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20820_validation.pdf.gz | 165.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20820_full_validation.pdf.gz | 164.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20820_validation.xml.gz | 497 B | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20820_validation.cif.gz | 373 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20820 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20820 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Consensus map used to generate all focused refinements. Unsharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
+マスク #1
+マスク #2
+マスク #3
+マスク #4
+マスク #5
+追加マップ: Focused refinement of the EccC ATPase 1, 2,...
+追加マップ: Half1 of right protomer focused refinement.
+追加マップ: Half2 of left protomer focused refinement
+追加マップ: Half1 of left protomer focused refinement
+追加マップ: Focused refinement of right protomer. Unsharpened
+追加マップ: Focused refinement of symmetry expanded protomer. Unsharpened
+追加マップ: Half2 of periplasmic focused refinement
+追加マップ: Half1 of periplasmic focused refinement
+追加マップ: Focused refinement of left protomer. Unsharpened
+追加マップ: Focused refinement of periplasmic domain. Unsharpened
+追加マップ: Half2 of symmetry expanded protomer
+追加マップ: Half1 of symmetry expanded protomer
+追加マップ: Half2 of right protomer focused refinement
+ハーフマップ: Half2 of consensus map
+ハーフマップ: Half1 of consensus map
-試料の構成要素
-全体 : ESX-3 translocon complex
全体 | 名称: ESX-3 translocon complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ESX-3 translocon complex
超分子 | 名称: ESX-3 translocon complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
分子量 | 理論値: 660 KDa |
-分子 #1: ESX-3 secretion system protein EccE3
分子 | 名称: ESX-3 secretion system protein EccE3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
分子量 | 理論値: 30.813355 KDa |
配列 | 文字列: MTARIALASL FVVAAVLAQP WQTTTQRWVL GVSIAAVIVL LAWWKGMFLT TRIGRALAMV RRNRAEDTVE TDAHRATVVL RVDPAAPAQ LPVVVGYLDR YGITCDKVRI THRDAGGTRR SWISLTVDAV DNLAALQARS ARIPLQDTTE VVGRRLADHL R EQGWTVTV ...文字列: MTARIALASL FVVAAVLAQP WQTTTQRWVL GVSIAAVIVL LAWWKGMFLT TRIGRALAMV RRNRAEDTVE TDAHRATVVL RVDPAAPAQ LPVVVGYLDR YGITCDKVRI THRDAGGTRR SWISLTVDAV DNLAALQARS ARIPLQDTTE VVGRRLADHL R EQGWTVTV VEGVDTPLPV SGKETWRGVA DDAGVVAAYR VKVDDRLDEV LAEIGHLPAE ETWTALEFTG SPAEPLLTVC AA VRTSDRP AAKAPLAGLT PARGRHRPAL AALNPLSTER LDGTAVPL UniProtKB: ESX-3 secretion system protein EccE3 |
-分子 #2: ESX-3 secretion system protein EccD3
分子 | 名称: ESX-3 secretion system protein EccD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
分子量 | 理論値: 48.29248 KDa |
配列 | 文字列: MSENTVMPIV RVAVLAAGDD GGRLTEMALP SELPLREILP AVQRIVQPAR ENDGAADPAA APNPVRLSLA PIGGAPFSLD ATLDTVGVV DGDLLALQAV PSGPPAPRIV EDIADAAVIF SEARRRQWGP THIARGAALA LIGLILVGTG LSVAHRVITG D LLGQFIVS ...文字列: MSENTVMPIV RVAVLAAGDD GGRLTEMALP SELPLREILP AVQRIVQPAR ENDGAADPAA APNPVRLSLA PIGGAPFSLD ATLDTVGVV DGDLLALQAV PSGPPAPRIV EDIADAAVIF SEARRRQWGP THIARGAALA LIGLILVGTG LSVAHRVITG D LLGQFIVS GIALATVIAA LAVRNRSAVL ATSLAVTALV PVAAAFALGV PGDFGAPNVL LAAAGVAAWS LISMAGSPDD RG IAVFTAT AVTGVGVLLV AGAASLWVIS SDVIGCALVL LGLIVTVQAA QLSAMWARFP LPVIPAPGDP TPAARPLSVL ADL PRRVRV SQAHQTGVIA AGVLLGVAGS VALVSSANAS PWAWYIVVAA AAGAALRARV WDSAACKAWL LGHSYLLAVA LLVA FVIGD RYQAALWALA ALAVLVLVWI VAALNPKIAS PDTYSLPMRR MVGFLATGLD ASLIPVMALL VGLFSLVLDR UniProtKB: ESX-3 secretion system protein EccD3 |
-分子 #3: ESX-3 secretion system ATPase EccB3
分子 | 名称: ESX-3 secretion system ATPase EccB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
分子量 | 理論値: 9.145638 KDa |
配列 | 文字列: FSSRTPVNEN PDGVQYRRGF VTRHQVSGWR FVMRRIASGV ALHDTRMLVD PLRTQSRAVL TGALILVTGL VGCFIFSLFR P UniProtKB: ESX-3 secretion system ATPase EccB3 |
-分子 #4: ESX-3 secretion system protein EccC3
分子 | 名称: ESX-3 secretion system protein EccC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
分子量 | 理論値: 44.898371 KDa |
配列 | 文字列: MSRLIFEHQR RLTPPTTRKG TITIEPPPQL PRVVPPSLLR RVLPFLIVIL IVGMIVALFA TGMRLISPTM LFFPFVLLLA ATALYRGGD NKMRTEEVDA ERADYLRYLS VVRDNVRAHA AEQRAALEWS HPEPEVLATI PGTRRQWERD PRDRDFLVLR A GRHDVPLD ...文字列: MSRLIFEHQR RLTPPTTRKG TITIEPPPQL PRVVPPSLLR RVLPFLIVIL IVGMIVALFA TGMRLISPTM LFFPFVLLLA ATALYRGGD NKMRTEEVDA ERADYLRYLS VVRDNVRAHA AEQRAALEWS HPEPEVLATI PGTRRQWERD PRDRDFLVLR A GRHDVPLD AALKVKDTAD EIDLEPVAHS ALRGLLDVQR TVRDAPTGLD VAKLARITVI GEADEARAAI RAWIAQAVTW HD PTMLGVA LAAPDLESGD WSWLKWLPHV DVPNEADGVG PARYLTTSTA ELRERLAPAL ADRPLFPAES GAALKHLLVV LDD PDADPD DIARKPGLTG VTVIHRTTEL PNREQYPDPE RPILRVADGR IERWQVGGWQ PCVDVADAMS AAEAAHIARR LSRW DSN UniProtKB: ESX-3 secretion system protein EccC3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.52 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh and filter-sterilized before use. | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 7337 / 平均電子線量: 73.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6umm: |