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万見
- EMDB-20660: Raptor-Rag-Ragulator complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20660
タイトルRaptor-Rag-Ragulator complex
マップデータUnmasked, unsharpened.
試料
  • 複合体: Raptor-Rag-Ragulator
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 3種
キーワードsignaling complex / GTPase / lysosome / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / positive regulation of pentose-phosphate shunt ...regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / positive regulation of pentose-phosphate shunt / regulation of TORC1 signaling / protein localization to lysosome / TORC1 complex / regulation of TOR signaling / TORC1 signaling / positive regulation of odontoblast differentiation / endosome organization / fibroblast migration / lysosome localization / cellular response to L-leucine / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein localization to membrane / kinase activator activity / positive regulation of osteoclast differentiation / cellular response to osmotic stress / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / azurophil granule membrane / endosomal transport / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of cell size / lysosome organization / Macroautophagy / protein kinase activator activity / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / social behavior / CDC42 GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOH GTPase cycle / HSF1-dependent transactivation / RHOG GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / regulation of receptor recycling / RAC2 GTPase cycle / response to amino acid / TOR signaling / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to nutrient levels / specific granule membrane / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-membrane adaptor activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / 14-3-3 protein binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to starvation / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of glycolytic process / RNA splicing / viral genome replication / negative regulation of autophagy / : / cholesterol homeostasis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Regulation of PTEN gene transcription / regulation of autophagy / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of cell growth / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to glucose stimulus / phosphoprotein binding / MAP2K and MAPK activation / response to virus / small GTPase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / cytoplasmic stress granule / GDP binding / late endosome / protein localization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / GTPase binding / late endosome membrane / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / positive regulation of cell growth / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction
類似検索 - 分子機能
LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting ...LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / HEAT repeat / HEAT repeat / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / Regulatory-associated protein of mTOR / Ras-related GTP-binding protein C / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Rogala KB / Sabatini DM
資金援助 米国, 英国, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA103866 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA129105 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI47389 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-0448 米国
Lustgarten Foundation 米国
Tuberous Sclerosis Association 英国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
American Cancer Society 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the docking of mTORC1 on the lysosomal surface.
著者: Kacper B Rogala / Xin Gu / Jibril F Kedir / Monther Abu-Remaileh / Laura F Bianchi / Alexia M S Bottino / Rikke Dueholm / Anna Niehaus / Daan Overwijn / Ange-Célia Priso Fils / Sherry X Zhou ...著者: Kacper B Rogala / Xin Gu / Jibril F Kedir / Monther Abu-Remaileh / Laura F Bianchi / Alexia M S Bottino / Rikke Dueholm / Anna Niehaus / Daan Overwijn / Ange-Célia Priso Fils / Sherry X Zhou / Daniel Leary / Nouf N Laqtom / Edward J Brignole / David M Sabatini /
要旨: The mTORC1 (mechanistic target of rapamycin complex 1) protein kinase regulates growth in response to nutrients and growth factors. Nutrients promote its translocation to the lysosomal surface, where ...The mTORC1 (mechanistic target of rapamycin complex 1) protein kinase regulates growth in response to nutrients and growth factors. Nutrients promote its translocation to the lysosomal surface, where its Raptor subunit interacts with the Rag guanosine triphosphatase (GTPase)-Ragulator complex. Nutrients switch the heterodimeric Rag GTPases among four different nucleotide-binding states, only one of which (RagA/B•GTP-RagC/D•GDP) permits mTORC1 association. We used cryo-electron microscopy to determine the structure of the supercomplex of Raptor with Rag-Ragulator at a resolution of 3.2 angstroms. Our findings indicate that the Raptor α-solenoid directly detects the nucleotide state of RagA while the Raptor "claw" threads between the GTPase domains to detect that of RagC. Mutations that disrupted Rag-Raptor binding inhibited mTORC1 lysosomal localization and signaling. By comparison with a structure of mTORC1 bound to its activator Rheb, we developed a model of active mTORC1 docked on the lysosome.
履歴
登録2019年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月30日-
マップ公開2019年10月30日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u62
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20660.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20660.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unmasked, unsharpened.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 352 pix.
= 372.768 Å		1.06 Å/pix.
x 352 pix.
= 372.768 Å		1.06 Å/pix.
x 352 pix.
= 372.768 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.020739848 - 0.06405486
平均 (標準偏差)-0.000050383976 (±0.0015241097)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 372.768 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z372.768372.768372.768
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ307236
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-0.0210.064-0.000

-
添付データ

-
追加マップ: Unmasked, sharpened.

