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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20638 | |||||||||
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タイトル | E. coli 50S with phazolicin (PHZ) bound in exit tunnel | |||||||||
マップデータ | Charge density map used for real space refine, obtained as described by Wang, J. (2017) | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / phazolicin / antimicrobial protein / RIBOSOME-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome ...large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Rhizobium sp. Pop5 (根粒菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Watson ZL / Cate JHD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structure of ribosome-bound azole-modified peptide phazolicin rationalizes its species-specific mode of bacterial translation inhibition. 著者: Dmitrii Y Travin / Zoe L Watson / Mikhail Metelev / Fred R Ward / Ilya A Osterman / Irina M Khven / Nelli F Khabibullina / Marina Serebryakova / Peter Mergaert / Yury S Polikanov / Jamie H D ...著者: Dmitrii Y Travin / Zoe L Watson / Mikhail Metelev / Fred R Ward / Ilya A Osterman / Irina M Khven / Nelli F Khabibullina / Marina Serebryakova / Peter Mergaert / Yury S Polikanov / Jamie H D Cate / Konstantin Severinov / 要旨: Ribosome-synthesized post-translationally modified peptides (RiPPs) represent a rapidly expanding class of natural products with various biological activities. Linear azol(in)e-containing peptides ...Ribosome-synthesized post-translationally modified peptides (RiPPs) represent a rapidly expanding class of natural products with various biological activities. Linear azol(in)e-containing peptides (LAPs) comprise a subclass of RiPPs that display outstanding diversity of mechanisms of action while sharing common structural features. Here, we report the discovery of a new LAP biosynthetic gene cluster in the genome of Rhizobium Pop5, which encodes the precursor peptide and modification machinery of phazolicin (PHZ) - an extensively modified peptide exhibiting narrow-spectrum antibacterial activity against some symbiotic bacteria of leguminous plants. The cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S-PHZ complex reveals that the drug interacts with the 23S rRNA and uL4/uL22 proteins and obstructs ribosomal exit tunnel in a way that is distinct from other compounds. We show that the uL4 loop sequence determines the species-specificity of antibiotic action. PHZ expands the known diversity of LAPs and may be used in the future as biocontrol agent for agricultural needs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20638.map.gz | 84 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20638-v30.xml emd-20638.xml | 56.1 KB 56.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20638_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20638.png | 155.7 KB | ||
マスクデータ | emd_20638_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-20638.cif.gz | 11.1 KB | ||
その他 | emd_20638_additional_1.map.gz emd_20638_additional_2.map.gz emd_20638_half_map_1.map.gz emd_20638_half_map_2.map.gz | 116.7 MB 98.1 MB 98.4 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20638 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20638 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20638_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20638_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20638_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20638_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20638 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20638 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Charge density map used for real space refine, obtained as described by Wang, J. (2017) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1136 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_20638_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION post-processed map, used for preview image
ファイル | emd_20638_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION post-processed map, used for preview image | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION 3D auto-refine map
ファイル | emd_20638_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION 3D auto-refine map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map #1
ファイル | emd_20638_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map #1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map #2
ファイル | emd_20638_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map #2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : E. coli ribosome with phazolicin in exit tunnel
+超分子 #1: E. coli ribosome with phazolicin in exit tunnel
+超分子 #2: E. coli 50S
+超分子 #3: Phazolicin
+分子 #1: 23S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein uL2
+分子 #4: 50S ribosomal protein uL3
+分子 #5: 50S ribosomal protein uL4
+分子 #6: 50S ribosomal protein uL5
+分子 #7: 50S ribosomal protein uL6
+分子 #8: 50S ribosomal protein bL9
+分子 #9: 50S ribosomal protein uL11
+分子 #10: 50S ribosomal protein uL13
+分子 #11: 50S ribosomal protein uL14
+分子 #12: 50S ribosomal protein uL15
+分子 #13: 50S ribosomal protein uL16
+分子 #14: 50S ribosomal protein bL17
+分子 #15: 50S ribosomal protein uL18
+分子 #16: 50S ribosomal protein bL19
+分子 #17: 50S ribosomal protein bL20
+分子 #18: 50S ribosomal protein bL21
+分子 #19: 50S ribosomal protein uL22
+分子 #20: 50S ribosomal protein uL23
+分子 #21: 50S ribosomal protein uL24
+分子 #22: 50S ribosomal protein bL25
+分子 #23: 50S ribosomal protein bL27
+分子 #24: 50S ribosomal protein bL28
+分子 #25: 50S ribosomal protein uL29
+分子 #26: 50S ribosomal protein uL30
+分子 #27: 50S ribosomal protein bL32
+分子 #28: 50S ribosomal protein bL33
+分子 #29: 50S ribosomal protein bL34
+分子 #30: 50S ribosomal protein bL35
+分子 #31: 50S ribosomal protein bL36
+分子 #32: phazolicin
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |