[日本語] English
万見
- EMDB-20568: The axonemal doublet microtubule focusing on the I1 dynein region... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20568
タイトルThe axonemal doublet microtubule focusing on the I1 dynein region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas tctex2b mutant cilia
マップデータThe I1 dynein region of the from Chlamydomonas tctex2b mutant
試料
  • 細胞器官・細胞要素: The I1 dynein averaged from Chlamydomonas tctex2b cilia
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 39.0 Å
データ登録者Fu G / Nicastro D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM083122 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM112050 米国
引用ジャーナル: FASEB J / 年: 2021
タイトル: Structural organization of the intermediate and light chain complex of Chlamydomonas ciliary I1 dynein.
著者: Gang Fu / Chasity Scarbrough / Kangkang Song / Nhan Phan / Maureen Wirschell / Daniela Nicastro /
要旨: Axonemal I1 dynein (dynein f) is the largest inner dynein arm in cilia and a key regulator of ciliary beating. It consists of two dynein heavy chains, and an intermediate chain/light chain (ICLC) ...Axonemal I1 dynein (dynein f) is the largest inner dynein arm in cilia and a key regulator of ciliary beating. It consists of two dynein heavy chains, and an intermediate chain/light chain (ICLC) complex. However, the structural organization of the nine ICLC subunits remains largely unknown. Here, we used biochemical and genetic approaches, and cryo-electron tomography imaging in Chlamydomonas to dissect the molecular architecture of the I1 dynein ICLC complex. Using a strain expressing SNAP-tagged IC140, tomography revealed the location of the IC140 N-terminus at the proximal apex of the ICLC structure. Mass spectrometry of a tctex2b mutant showed that TCTEX2B dynein light chain is required for the stable assembly of TCTEX1 and inner dynein arm interacting proteins IC97 and FAP120. The structural defects observed in tctex2b located these 4 subunits in the center and bottom regions of the ICLC structure, which overlaps with the location of the IC138 regulatory subcomplex, which contains IC138, IC97, FAP120, and LC7b. These results reveal the three-dimensional organization of the native ICLC complex and indicate potential protein-protein interactions that are involved in the pathway by which I1 regulates ciliary motility.
履歴
登録2019年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2021年6月2日-
現状2021年6月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 128
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 128
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20568.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 469.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The I1 dynein region of the from Chlamydomonas tctex2b mutant
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.77 Å
密度
表面レベル登録者による: 128.0 / ムービー #1: 128
最小 - 最大98.25261 - 169.84012
平均 (標準偏差)126.989365 (±7.8338246)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-30-3-37
サイズ406050
Spacing604050
セルA: 646.2 Å / B: 430.80002 Å / C: 538.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.7710.7710.77
M x/y/z604050
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z646.200430.800538.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-3-30-37
NC/NR/NS604050
D min/max/mean98.253169.840126.989

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : The I1 dynein averaged from Chlamydomonas tctex2b cilia

全体名称: The I1 dynein averaged from Chlamydomonas tctex2b cilia
要素
  • 細胞器官・細胞要素: The I1 dynein averaged from Chlamydomonas tctex2b cilia

-
超分子 #1: The I1 dynein averaged from Chlamydomonas tctex2b cilia

超分子名称: The I1 dynein averaged from Chlamydomonas tctex2b cilia
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: back-side blotting with No.1 Whitman filter for 1.5-2.5 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF 2000 / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 6.0 µm / 倍率（補正後）: 13500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 39.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 1696
抽出トモグラム数: 14 / 使用した粒子像数: 1696 / ソフトウェア - 名称: MATLAB
最終 角度割当タイプ: OTHER

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る