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万見
- EMDB-20755: Apo SAM-IV Riboswitch -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20755
タイトルApo SAM-IV Riboswitch
マップデータApo SAM-IV riboswitch
試料
  • 複合体: Apo SAM-IV Riboswitch
    • 複合体: Apo SAM-IV riboswitch
      • RNA: RNA (119-MER)
キーワードSAM-IV riboswitch / Cryo-EM / Small RNA / RNA
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌) / Mycobacterium sp. MCS (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang K / Li S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM079429 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10OD021600 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of a 40 kDa SAM-IV riboswitch RNA at 3.7 Å resolution.
著者: Kaiming Zhang / Shanshan Li / Kalli Kappel / Grigore Pintilie / Zhaoming Su / Tung-Chung Mou / Michael F Schmid / Rhiju Das / Wah Chiu /
要旨: Specimens below 50 kDa have generally been considered too small to be analyzed by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The high flexibility of pure RNAs makes it difficult to obtain ...Specimens below 50 kDa have generally been considered too small to be analyzed by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The high flexibility of pure RNAs makes it difficult to obtain high-resolution structures by cryo-EM. In bacteria, riboswitches regulate sulfur metabolism through binding to the S-adenosylmethionine (SAM) ligand and offer compelling targets for new antibiotics. SAM-I, SAM-I/IV, and SAM-IV are the three most commonly found SAM riboswitches, but the structure of SAM-IV is still unknown. Here, we report the structures of apo and SAM-bound SAM-IV riboswitches (119-nt, ~40 kDa) to 3.7 Å and 4.1 Å resolution, respectively, using cryo-EM. The structures illustrate homologies in the ligand-binding core but distinct peripheral tertiary contacts in SAM-IV compared to SAM-I and SAM-I/IV. Our results demonstrate the feasibility of resolving small RNAs with enough detail to enable detection of their ligand-binding pockets and suggest that cryo-EM could play a role in structure-assisted drug design for RNA.
履歴
登録2019年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月20日-
マップ公開2019年12月18日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ues
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20755.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20755.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Apo SAM-IV riboswitch
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 168 pix.
= 178.08 Å		1.06 Å/pix.
x 168 pix.
= 178.08 Å		1.06 Å/pix.
x 168 pix.
= 178.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 9.0 / ムービー #1: 9
最小 - 最大-10.330175000000001 - 36.324170000000002
平均 (標準偏差)-0.000000000290413 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 178.07999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z178.080178.080178.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-10.33036.324-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Apo SAM-IV Riboswitch

全体名称: Apo SAM-IV Riboswitch
要素
  • 複合体: Apo SAM-IV Riboswitch
    • 複合体: Apo SAM-IV riboswitch
      • RNA: RNA (119-MER)

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超分子 #1: Apo SAM-IV Riboswitch

超分子名称: Apo SAM-IV Riboswitch / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 60190
分子量理論値: 40 KDa

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超分子 #2: Apo SAM-IV riboswitch

超分子名称: Apo SAM-IV riboswitch / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 60190

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分子 #1: RNA (119-MER)

分子名称: RNA (119-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium sp. MCS (バクテリア)
分子量理論値: 38.522906 KDa
配列文字列:
GGUCAUGAGU GCCAGCGUCA AGCCCCGGCU UGCUGGCCGG CAACCCUCCA ACCGCGGUGG GGUGCCCCGG GUGAUGACCA GGUUGAGUA GCCGUGACGG CUACGCGGCA AGCGCGGGUC

GENBANK: GENBANK: CP000384.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Apo SAM-IV riboswitch

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7200 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 7.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2102569
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 796923
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-6ues:
Apo SAM-IV Riboswitch

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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