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- EMDB-20767: Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20767
タイトルStructural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome
マップデータCOMPASS eCM/H2Bub nucleosome
試料
  • 複合体: Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome
    • 複合体: nucleosome
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
      • DNA: x 2種
    • 複合体: COMPASS eCM
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • 複合体: ubiquitin
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードComplex / methyltransferase / chromatin / epigenetics / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Set1C/COMPASS complex / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / seminiferous tubule development / female gonad development ...[histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Set1C/COMPASS complex / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / seminiferous tubule development / female gonad development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / neuron projection morphogenesis / energy homeostasis / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / regulation of neuron apoptotic process / NF-kB is activated and signals survival / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NRIF signals cell death from the nucleus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / positive regulation of protein ubiquitination / Translesion synthesis by REV1 / Regulation of BACH1 activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of mitochondrial membrane potential / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TCF dependent signaling in response to WNT / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / Regulation of NF-kappa B signaling / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of signaling by CBL / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Stabilization of p53 / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase Set1, fungi / Histone lysine methyltransferase SET associated / : / Histone lysine methyltransferase SET associated / Histone-lysine N-methyltransferase, RNA-binding domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / COMPASS complex Set1 subunit, N-SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase Set1-like / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N ...Histone-lysine N-methyltransferase Set1, fungi / Histone lysine methyltransferase SET associated / : / Histone lysine methyltransferase SET associated / Histone-lysine N-methyltransferase, RNA-binding domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / COMPASS complex Set1 subunit, N-SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase Set1-like / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / Spp1/CFP1 / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Histone methyltransferase complex subunit ASH2 / Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain superfamily / SET domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B / Ubiquitin B / Histone H2B 1.1 / Polyubiquitin-B / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone H2A / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific / KLLA0E24487p / KLLA0E03521p ...Histone H2B / Ubiquitin B / Histone H2B 1.1 / Polyubiquitin-B / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone H2A / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific / KLLA0E24487p / KLLA0E03521p / KLLA0D07260p / KLLA0C10945p / KLLA0A08800p / Histone H3
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hsu PL / Shi H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of H2B Ubiquitination-Dependent H3K4 Methylation by COMPASS.
著者: Peter L Hsu / Hui Shi / Calvin Leonen / Jianming Kang / Champak Chatterjee / Ning Zheng /
要旨: The COMPASS (complex of proteins associated with Set1) complex represents the prototype of the SET1/MLL family of methyltransferases that controls gene transcription by H3K4 methylation (H3K4me). ...The COMPASS (complex of proteins associated with Set1) complex represents the prototype of the SET1/MLL family of methyltransferases that controls gene transcription by H3K4 methylation (H3K4me). Although H2B monoubiquitination (H2Bub) is well known as a prerequisite histone mark for COMPASS activity, how H2Bub activates COMPASS remains unclear. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of an extended COMPASS catalytic module (CM) bound to the H2Bub and free nucleosome. The COMPASS CM clamps onto the nucleosome disk-face via an extensive interface to capture the flexible H3 N-terminal tail. The interface also sandwiches a critical Set1 arginine-rich motif (ARM) that autoinhibits COMPASS. Unexpectedly, without enhancing COMPASS-nucleosome interaction, H2Bub activates the enzymatic assembly by packing against Swd1 and alleviating the inhibitory effect of the Set1 ARM upon fastening it to the acidic patch. By delineating the spatial configuration of the COMPASS-H2Bub-nucleosome assembly, our studies establish the structural framework for understanding the long-studied H2Bub-H3K4me histone modification crosstalk.
履歴
登録2019年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月23日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6uh5
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20767.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20767.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈COMPASS eCM/H2Bub nucleosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 324 pix.
= 342.144 Å		1.06 Å/pix.
x 324 pix.
= 342.144 Å		1.06 Å/pix.
x 324 pix.
= 342.144 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.045239784 - 0.099906646
平均 (標準偏差)0.00028896317 (±0.0024564413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 342.144 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0561.0561.056
M x/y/z324324324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.144342.144342.144
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ929262
NX/NY/NZ290290360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS324324324
D min/max/mean-0.0450.1000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome

全体名称: Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome
要素
  • 複合体: Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome
    • 複合体: nucleosome
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • DNA: DNA (146-MER)
      • DNA: DNA (146-MER)
      • タンパク質・ペプチド: H3 N-terminus
    • 複合体: COMPASS eCM
      • タンパク質・ペプチド: Swd3
      • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific
      • タンパク質・ペプチド: Swd1
      • タンパク質・ペプチド: Spp1
      • タンパク質・ペプチド: Bre2
      • タンパク質・ペプチド: Sdc1
    • 複合体: ubiquitin
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE

