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万見
- EMDB-20713: In vivo structure of the Legionella type II secretion system by e... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20713
タイトルIn vivo structure of the Legionella type II secretion system by electron cryotomography (aligning the OM-complex).
マップデータSubtomogram average of the Legionella pneumophila type II secretion system (aligning the OM-complex).
試料
  • 複合体: Subtomogram average of the Legionella pneumophila type II secretion system (aligning the OM-complex).
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Ghosal D / Jensen GJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesR01AI127401 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: In vivo structure of the Legionella type II secretion system by electron cryotomography.
著者: Debnath Ghosal / Ki Woo Kim / Huaixin Zheng / Mohammed Kaplan / Hilary K Truchan / Alberto E Lopez / Ian E McIntire / Joseph P Vogel / Nicholas P Cianciotto / Grant J Jensen /
要旨: The type II secretion system (T2SS) is a multiprotein envelope-spanning assembly that translocates a wide range of virulence factors, enzymes and effectors through the outer membrane of many Gram- ...The type II secretion system (T2SS) is a multiprotein envelope-spanning assembly that translocates a wide range of virulence factors, enzymes and effectors through the outer membrane of many Gram-negative bacteria. Here, using electron cryotomography and subtomogram averaging methods, we reveal the in vivo structure of an intact T2SS imaged within the human pathogen Legionella pneumophila. Although the T2SS has only limited sequence and component homology with the evolutionarily related type IV pilus (T4P) system, we show that their overall architectures are remarkably similar. Despite similarities, there are also differences, including, for example, that the T2SS-ATPase complex is usually present but disengaged from the inner membrane, the T2SS has a much longer periplasmic vestibule and it has a short-lived flexible pseudopilus. Placing atomic models of the components into our electron cryotomography map produced a complete architectural model of the intact T2SS that provides insights into the structure and function of its components, its position within the cell envelope and the interactions between its different subcomplexes.
履歴
登録2019年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月4日-
マップ公開2019年12月4日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20713.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of the Legionella pneumophila type II secretion system (aligning the OM-complex).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 672. Å		8.4 Å/pix.
x 120 pix.
= 1008. Å		8.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 672. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.42 / ムービー #1: 0.42
最小 - 最大0 - 1
平均 (標準偏差)0.31244212 (±0.2016792)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ1208080
Spacing8012080
セルA: 672.0 Å / B: 1007.99994 Å / C: 672.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.48.48.4
M x/y/z8012080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z672.0001008.000672.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS8012080
D min/max/mean0.0001.0000.312

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Subtomogram average of the Legionella pneumophila type II secreti...

全体名称: Subtomogram average of the Legionella pneumophila type II secretion system (aligning the OM-complex).
要素
  • 複合体: Subtomogram average of the Legionella pneumophila type II secretion system (aligning the OM-complex).

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超分子 #1: Subtomogram average of the Legionella pneumophila type II secreti...

超分子名称: Subtomogram average of the Legionella pneumophila type II secretion system (aligning the OM-complex).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: We used electron cryotomography and subtomogram averaging to visualize L. pneumophila type II secretion system complex directly in intact, frozen-hydrated bacterial cells
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) / 株: Lp02

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6.9
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 440
抽出トモグラム数: 1993 / 使用した粒子像数: 440 / ソフトウェア - 名称: PEET
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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