ファイルemd_20660_additional.map
注釈Unmasked, sharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Raptor-Rag-Ragulator

全体名称: Raptor-Rag-Ragulator
要素
  • 複合体: Raptor-Rag-Ragulator
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory-associated protein of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related GTP-binding protein A
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related GTP-binding protein C
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR1
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR2
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR3
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR4
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR5
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Raptor-Rag-Ragulator

超分子名称: Raptor-Rag-Ragulator / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Regulatory-associated protein of mTOR

分子名称: Regulatory-associated protein of mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 154.915812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESEMLQSPL LGLGEEDEAD LTDWNLPLAF MKKRHCEKIE GSKSLAQSWR MKDRMKTVSV ALVLCLNVGV DPPDVVKTTP CARLECWID PLSMGPQKAL ETIGANLQKQ YENWQPRARY KQSLDPTVDE VKKLCTSLRR NAKEERVLFH YNGHGVPRPT V NGEVWVFN ...文字列:
MESEMLQSPL LGLGEEDEAD LTDWNLPLAF MKKRHCEKIE GSKSLAQSWR MKDRMKTVSV ALVLCLNVGV DPPDVVKTTP CARLECWID PLSMGPQKAL ETIGANLQKQ YENWQPRARY KQSLDPTVDE VKKLCTSLRR NAKEERVLFH YNGHGVPRPT V NGEVWVFN KNYTQYIPLS IYDLQTWMGS PSIFVYDCSN AGLIVKSFKQ FALQREQELE VAAINPNHPL AQMPLPPSMK NC IQLAACE ATELLPMIPD LPADLFTSCL TTPIKIALRW FCMQKCVSLV PGVTLDLIEK IPGRLNDRRT PLGELNWIFT AIT DTIAWN VLPRDLFQKL FRQDLLVASL FRNFLLAERI MRSYNCTPVS SPRLPPTYMH AMWQAWDLAV DICLSQLPTI IEEG TAFRH SPFFAEQLTA FQVWLTMGVE NRNPPEQLPI VLQVLLSQVH RLRALDLLGR FLDLGPWAVS LALSVGIFPY VLKLL QSSA RELRPLLVFI WAKILAVDSS CQADLVKDNG HKYFLSVLAD PYMPAEHRTM TAFILAVIVN SYHTGQEACL QGNLIA ICL EQLNDPHPLL RQWVAICLGR IWQNFDSARW CGVRDSAHEK LYSLLSDPIP EVRCAAVFAL GTFVGNSAER TDHSTTI DH NVAMMLAQLV SDGSPMVRKE LVVALSHLVV QYESNFCTVA LQFIEEEKNY ALPSPATTEG GSLTPVRDSP CTPRLRSV S SYGNIRAVAT ARSLNKSLQN LSLTEESGGA VAFSPGNLST SSSASSTLGS PENEEHILSF ETIDKMRRAS SYSSLNSLI GVSFNSVYTQ IWRVLLHLAA DPYPEVSDVA MKVLNSIAYK ATVNARPQRV LDTSSLTQSA PASPTNKGVH IHQAGGSPPA SSTSSSSLT NDVAKQPVSR DLPSGRPGTT GPAGAQYTPH SHQFPRTRKM FDKGPEQTAD DADDAAGHKS FISATVQTGF C DWSARYFA QPVMKIPEEH DLESQIRKER EWRFLRNSRV RRQAQQVIQK GITRLDDQIF LNRNPGVPSV VKFHPFTPCI AV ADKDSIC FWDWEKGEKL DYFHNGNPRY TRVTAMEYLN GQDCSLLLTA TDDGAIRVWK NFADLEKNPE MVTAWQGLSD MLP TTRGAG MVVDWEQETG LLMSSGDVRI VRIWDTDREM KVQDIPTGAD SCVTSLSCDS HRSLIVAGLG DGSIRVYDRR MALS ECRVM TYREHTAWVV KASLQKRPDG HIVSVSVNGD VRIFDPRMPE SVNVLQIVKG LTALDIHPQA DLIACGSVNQ FTAIY NSSG ELINNIKYYD GFMGQRVGAI SCLAFHPHWP HLAVGSNDYY ISVYSVEKRV RGGGSLEVLF QGPGSGGGSD YKDDDD KSS GWSHPQFEKG GGARGGSGGG SWSHPQFEK