+
超分子 #1: Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome

超分子名称: Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
分子量理論値: 450 KDa

+
超分子 #2: nucleosome

超分子名称: nucleosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#7, #12
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
超分子 #3: COMPASS eCM

超分子名称: COMPASS eCM / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8-#10, #13-#15
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)

+
超分子 #4: ubiquitin

超分子名称: ubiquitin / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.275879 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVGLFEDTNL CGIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.69465 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AKAKTRSSRA GLQFPVGRVH RLLRKGNYAE RVGAGAPVYL AAVLEYLTAE ILELAGNAAR DNKKTRIIPR HLQLAVRNDE ELNKLLGRV TIAQGGVLPN IQSVLLPK

UniProtKB: Histone H2A

+
分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.848097 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK TQKKDGKKRR KTRKESYAIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDVF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

UniProtKB: Histone H2B

+
分子 #5: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.82206 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK TQKKDGKKRR KTRKESYAIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDVF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT CYTSAK

UniProtKB: Histone H2B

+
分子 #8: Swd3

分子名称: Swd3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
分子量理論値: 36.458879 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MCDLDSVSDL TLTLRMLQFD KQVLPASGKI STSCQISPDG ELIAICQNTD MLVYEISSSK MMKLTTTHKE CINCLCWSPD SKCIASGSE DFTVEITHII YGRIRRLMGH TAPVISICYN NKGNILCSSS MDESIKEWHV LSGTALKTMS AHSDAVVSID I PKFDSSIL ...文字列:
MCDLDSVSDL TLTLRMLQFD KQVLPASGKI STSCQISPDG ELIAICQNTD MLVYEISSSK MMKLTTTHKE CINCLCWSPD SKCIASGSE DFTVEITHII YGRIRRLMGH TAPVISICYN NKGNILCSSS MDESIKEWHV LSGTALKTMS AHSDAVVSID I PKFDSSIL SSGSYDGLIR IFDTESGHCL KTLTYDKDWI AEDGVVPIST VKFSRNGKFL LVKSLDNVVK LWEYTRGTVV RT FLWPHQE TKAKLKYNCG LELIYPQGKD PLVISGNDSG SMCVWNVYSK NLVQKIDEKH RNSPLISISA SYDKVATLSL NGE CNLFRV H

UniProtKB: KLLA0E24487p

+
分子 #9: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

分子名称: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone-lysine N-methyltransferase
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
分子量理論値: 31.448504 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: YQQIEQNGII RDNQIALNEK EFDSTLASTT GSFIAEGFKK IPDKLKSSYL LHHRRLAQPL NTVHNHQEQN FMALNGTEST NQEADLEQD NHNASSRLNR VFQRRFQQDI EAQRAAIGFE SDLLSLNQLT KRKKPVTFAR SAIHNWGLYA LEPIAAKEMI I EYVGESIR ...文字列:
YQQIEQNGII RDNQIALNEK EFDSTLASTT GSFIAEGFKK IPDKLKSSYL LHHRRLAQPL NTVHNHQEQN FMALNGTEST NQEADLEQD NHNASSRLNR VFQRRFQQDI EAQRAAIGFE SDLLSLNQLT KRKKPVTFAR SAIHNWGLYA LEPIAAKEMI I EYVGESIR QPVAEMREKR YIKSGIGSSY LFRIDENTVI DATKRGGIAR FINHCCEPSC TAKIIKVDGR KRIVIYALRD IG TNEELTY DYKFERETDE GERLPCLCGA PSCKGFLN

UniProtKB: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

+
分子 #10: Swd1

分子名称: Swd1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
分子量理論値: 49.894656 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MANLLLQDPF GVLKEYPEKL THTLEVPVAA VCVKFSPRGD YLAVGCSNGA IIIYDMDSLK PIAMLGTHSG AHTRSVQSVC WSNDGRYLW SSGRDWYAKL WDMTQPTKCF QQYKFDGPLW SCHVVRWNVC IVTVVEEPTA YVLTLTDRQN AFHCFPLLEQ D QDISGHGY ...文字列:
MANLLLQDPF GVLKEYPEKL THTLEVPVAA VCVKFSPRGD YLAVGCSNGA IIIYDMDSLK PIAMLGTHSG AHTRSVQSVC WSNDGRYLW SSGRDWYAKL WDMTQPTKCF QQYKFDGPLW SCHVVRWNVC IVTVVEEPTA YVLTLTDRQN AFHCFPLLEQ D QDISGHGY TLVACPHPTI ESIIITGTSK GWINAFQLDL ESGFEDKIRC CYEEKIANAN IKQIIISPSG TRIAINGSDR TI RQYQLIV EDNESEGGSS HSVSIELEHK YQDIINRLQW NTIFFSNHSG EYLVASAHGS SAHDLYLWET SSGSLVRVLE GAD EELLDI DWNFYSMRIA SNGFESGWVY MWSIVIPPKW SALAPDFEEV EENIDYQEKE NEFDIMDDDN NLQAMTEAEE IAID LCTPE KYDVRGNDIS MPSFVIPIDY EGVIIQQHWA HQEQ

