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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20598 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | BmCPV virion with SAM and ATP | |||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | BmCPV virion with SAM and ATP | |||||||||||||||||||||||||||
試料 | Bombyx mori cypovirus 1 != Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus Bombyx mori cypovirus 1
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生物種 | Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Cui YX / Zhang YN / Sun JC / Zhou ZH | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 8件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Conservative transcription in three steps visualized in a double-stranded RNA virus. 著者: Yanxiang Cui / Yinong Zhang / Kang Zhou / Jingchen Sun / Z Hong Zhou / 要旨: Endogenous RNA transcription characterizes double-stranded RNA (dsRNA) viruses in the Reoviridae, a family that is exemplified by its simple, single-shelled member cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV) ...Endogenous RNA transcription characterizes double-stranded RNA (dsRNA) viruses in the Reoviridae, a family that is exemplified by its simple, single-shelled member cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV). Because of the lack of in situ structures of the intermediate stages of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) during transcription, it is poorly understood how RdRp detects environmental cues and internal transcriptional states to initiate and coordinate repeated cycles of transcript production inside the capsid. Here, we captured five high-resolution (2.8-3.5 Å) RdRp-RNA in situ structures-representing quiescent, initiation, early elongation, elongation and abortive states-under seven experimental conditions of CPV. We observed the 'Y'-form initial RNA fork in the initiation state and the complete transcription bubble in the elongation state. These structures reveal that de novo RNA transcription involves three major conformational changes during state transitions. Our results support an ouroboros model for endogenous conservative transcription in dsRNA viruses. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20598.map.gz | 1.8 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20598-v30.xml emd-20598.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20598.png | 143.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20598 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20598 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20598_validation.pdf.gz | 79.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20598_full_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20598_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20598 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20598 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BmCPV virion with SAM and ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.062 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bombyx mori cypovirus 1
全体 | 名称: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus
超分子 | 名称: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 110829 / 生物種: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Bombyx mori (カイコ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28854 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |