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- EMDB-20692: Structure of the membrane-bound sulfane sulfur reductase (MBS), a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20692
タイトルStructure of the membrane-bound sulfane sulfur reductase (MBS), an archaeal respiratory membrane complex
マップデータstructure of an archaea respiratory membrane complex
試料
  • 複合体: respiratory membrane complex
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 1種
キーワードcryoEM / membrane protein / respiratory system
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase (quinone) / monoatomic ion transmembrane transporter activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / inorganic cation transmembrane transport / monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...NADH dehydrogenase (quinone) / monoatomic ion transmembrane transporter activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / inorganic cation transmembrane transport / monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MrpA C-terminal/MbhE / : / : / MBH, subunit E / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G / Na+/H+ antiporter MnhB subunit-related protein / Na(+)/H(+) antiporter subunit F-like / MrpA C-terminal/MbhD ...: / MrpA C-terminal/MbhE / : / : / MBH, subunit E / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G / Na+/H+ antiporter MnhB subunit-related protein / Na(+)/H(+) antiporter subunit F-like / MrpA C-terminal/MbhD / : / Na+/H+ ion antiporter subunit / Na+/H+ antiporter subunit / Domain related to MnhB subunit of Na+/H+ antiporter / Multiple resistance and pH regulation protein F (MrpF / PhaF) / MBH, subunit D / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase subunit C / NADH dehydrogenase subunit M / Monovalent cation/H+ antiporter subunit G / NADH dehydrogenase subunit I / Monovalent cation/H+ antiporter subunit B / Monovalent cation/H+ antiporter subunit C / Monovalent cation/H+ antiporter subunit E / NADH dehydrogenase subunit B / NADH dehydrogenase subunit N / Monovalent cation/H+ antiporter subunit F ...NADH dehydrogenase subunit C / NADH dehydrogenase subunit M / Monovalent cation/H+ antiporter subunit G / NADH dehydrogenase subunit I / Monovalent cation/H+ antiporter subunit B / Monovalent cation/H+ antiporter subunit C / Monovalent cation/H+ antiporter subunit E / NADH dehydrogenase subunit B / NADH dehydrogenase subunit N / Monovalent cation/H+ antiporter subunit F / NADH dehydrogenase subunit D / NADH dehydrogenase subunit / MrpA C-terminal/MbhD domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌) / Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Yu HJ / Li HL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0020085 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-95ER20175 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the respiratory MBS complex reveals iron-sulfur cluster catalyzed sulfane sulfur reduction in ancient life.
著者: Hongjun Yu / Dominik K Haja / Gerrit J Schut / Chang-Hao Wu / Xing Meng / Gongpu Zhao / Huilin Li / Michael W W Adams /
要旨: Modern day aerobic respiration in mitochondria involving complex I converts redox energy into chemical energy and likely evolved from a simple anaerobic system now represented by hydrogen gas- ...Modern day aerobic respiration in mitochondria involving complex I converts redox energy into chemical energy and likely evolved from a simple anaerobic system now represented by hydrogen gas-evolving hydrogenase (MBH) where protons are the terminal electron acceptor. Here we present the cryo-EM structure of an early ancestor in the evolution of complex I, the elemental sulfur (S)-reducing reductase MBS. Three highly conserved protein loops linking cytoplasmic and membrane domains enable scalable energy conversion in all three complexes. MBS contains two proton pumps compared to one in MBH and likely conserves twice the energy. The structure also reveals evolutionary adaptations of MBH that enabled S reduction by MBS catalyzed by a site-differentiated iron-sulfur cluster without participation of protons or amino acid residues. This is the simplest mechanism proposed for reduction of inorganic or organic disulfides. It is of fundamental significance in the iron and sulfur-rich volcanic environments of early earth and possibly the origin of life. MBS provides a new perspective on the evolution of modern-day respiratory complexes and of catalysis by biological iron-sulfur clusters.
履歴
登録2019年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6u8y
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20692.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of an archaea respiratory membrane complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.28 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.28 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.029 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.08619391 - 0.26333424
平均 (標準偏差)0.00056844734 (±0.0033783943)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.28003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0291.0291.029
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z329.280329.280329.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0860.2630.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : respiratory membrane complex