UniProtKB: Regulatory-associated protein of mTOR

+
分子 #2: Ras-related GTP-binding protein A

分子名称: Ras-related GTP-binding protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.615168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPNTAMKKKV LLMGKSGSGK TSMRSIIFAN YIARDTRRLG ATIDVEHSHV RFLGNLVLNL WDCGGQDTFM ENYFTSQRDN IFRNVEVLI YVFDVESREL EKDMHYYQSC LEAILQNSPD AKIFCLVHKM DLVQEDQRDL IFKEREEDLR RLSRPLECAC F RTSIWDET ...文字列:
MPNTAMKKKV LLMGKSGSGK TSMRSIIFAN YIARDTRRLG ATIDVEHSHV RFLGNLVLNL WDCGGQDTFM ENYFTSQRDN IFRNVEVLI YVFDVESREL EKDMHYYQSC LEAILQNSPD AKIFCLVHKM DLVQEDQRDL IFKEREEDLR RLSRPLECAC F RTSIWDET LYKAWSSIVY QLIPNVQQLE MNLRNFAQII EADEVLLFER ATFLVISHYQ CKEQRDVHRF EKISNIIKQF KL SCSKLAA SFQSMEVRNS NFAAFIDIFT SNTYVMVVMS DPSIPSAATL INIRNARKHF EKLERVDGPK HSLLMR

UniProtKB: Ras-related GTP-binding protein A

+
分子 #3: Ras-related GTP-binding protein C

分子名称: Ras-related GTP-binding protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.334828 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPSLQYGAEE TPLAGSYGAA DSFPKDFGYG VEEEEEEAAA AGGGVGAGAG GGCGPGGADS SKPRILLMGL RRSGKNSIQK VVFHKMSPN ENLFLESTNK IYKDDISNSS FVNFQIWDFP GQMDFFDPTF DYEMIFRGTG ALIYVIDAQD DYMEALTRLH I TVSKAYKV ...文字列:
GPSLQYGAEE TPLAGSYGAA DSFPKDFGYG VEEEEEEAAA AGGGVGAGAG GGCGPGGADS SKPRILLMGL RRSGKNSIQK VVFHKMSPN ENLFLESTNK IYKDDISNSS FVNFQIWDFP GQMDFFDPTF DYEMIFRGTG ALIYVIDAQD DYMEALTRLH I TVSKAYKV NPDMNFEVFI HKVDGLSDDH KIETQRDIHQ RANDDLADAG LEKLHLSFYL TSIYDHSIFE AFSKVVQKLI PQ LPTLENL LNIFISNSGI EKAFLFDVVS KIYIATDSSP VDMQSYELCC DMIDVVIDVS CIYGLKEDGS GSAYDKESMA IIK LNNTTV LYLKEVTKFL ALVCILREES FERKGLIDYN FHCFRKAIHE VFEVGVTSHR SCGHQTSASS LKALTHNGTP RNAI

UniProtKB: Ras-related GTP-binding protein C

+
分子 #4: Ragulator complex protein LAMTOR1

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.35923 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPSSENEDSD QDREERKLLL DPSSPPTKAL NGAEPNYHSL PSARTDEQAL LSSILAKTAS NIIDVSAADS QGMEQHEYMD RARQYSTRL AVLSSSLTHW KKLPPLPSLT SQPHQVLASE PIPFSDLQQV SRIAAYAYSA LSQIRVDAKE ELVVQFGIP

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR1

+
分子 #5: Ragulator complex protein LAMTOR2

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.51745 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLRPKALTQV LSQANTGGVQ STLLLNNEGS LLAYSGYGDT DARVTAAIAS NIWAAYDRNG NQAFNEDNLK FILMDCMEGR VAITRVANL LLCMYAKETV GFGMLKAKAQ ALVQYLEEPL TQVAAS

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR2

+
分子 #6: Ragulator complex protein LAMTOR3

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.579781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MADDLKRFLY KKLPSVEGLH AIVVSDRDGV PVIKVANDNA PEHALRPGFL STFALATDQG SKLGLSKNKS IICYYNTYQV VQFNRLPLV VSFIASSSAN TGLIVSLEKE LAPLFEELRQ VVEVSENLYF QGSSGWSHPQ FEKGGGSGGG SGGGSWSHPQ F EK

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR3

+
分子 #7: Ragulator complex protein LAMTOR4

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.776206 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPTSALTQGL ERIPDQLGYL VLSEGAVLAS SGDLENDEQA ASAISELVST ACGFRLHRGM NVPFKRLSVV FGEHTLLVTV SGQRVFVVK RQNRGREPID V

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR4

+
分子 #8: Ragulator complex protein LAMTOR5

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.6229 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MEATLEQHLE DTMKNPSIVG VLCTDSQGLN LGCRGTLSDE HAGVISVLAQ QAAKLTSDPT DIPVVCLESD NGNIMIQKHD GITVAVHKM AS

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR5

+
分子 #9: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112037
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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