UniProtKB: KLLA0A08800p

+
分子 #11: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.622922 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGC

UniProtKB: Ubiquitin B

+
分子 #12: H3 N-terminus

分子名称: H3 N-terminus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 936.091 Da
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTMQTAR

+
分子 #13: Spp1

分子名称: Spp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
分子量理論値: 39.297867 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSLPSWCPRY DSRKHDPKTG EEVYCICKKP DTGELMVGCD GCDDWFHFSC LKIPEKYRDL VFSFYCSYCS AGITGPALIN GGKLPKTLW KRKCRLPECY TECDANSRSK YCSKKHAVQY VQSIVDKLNL PGVDKIALLR QLLNETTSLE EFKTLGRDKL P EVTSPLSK ...文字列:
MSLPSWCPRY DSRKHDPKTG EEVYCICKKP DTGELMVGCD GCDDWFHFSC LKIPEKYRDL VFSFYCSYCS AGITGPALIN GGKLPKTLW KRKCRLPECY TECDANSRSK YCSKKHAVQY VQSIVDKLNL PGVDKIALLR QLLNETTSLE EFKTLGRDKL P EVTSPLSK DQYSKLLEND QHLNKLINEH DELVSVKLSK LNEEDAVIEK YVNWIGEVNE RLSPHFNQPT GRKKSKSASK VT ICGYHNE FTIPRSVEEF LDKLLQLKED ENSNITSVDG VCVKTKCAKH QDWITLSQND LSEQKDSLEN VKRRLDLLIS VRT NQLRIS FFEQEMSNRV LPGVKT

UniProtKB: KLLA0D07260p

+
分子 #14: Bre2

分子名称: Bre2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
分子量理論値: 47.286996 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSVPVIPYLD YDIVDLGSDI KKPDFPQLSE SHRINEQQYY ITEDTPLNKR NFMYQPCAAN LMLDKLKYCG TDYFDKSSIN LMDRSDKLA FSLDDHSVSV SENCGWRSVR SDVCMKEGKI YWEVEVKNVS DTSHIRCGIS RREASTETPV GCDFYGYSIR D KGLQVIHE ...文字列:
MSVPVIPYLD YDIVDLGSDI KKPDFPQLSE SHRINEQQYY ITEDTPLNKR NFMYQPCAAN LMLDKLKYCG TDYFDKSSIN LMDRSDKLA FSLDDHSVSV SENCGWRSVR SDVCMKEGKI YWEVEVKNVS DTSHIRCGIS RREASTETPV GCDFYGYSIR D KGLQVIHE GRLHTVLKPH EMQAGDRIGF LLTLPSLQSQ SEQAMDYSLK RIQELNNDDS RTNKRNKKFN KEFYKFLLRS CE PTNVVRD QIAIRYKNQL FYESTDYVKT TKPEYYDNRD DMQKFYELEN SSFEVFVNGV SHGIAFEGLT PFLPPFSELQ YNE KFYLHH WNKRNVTKGI EIRNKYVNNN RLGYYATLSS FQGGTASIIT EAMELKFLPK DVDIKTLNDI YNEQIASDIV WDLI DEIDT

UniProtKB: KLLA0C10945p

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分子 #15: Sdc1

分子名称: Sdc1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
分子量理論値: 14.722625 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSEPVMENMA PEDVVKLEKE EHIVPDIGVS SISTTEPLSP SGIPRESSGT VTSATAATTE REVSPKKELQ IDHDRVDPVA MIGGSTTRR YLNEHVTKHL LEGMKLIARE KPEDPLRVLG QFLIDASEMN QKPSS

UniProtKB: KLLA0E03521p

+
分子 #6: DNA (146-MER)

分子名称: DNA (146-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.825559 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC) (DG)(DA)(DT)

+
分子 #7: DNA (146-MER)

分子名称: DNA (146-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.305852 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA)

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分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #17: S-ADENOSYLMETHIONINE

分子名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: SAM
分子量理論値: 398.437 Da
Chemical component information

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 74.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215199
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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