[日本語] English
万見
- EMDB-20667: Biochemical and structural analysis of the Neurofibromin (NF1) pr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20667
タイトルBiochemical and structural analysis of the Neurofibromin (NF1) protein reveals high-affinity dimer formation
マップデータNegative Stain Reconstruction
試料
  • 複合体: Neurofibromin is the protein product of the NF1 gene Human NF1 isoform 2 (NM_000267.3).
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.5 Å
データ登録者Juneja P / Sherekar M / Esposito D / Han SW / Ghirlando R / Messing S / Drew M / Niel OH / Stanley C / Bhowmik D ...Juneja P / Sherekar M / Esposito D / Han SW / Ghirlando R / Messing S / Drew M / Niel OH / Stanley C / Bhowmik D / Ramanathan A / Subramaniam S / Nissley D / Gillette W / McCormick F
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseaseHHSN261200800001E 米国
Department of Energy (United States)DE-AC05-00OR22725 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2020
タイトル: Biochemical and structural analyses reveal that the tumor suppressor neurofibromin (NF1) forms a high-affinity dimer.
著者: Mukul Sherekar / Sae-Won Han / Rodolfo Ghirlando / Simon Messing / Matthew Drew / Dana Rabara / Timothy Waybright / Puneet Juneja / Hugh O'Neill / Christopher B Stanley / Debsindhu Bhowmik / ...著者: Mukul Sherekar / Sae-Won Han / Rodolfo Ghirlando / Simon Messing / Matthew Drew / Dana Rabara / Timothy Waybright / Puneet Juneja / Hugh O'Neill / Christopher B Stanley / Debsindhu Bhowmik / Arvind Ramanathan / Sriram Subramaniam / Dwight V Nissley / William Gillette / Frank McCormick / Dominic Esposito /
要旨: Neurofibromin is a tumor suppressor encoded by the gene, which is mutated in Rasopathy disease neurofibromatosis type I. Defects in lead to aberrant signaling through the RAS-mitogen-activated ...Neurofibromin is a tumor suppressor encoded by the gene, which is mutated in Rasopathy disease neurofibromatosis type I. Defects in lead to aberrant signaling through the RAS-mitogen-activated protein kinase pathway due to disruption of the neurofibromin GTPase-activating function on RAS family small GTPases. Very little is known about the function of most of the neurofibromin protein; to date, biochemical and structural data exist only for its GAP domain and a region containing a Sec-PH motif. To better understand the role of this large protein, here we carried out a series of biochemical and biophysical experiments, including size-exclusion chromatography-multiangle light scattering (SEC-MALS), small-angle X-ray and neutron scattering, and analytical ultracentrifugation, indicating that full-length neurofibromin forms a high-affinity dimer. We observed that neurofibromin dimerization also occurs in human cells and likely has biological and clinical implications. Analysis of purified full-length and truncated neurofibromin variants by negative-stain EM revealed the overall architecture of the dimer and predicted the potential interactions that contribute to the dimer interface. We could reconstitute structures resembling high-affinity full-length dimers by mixing N- and C-terminal protein domains The reconstituted neurofibromin was capable of GTPase activation , and co-expression of the two domains in human cells effectively recapitulated the activity of full-length neurofibromin. Taken together, these results suggest how neurofibromin dimers might form and be stabilized within the cell.
履歴
登録2019年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月8日-
マップ公開2020年1月8日-
更新2020年2月5日-
現状2020年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20667.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative Stain Reconstruction
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.013 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.0412064 - 0.04596241
平均 (標準偏差)0.0000663630 (±0.00220435)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 573.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z324324324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z573.480573.480573.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS324324324
D min/max/mean-0.0410.0460.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Neurofibromin is the protein product of the NF1 gene Human NF1 is...

全体名称: Neurofibromin is the protein product of the NF1 gene Human NF1 isoform 2 (NM_000267.3).
要素
  • 複合体: Neurofibromin is the protein product of the NF1 gene Human NF1 isoform 2 (NM_000267.3).

-
超分子 #1: Neurofibromin is the protein product of the NF1 gene Human NF1 is...

超分子名称: Neurofibromin is the protein product of the NF1 gene Human NF1 isoform 2 (NM_000267.3).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換株: Tni-FNL
分子量理論値: 317 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HclTris-Hcl
300.0 mMNaClSodium chloride
5.0 mMC9H15O6PTCEP

詳細: in 20 mM Tris-Cl, pH 8.0, 300 mM NaCl, 5 mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate / 詳細: 0.75% w/v uranyl formate, pH 4.5, for 30 sec
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細Sample was mono disperse

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

+
画像解析

詳細Gatan Ultra Scan camera
粒子像選択選択した数: 41951 / 詳細: EMAN2 e2boxer
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. EMAN 2.21a final) / 使用した粒子像数: 30588
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る