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- EMDB-2069: Octameric structure of IMPDH from Pseudomonas aeruginosa in its A... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2069
タイトルOctameric structure of IMPDH from Pseudomonas aeruginosa in its APO form
マップデータCryo-EM map of IMPDH from Pseudomonas Aeruginosa at 15.5A resolution in its APO conformation
試料
  • 試料: IMPDH apo filtered at 15.5 A resolution from Pseudomonas aeruginosa
  • タンパク質・ペプチド: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードIMPDH / nucleotide metabolism / CBS domains
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.5 Å
データ登録者Labesse G / Vaupre L / Salard-Arnaud I / Alexandre T / Lai Kee Him J / Raynal B / Bron P / Munier-Lehmann H
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: MgATP regulates allostery and fiber formation in IMPDHs.
著者: Gilles Labesse / Thomas Alexandre / Laurène Vaupré / Isabelle Salard-Arnaud / Joséphine Lai Kee Him / Bertrand Raynal / Patrick Bron / Hélène Munier-Lehmann /
要旨: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (IMPDH) is a rate-limiting enzyme in nucleotide biosynthesis studied as an important therapeutic target and its complex functioning in vivo is still puzzling ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (IMPDH) is a rate-limiting enzyme in nucleotide biosynthesis studied as an important therapeutic target and its complex functioning in vivo is still puzzling and debated. Here, we highlight the structural basis for the regulation of IMPDHs by MgATP. Our results demonstrate the essential role of the CBS tandem, conserved among almost all IMPDHs. We found that Pseudomonas aeruginosa IMPDH is an octameric enzyme allosterically regulated by MgATP and showed that this octameric organization is widely conserved in the crystal structures of other IMPDHs. We also demonstrated that human IMPDH1 adopts two types of complementary octamers that can pile up into isolated fibers in the presence of MgATP. The aggregation of such fibers in the autosomal dominant mutant, D226N, could explain the onset of the retinopathy adRP10. Thus, the regulatory CBS modules in IMPDHs are functional and they can either modulate catalysis or macromolecular assembly.
履歴
登録2012年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月3日-
マップ公開2013年4月17日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2069.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of IMPDH from Pseudomonas Aeruginosa at 15.5A resolution in its APO conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.3 Å/pix.
x 150 pix.
= 345. Å		2.3 Å/pix.
x 150 pix.
= 345. Å		2.3 Å/pix.
x 150 pix.
= 345. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 45.0 / ムービー #1: 52
最小 - 最大0.0 - 99.999992370000001
平均 (標準偏差)31.148069379999999 (±5.58130646)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 345.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.32.32.3
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.000345.000345.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean0.000100.00031.148

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : IMPDH apo filtered at 15.5 A resolution from Pseudomonas aeruginosa

全体名称: IMPDH apo filtered at 15.5 A resolution from Pseudomonas aeruginosa
要素
  • 試料: IMPDH apo filtered at 15.5 A resolution from Pseudomonas aeruginosa
  • タンパク質・ペプチド: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

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超分子 #1000: IMPDH apo filtered at 15.5 A resolution from Pseudomonas aeruginosa

超分子名称: IMPDH apo filtered at 15.5 A resolution from Pseudomonas aeruginosa
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: octameric / Number unique components: 1
分子量理論値: 430 KDa

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分子 #1: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

分子名称: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IMPDH / コピー数: 8 / 集合状態: octamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 別称: Bacteria
分子量理論値: 430 KDa
組換発現生物種: Bacteria (unknown)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM potassium phosphate pH 8 and 0.1 M KCl
グリッド詳細: Quantifoil R2.2, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 102.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 1 second

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 93.15 K / 最高: 96.15 K / 平均: 95.15 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細Weak beam illumination
日付2011年10月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 74 / 平均電子線量: 18 e/Å2
詳細: Images recorded with the 4K X 4K slow-scan CCD camera (Gatan inc.), which explains why the nominal magnification is 100000 and 130137 when calibrated on the camera.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 130137 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using an semi-automatic selection program (boxer)
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, FREALIGN / 使用した粒子像数: 10625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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