全体名称: respiratory membrane complex
要素
  • 複合体: respiratory membrane complex
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit E
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit F
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit G
    • タンパク質・ペプチド: DUF4040 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit C
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit M
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit I
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

+
超分子 #1: respiratory membrane complex

超分子名称: respiratory membrane complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)

+
分子 #1: Monovalent cation/H+ antiporter subunit E

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 19.134307 KDa
配列文字列:
MEEASSISRY LYTFIVLFII WLFLTASLDP QELTIGALFS AIAALFTYEI FTTRGLANLH PKRVLYFIAY IPYFLWAMIM ANLDVAYRV LHPKRPINPG IVECKTTLTN NVGKMALANS ITLTPGTITL DVDGDKYFIH WIDVKDSSVE GASEHITKPF E KFLRVIFE

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit E

+
分子 #2: Monovalent cation/H+ antiporter subunit F

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 9.328299 KDa
配列文字列:
MIGVNIYLLL IGVATLLSMY RVFRGPTTVD RLVAVDIMTT ITVGLMVLFA LYYRRIIFLD VALVYAILSF AGVIAFARYL EGGL

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit F

+
分子 #3: Monovalent cation/H+ antiporter subunit G

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 13.550896 KDa
配列文字列:
MSVLSLIGEL LVLFGTVFYL LSTLGLIRMP DVYNRMQTAT KSATLGSLGV IIGTGIWALG EGFSVAWLTK AIVIAAFLLL TNPISAHAL IRAAYKSGIP LWEGSVVDKY KEHLERKKKE EGEQE

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit G

+
分子 #4: DUF4040 domain-containing protein

分子名称: DUF4040 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 10.56046 KDa
配列文字列:
MNCIVCIEYI IVALMIISAI LAVEWRDLLA STVGMAAVSL FASILFFFLQ APDVAMTEAA IGAALSAAVF IFAIKRTYRY ETEEEEKLG WWVRW

UniProtKB: MrpA C-terminal/MbhD domain-containing protein

+
分子 #5: Monovalent cation/H+ antiporter subunit B

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 25.691111 KDa
配列文字列: MLKRVLAILT ILVIGYWLAQ GLADVPFGQD KMVVGKYYLE HVKEETGAVN AVTAVVVNYR GLDTLGEVTV LFIASTGVAA LLWKKKRER TAKTEGSVVL TTGARLLFPF IALFGMYIFI HGHLTPGGGF PGGATIATAF LLMYLAFTIY EIPHRGFEVT E GLAGMGYV ...文字列:
MLKRVLAILT ILVIGYWLAQ GLADVPFGQD KMVVGKYYLE HVKEETGAVN AVTAVVVNYR GLDTLGEVTV LFIASTGVAA LLWKKKRER TAKTEGSVVL TTGARLLFPF IALFGMYIFI HGHLTPGGGF PGGATIATAF LLMYLAFTIY EIPHRGFEVT E GLAGMGYV ITGLIGLAIG GYFLFDWIWQ TWGWGHENIG RLFSGGFIPI IYTLIGIKVG TELSGIVDNM LKEEVKE

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit B

+
分子 #6: Monovalent cation/H+ antiporter subunit C

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 12.073443 KDa
配列文字列:
MISSYYFGAI SLILIGLYAV LVKKNLLKIL IGLSIMETGV NLLLISIGYV SGKSAPILSE GVTASNAVDP IPQALVLTAI VIGVATTAM ALSVAILLYE KYGTLNIEEI RRLRG

