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- EMDB-2066: Electron cryo-microscopy of the L651A mutant R-peptide precursor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2066
タイトルElectron cryo-microscopy of the L651A mutant R-peptide precursor Env of Moloney murine leukemia virus in its native state
マップデータReconstruction of the L651A mutant R-peptide precursor of Moloney murine leukemia virus Env in its native state
試料
  • 試料: Native form of the L651A mutant R-peptide precursor of Moloney murine leukemia virus Env
  • タンパク質・ペプチド: gp70-Pr15E
キーワードcryo-EM / Retrovirus / spike protein / maturation cleavage / R-peptide
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Loving R / Wu SR / Sjoberg M / Lindqvist B / Garoff H
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Maturation cleavage of the murine leukemia virus Env precursor separates the transmembrane subunits to prime it for receptor triggering.
著者: Robin Löving / Shang-Rung Wu / Mathilda Sjöberg / Birgitta Lindqvist / Henrik Garoff /
要旨: The Env protein of murine leukemia virus matures by two cleavage events. First, cellular furin separates the receptor binding surface (SU) subunit from the fusion-active transmembrane (TM) subunit ...The Env protein of murine leukemia virus matures by two cleavage events. First, cellular furin separates the receptor binding surface (SU) subunit from the fusion-active transmembrane (TM) subunit and then, in the newly assembled particle, the viral protease removes a 16-residue peptide, the R-peptide from the endodomain of the TM. Both cleavage events are required to prime the Env for receptor-triggered activation. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) analyses have shown that the mature Env forms an open cage-like structure composed of three SU-TM complexes, where the TM subunits formed separated Env legs. Here we have studied the structure of the R-peptide precursor Env by cryo-EM. TM cleavage in Moloney murine leukemia virus was inhibited by amprenavir, and the Envs were solubilized in Triton X-100 and isolated by sedimentation in a sucrose gradient. We found that the legs of the R-peptide Env were held together by trimeric interactions at the very bottom of the Env. This suggested that the R-peptide ties the TM legs together and that this prevents the activation of the TM for fusion. The model was supported by further cryo-EM studies using an R-peptide Env mutant that was fusion-competent despite an uncleaved R-peptide. The Env legs of this mutant were found to be separated, like in the mature Env. This shows that it is the TM leg separation, normally caused by R-peptide cleavage, that primes the Env for receptor triggering.
履歴
登録2012年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年4月20日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD2066.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the L651A mutant R-peptide precursor of Moloney murine leukemia virus Env in its native state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 48 pix.
= 168. Å		3.5 Å/pix.
x 48 pix.
= 168. Å		3.5 Å/pix.
x 48 pix.
= 168. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.6 / ムービー #1: 1.6
最小 - 最大-4.73799372 - 5.21405506
平均 (標準偏差)0.01628768 (±0.86803526)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-7-7-7
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 168.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z168.000168.000168.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-7-7-7
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-4.7385.2140.016

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Native form of the L651A mutant R-peptide precursor of Moloney mu...

全体名称: Native form of the L651A mutant R-peptide precursor of Moloney murine leukemia virus Env
要素
  • 試料: Native form of the L651A mutant R-peptide precursor of Moloney murine leukemia virus Env
  • タンパク質・ペプチド: gp70-Pr15E

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超分子 #1000: Native form of the L651A mutant R-peptide precursor of Moloney mu...

超分子名称: Native form of the L651A mutant R-peptide precursor of Moloney murine leukemia virus Env
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimeric / Number unique components: 1
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 270 KDa / 手法: Blue native PAGE

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分子 #1: gp70-Pr15E

分子名称: gp70-Pr15E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: (SU-TM)3; Env / 詳細: Expressed in Human Embryonic Kidney 293T cells / コピー数: 1 / 集合状態: trimeric / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Moloney murine leukemia virus (ウイルス) / 別称: MO-MLV
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 270 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pNCA

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 50 mM Hepes, 100 mM NaCl, 1.8 mM CaCl2, 0.05% Triton X-100
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The specimen was frozen in liquid ethane and transferred to liquid nitrogen for EM inspection without staining.
グリッド詳細: 400 mesh holey carbon grid. The grids were glow discharged.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
Timed resolved state: Vitrified 45 msec after spraying with effector
手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
温度最低: 93 K / 最高: 96 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using online FFT
日付2011年7月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.5 µm / 実像数: 653 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 43200 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 43200
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program and the damaged particles were removed by visual inspection.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1, EMAN2
詳細: Final maps were calculated from four averaged datasets
使用した粒子像数: 4702
最終 2次元分類クラス数: 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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