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- EMDB-20629: Best fitting antiparallel model for Volume 2 of truncated dimeric... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20629
タイトルBest fitting antiparallel model for Volume 2 of truncated dimeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 14-399)
マップデータVolume 2 for truncated dimeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 14-399)
試料
  • 複合体: Truncated homodimer of Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-399) with Inositol 1,3,4,5-tetrakis phosphate (IP4)
    • タンパク質・ペプチド: Cytohesin-3
  • リガンド: INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE
キーワードArf GEF / Phosphoinositide binding / Sec7 Domain / PH Domain / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi vesicle transport / Intra-Golgi traffic / establishment of epithelial cell polarity / regulation of ARF protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / bicellular tight junction / ruffle / positive regulation of cell adhesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction ...Golgi vesicle transport / Intra-Golgi traffic / establishment of epithelial cell polarity / regulation of ARF protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / bicellular tight junction / ruffle / positive regulation of cell adhesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / Golgi membrane / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 53.0 Å
データ登録者Das S / Lambright DG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM056324 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Organization and Dynamics of Homodimeric Cytohesin Family Arf GTPase Exchange Factors in Solution and on Membranes.
著者: Sanchaita Das / Andrew W Malaby / Agata Nawrotek / Wenhua Zhang / Mahel Zeghouf / Sarah Maslen / Mark Skehel / Srinivas Chakravarthy / Thomas C Irving / Osman Bilsel / Jacqueline Cherfils / David G Lambright /
要旨: Membrane dynamic processes require Arf GTPase activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) with a Sec7 domain. Cytohesin family Arf GEFs function in signaling and cell migration through ...Membrane dynamic processes require Arf GTPase activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) with a Sec7 domain. Cytohesin family Arf GEFs function in signaling and cell migration through Arf GTPase activation on the plasma membrane and endosomes. In this study, the structural organization of two cytohesins (Grp1 and ARNO) was investigated in solution by size exclusion-small angle X-ray scattering and negative stain-electron microscopy and on membranes by dynamic light scattering, hydrogen-deuterium exchange-mass spectrometry and guanosine diphosphate (GDP)/guanosine triphosphate (GTP) exchange assays. The results suggest that cytohesins form elongated dimers with a central coiled coil and membrane-binding pleckstrin-homology (PH) domains at opposite ends. The dimers display significant conformational heterogeneity, with a preference for compact to intermediate conformations. Phosphoinositide-dependent membrane recruitment is mediated by one PH domain at a time and alters the conformational dynamics to prime allosteric activation by Arf-GTP. A structural model for membrane targeting and allosteric activation of full-length cytohesin dimers is discussed.
履歴
登録2019年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年9月25日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u3g
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Volume 2 for truncated dimeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 14-399)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.5 Å/pix.
x 80 pix.
= 520. Å		6.5 Å/pix.
x 80 pix.
= 520. Å		6.5 Å/pix.
x 80 pix.
= 520. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-9.538629999999999 - 33.090274999999998
平均 (標準偏差)0.026598023 (±0.96227825)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 520.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.56.56.5
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z520.000520.000520.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-9.53933.0900.027

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Truncated homodimer of Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-399) wit...

全体名称: Truncated homodimer of Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-399) with Inositol 1,3,4,5-tetrakis phosphate (IP4)
要素
  • 複合体: Truncated homodimer of Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-399) with Inositol 1,3,4,5-tetrakis phosphate (IP4)
    • タンパク質・ペプチド: Cytohesin-3
  • リガンド: INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE

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超分子 #1: Truncated homodimer of Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-399) wit...

超分子名称: Truncated homodimer of Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-399) with Inositol 1,3,4,5-tetrakis phosphate (IP4)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cytohesin-3

分子名称: Cytohesin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.501766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHGS PEDLSLEERE ELLDIRRRKK ELIDDIERLK YEIAEVMTEI DNLTSVEESK YTQRNAQIAM GRKKFNMDPK KGIQFLIEN DLLQSSPEDV AQFLYKGEGL NKTVIGDYLG ERDDFNIKVL QAFVELHEFA DLNLVQALRQ FLWSFRLPGE A QKIDRMME ...文字列:
MGHHHHHHGS PEDLSLEERE ELLDIRRRKK ELIDDIERLK YEIAEVMTEI DNLTSVEESK YTQRNAQIAM GRKKFNMDPK KGIQFLIEN DLLQSSPEDV AQFLYKGEGL NKTVIGDYLG ERDDFNIKVL QAFVELHEFA DLNLVQALRQ FLWSFRLPGE A QKIDRMME AFASRYCLCN PGVFQSTDTC YVLSFAIIML NTSLHNHNVR DKPTAERFIT MNRGINEGGD LPEELLRNLY ES IKNEPFK IPEDDGNDLT YTFFNPDREG WLLKLGGRVK TWKRRWFILT DNCLYYFEYT TDKEPRGIIP LENLSIREVE DPR KPNCFE LYNPSHKGQV IKACKTEADG RVVEGNHVVY RISAPSPEEK EEWMKSIKAS ISRDPFYDML ATRKRRIANK K

UniProtKB: Cytohesin-3

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分子 #2: INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 4IP
分子量理論値: 500.075 Da
Chemical component information

ChemComp-4IP:
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl

詳細: Peak fractions after gel filtration were immediately diluted, applied to freshly glow discharged grids, and stained with uranyl formate.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: Stained with 0.75% (w/v) uranyl formate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
詳細The sample is a uniform homodimer with significant conformational flexibility.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
詳細specimen holder: FISCHIONE INSTRUMENTS DUAL AXIS TOMOGRAPHY HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 500 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.2 µm / 倍率（公称値）: 28000

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画像解析

詳細Images were processed with EMAN2 after X-ray removal with IMOD
粒子像選択選択した数: 6504 / 詳細: Particles were manually picked.
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 15 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 53.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 1863
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 15 / 平均メンバー数/クラス: 124 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2r09


Chain - Chain ID: B / Chain - Residue range: 63-399 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The model with the best correlation coefficient was selected by ADP_EM from a pool of 10000 models generated by RRT_SAMPLE using rigid bodies derived from 2R09 (autoinhibited core, amino acids 63-399) and a canonical antiparallel coiled coil (amino acids 18-53) built with CCBuilder. Flexible regions with reasonable geometry were modeled with MODELLER.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6u3g:
Best fitting antiparallel model for Volume 2 of truncated dimeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 14-399)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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