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit C

+
分子 #7: NADH dehydrogenase subunit N

分子名称: NADH dehydrogenase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 53.019332 KDa
配列文字列: MSQVAALLIA LPLISAFFVP VLKQIGKSLI KPFLVIITLL QTLIASWAFV QVYSTGKPII IYAGGWKPPI GINLYIGHFA ALFILVIAV VSFLMALFNF KAVTVEPIDK YAMLFLLLLL GATGMIATGD IFNLFVFMEI TAISAYALTA YNKTGEAAEA S MKYIVLGG ...文字列:
MSQVAALLIA LPLISAFFVP VLKQIGKSLI KPFLVIITLL QTLIASWAFV QVYSTGKPII IYAGGWKPPI GINLYIGHFA ALFILVIAV VSFLMALFNF KAVTVEPIDK YAMLFLLLLL GATGMIATGD IFNLFVFMEI TAISAYALTA YNKTGEAAEA S MKYIVLGG IGSSFFLVGV ALIYGATGTL NMAHLAMLAN DINPTVVQVG LALIIFGLAV EAELFPLNAW APDAYQAAPH PI TVMFSAF VVKAGLYAMA RILYLFKDVS GWSSLTKLLI AMATLTVVFA ELSALRQKNV KRMIAYSSIG QVGLIALALS LGT QEGVSA GVFHMLNHAI VKTMMFMAIG YVGITLGGTM IENFEGLGKR MPLTSLSLTI GGIATVGVPL FNVFWSKLRI ILAA AHEGN LWPVALVLFA SVVEAVYYFR LIHTMWFKGK SGERIPEGAI AIVLLLLAML IIVIGVYPTP FWNLVTKAGS DIVEV SKYV ANVLPGVKL

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit N

+
分子 #8: NADH dehydrogenase subunit M

分子名称: NADH dehydrogenase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 67.561906 KDa
配列文字列: MNELPIILLS PLIGGALAWL IRVKGIREAI GVVSSAIPLY FLIKLYPALE GEPIRYSLNV GGFELTLALS HISWIFAMIA AVVGLSAVL GLVSTAKDSN EWLFALMSLA GALGVFLAND FVVFFLSWEI MTFASFMMVF KYNRHASLKY FVLSIAGAYA M LLAIGIIY ...文字列:
MNELPIILLS PLIGGALAWL IRVKGIREAI GVVSSAIPLY FLIKLYPALE GEPIRYSLNV GGFELTLALS HISWIFAMIA AVVGLSAVL GLVSTAKDSN EWLFALMSLA GALGVFLAND FVVFFLSWEI MTFASFMMVF KYNRHASLKY FVLSIAGAYA M LLAIGIIY AKTGSLSFPE ISAIFRQDAM MGMMGGGGVF TKTETLLIYA LFLVAFGVKA GMFPLHVWAP DAYSETNQSY TA MFSGVLS KTGVYGFFLL YLLMYGKLAI TLGNVRSAPT FGYIIAFLGG LTIMVGGILA ALQEDIRKLF AYSSISQIGY ILI GLGIGT PLGIAAATYH AISHALFKGL FFLIVATIIY RTGKTEFKDY GGLAEKMPIT FAMAFVAILS LAGIPPMAGF ASKW LIFEA VISRNLPILG AMVFFGSAIG FVYLIRFTYA VWFGQRPSDL EDVKDAPLPL AIGMGILAIL NVIFGVAPGL VAREL NKLF SNPPIGGTIW ELDLGFGRYN GLLLSIWLVI GLIIAAILYF MGAGVRKVPV TDTYQSGNPV TMEYNLTIRR NFFLPL KEA MAFWLKMSFD RLYHDIWKAI EELADLARSY VYNGNIQAYA WYLAIILLIL VAMGV

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit M

+
分子 #9: NADH dehydrogenase subunit B

分子名称: NADH dehydrogenase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase (quinone)
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 22.731473 KDa
配列文字列: MVDWRLFEPL FNWARKKSLW IVAFCTGCGG IEMPPLMTAR YDLERFGIMP DPSPRQYDLF LITGYVTPKT LKRIIITYEM APDPKYVLA HGSCPINGGI YWDAYNAIKQ LDKYIPVDVY IAGCMPRPEA VMDGIKKLME MIENGEADGW KRYKENYEWY R KNQDELLG ...文字列:
MVDWRLFEPL FNWARKKSLW IVAFCTGCGG IEMPPLMTAR YDLERFGIMP DPSPRQYDLF LITGYVTPKT LKRIIITYEM APDPKYVLA HGSCPINGGI YWDAYNAIKQ LDKYIPVDVY IAGCMPRPEA VMDGIKKLME MIENGEADGW KRYKENYEWY R KNQDELLG EGWREKEARK WIPWLMDKRK EVKE

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit B

+
分子 #10: NADH dehydrogenase subunit C

分子名称: NADH dehydrogenase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase (quinone)
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 20.966279 KDa
配列文字列:
MTWEKGEEIV KQILEKAPYA EGKVRRERRL EFRVPADKIR DFLRIMKESN FPLMLQITAV DWPKEGEIEL VYHLINVELG THAMVKTRI PRDLDKARMP TVKDIYPAAE TYERDVHDFF GVYFEGNEKM EMPWILDDPE RGLYPHRKDF DMLAYVKKKY K ILDRFDED KDKYVI

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit C

+
分子 #11: NADH dehydrogenase subunit D

分子名称: NADH dehydrogenase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase (quinone)
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 44.756504 KDa
配列文字列: MVSQEELIRE ARQNGMELYP IDKDTYELFF GPQHMATENF SIILKMDGNR VVKAIANPGF LHRGFEKLAE YRPWYTNIAL LLRICVPEP DVPEAIYSMA VDEIIGWEVP ERAQWIRTLV LEMARVTAYL FWIMGLSFKL GVYTAGQWAA AYRERFMALF E QLTGARVY ...文字列:
MVSQEELIRE ARQNGMELYP IDKDTYELFF GPQHMATENF SIILKMDGNR VVKAIANPGF LHRGFEKLAE YRPWYTNIAL LLRICVPEP DVPEAIYSMA VDEIIGWEVP ERAQWIRTLV LEMARVTAYL FWIMGLSFKL GVYTAGQWAA AYRERFMALF E QLTGARVY HIYTIPGGVR RDIPGDKWLR QVRDTVEYLK DKLKDFDNVL FENYITYKRL EGIGVMDKKF ALEEGVTGPN LR ATGVAYD VRKSDPYLLY PELDFEIPVL KEGDALARVL VRRYELEQDL YIIEQLLDMG PPSGPYKVQD PKLKNLPRFK VPP GEAFAH VEATKGDFGA YVVSDGGHKP YRVHIRGPSI AHGVRVLEQL LVGARLADVP AILMSLDNCP PDIDR

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit D

+
分子 #12: NADH dehydrogenase subunit

分子名称: NADH dehydrogenase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 33.67757 KDa
配列文字列: MIGVFLRALL IIIYATFVGF IFMGIIRKVT ARIHRRIGPP IYQPIIDTLK FFGKKENITH GLIYDFGIIY AVGATILALM FIPLGPISV LRAYGDLILV TFLLEIPMLG IMFAAMSSGN PYAGIGAQRA LLTLLAIQVP LGLAIIAVAE YYGTFSTYEI V MAQQKMGW ...文字列:
MIGVFLRALL IIIYATFVGF IFMGIIRKVT ARIHRRIGPP IYQPIIDTLK FFGKKENITH GLIYDFGIIY AVGATILALM FIPLGPISV LRAYGDLILV TFLLEIPMLG IMFAAMSSGN PYAGIGAQRA LLTLLAIQVP LGLAIIAVAE YYGTFSTYEI V MAQQKMGW SIFHLPLLLA AIAYDIVLQA MFGKEPFDIM IAPGEISLGP MVEFGGKHMG MLQIQHAMAL FAETLFFSNI FL GGGVVTA FGSPLLNTLA SLAVLLVKQI AVLLIAIFVG AIFPRFTIDQ AAKFYWKWPT IIAAIGAIMA SL

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit

+
分子 #13: NADH dehydrogenase subunit I

分子名称: NADH dehydrogenase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase (quinone)
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 24.746895 KDa
配列文字列: MEEVTFRIAP EEKVKKKPSF LKPWFGLKYL FKKPVTIKIP YEFIEPAPRY RGFHTLDWKK CIGCNMCGQI CPARAIEMTW IEGEKRPHP KIDYGRCTFC QFCVDVCPTG ALGFIETYML TTTWREEELL LYDWVPIEPE KFKEIQEKFK DYKFPVEKIE F NKETKEVT ...文字列:
MEEVTFRIAP EEKVKKKPSF LKPWFGLKYL FKKPVTIKIP YEFIEPAPRY RGFHTLDWKK CIGCNMCGQI CPARAIEMTW IEGEKRPHP KIDYGRCTFC QFCVDVCPTG ALGFIETYML TTTWREEELL LYDWVPIEPE KFKEIQEKFK DYKFPVEKIE F NKETKEVT YYLRDGTTFK FKILGYGLKP PVKPQPTTKQ QEEEKKESGQ

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit I

+
分子 #14: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8.2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 203673
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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