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- EMDB-20556: Focussed refinement of InvGN0N1:PrgHK:SpaPQR:PrgIJ from Salmonell... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20556
タイトルFocussed refinement of InvGN0N1:PrgHK:SpaPQR:PrgIJ from Salmonella SPI-1 injectisome NC-base
マップデータFocussed refinement of the Salmonella SPI-1 injectisome needle complex components PrgHK, SpaPQR, PrgIJ, and InvG-N0N1
試料
  • 複合体: InvGN0N1:SpaPQR:PrgHK from SPI-1 injectisome NC-base
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein PrgK
    • タンパク質・ペプチド: Protein InvG
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgH
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaP
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaR
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaQ
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgJ
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgI
キーワードBacterial secretion / type III secretion system / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport ...The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain ...: / Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2. / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface presentation of antigens protein SpaQ / SPI-1 type 3 secretion system secretin / Surface presentation of antigens protein SpaP / Surface presentation of antigens protein SpaR / Protein PrgH / SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein / Protein PrgJ / Lipoprotein PrgK
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Hu J / Worrall LJ / Strynadka NCJ / Hong C / Atkinson CE / Yu Z
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: T3S injectisome needle complex structures in four distinct states reveal the basis of membrane coupling and assembly.
著者: Jinhong Hu / Liam J Worrall / Marija Vuckovic / Chuan Hong / Wanyin Deng / Claire E Atkinson / B Brett Finlay / Zhiheng Yu / Natalie C J Strynadka /
要旨: The bacterial injectisome is a syringe-shaped macromolecular nanomachine utilized by many pathogenic Gram-negative bacteria, including the causative agents of plague, typhoid fever, whooping cough, ...The bacterial injectisome is a syringe-shaped macromolecular nanomachine utilized by many pathogenic Gram-negative bacteria, including the causative agents of plague, typhoid fever, whooping cough, sexually transmitted infections and major nosocomial infections. Bacterial proteins destined for self-assembly and host-cell targeting are translocated by the injectisome in a process known as type III secretion (T3S). The core structure is the ~4 MDa needle complex (NC), built on a foundation of three highly oligomerized ring-forming proteins that create a hollow scaffold spanning the bacterial inner membrane (IM) (24-mer ring-forming proteins PrgH and PrgK in the Salmonella enterica serovar Typhimurium Salmonella pathogenicity island 1 (SPI-1) type III secretion system (T3SS)) and outer membrane (OM) (15-mer InvG, a member of the broadly conserved secretin pore family). An internalized helical needle projects from the NC and bacterium, ultimately forming a continuous passage to the host, for delivery of virulence effectors. Here, we have captured snapshots of the entire prototypical SPI-1 NC in four distinct needle assembly states, including near-atomic resolution, and local reconstructions in the absence and presence of the needle. These structures reveal the precise localization and molecular interactions of the internalized SpaPQR 'export apparatus' complex, which is intimately encapsulated and stabilized within the IM rings in the manner of a nanodisc, and to which the PrgJ rod directly binds and functions as an initiator and anchor of needle polymerization. We also describe the molecular details of the extensive and continuous coupling interface between the OM secretin and IM rings, which is remarkably facilitated by a localized 16-mer stoichiometry in the periplasmic-most coupling domain of the otherwise 15-mer InvG oligomer.
履歴
登録2019年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6q16
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6q16
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20556.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focussed refinement of the Salmonella SPI-1 injectisome needle complex components PrgHK, SpaPQR, PrgIJ, and InvG-N0N1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.71 Å/pix.
x 250 pix.
= 427.5 Å		1.71 Å/pix.
x 250 pix.
= 427.5 Å		1.71 Å/pix.
x 250 pix.
= 427.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.07869259 - 0.14726743
平均 (標準偏差)0.00080025796 (±0.0062590195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 427.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.711.711.71
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z427.500427.500427.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0790.1470.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : InvGN0N1:SpaPQR:PrgHK from SPI-1 injectisome NC-base

全体名称: InvGN0N1:SpaPQR:PrgHK from SPI-1 injectisome NC-base
要素
  • 複合体: InvGN0N1:SpaPQR:PrgHK from SPI-1 injectisome NC-base
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein PrgK
    • タンパク質・ペプチド: Protein InvG
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgH
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaP
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaR
    • タンパク質・ペプチド: Surface presentation of antigens protein SpaQ
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgJ
    • タンパク質・ペプチド: Protein PrgI

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超分子 #1: InvGN0N1:SpaPQR:PrgHK from SPI-1 injectisome NC-base

超分子名称: InvGN0N1:SpaPQR:PrgHK from SPI-1 injectisome NC-base
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
分子量理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: Lipoprotein PrgK

分子名称: Lipoprotein PrgK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
分子量理論値: 28.245287 KDa
配列文字列: MIRRYLYTFL LVMTLAGCKD KDLLKGLDQE QANEVIAVLQ MHNIEANKID SGKLGYSITV AEPDFTAAVY WIKTYQLPPR PRVEIAQMF PADSLVSSPR AEKARLYSAI EQRLEQSLQT MEGVLSARVH ISYDIDAGEN GRPPKPVHLS ALAVYERGSP L AHQISDIK ...文字列:
MIRRYLYTFL LVMTLAGCKD KDLLKGLDQE QANEVIAVLQ MHNIEANKID SGKLGYSITV AEPDFTAAVY WIKTYQLPPR PRVEIAQMF PADSLVSSPR AEKARLYSAI EQRLEQSLQT MEGVLSARVH ISYDIDAGEN GRPPKPVHLS ALAVYERGSP L AHQISDIK RFLKNSFADV DYDNISVVLS ERSDAQLQAP GTPVKRNSFA TSWIVLIILL SVMSAGFGVW YYKNHYARNK KG ITADDKA KSSNE

UniProtKB: Lipoprotein PrgK

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分子 #2: Protein InvG

分子名称: Protein InvG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
分子量理論値: 61.835559 KDa
配列文字列: MKTHILLARV LACAALVLVT PGYSSEKIPV TGSGFVAKDD SLRTFFDAMA LQLKEPVIVS KMAARKKITG NFEFHDPNAL LEKLSLQLG LIWYFDGQAI YIYDASEMRN AVVSLRNVSL NEFNNFLKRS GLYNKNYPLR GDNRKGTFYV SGPPVYVDMV V NAATMMDK ...文字列:
MKTHILLARV LACAALVLVT PGYSSEKIPV TGSGFVAKDD SLRTFFDAMA LQLKEPVIVS KMAARKKITG NFEFHDPNAL LEKLSLQLG LIWYFDGQAI YIYDASEMRN AVVSLRNVSL NEFNNFLKRS GLYNKNYPLR GDNRKGTFYV SGPPVYVDMV V NAATMMDK QNDGIELGRQ KIGVMRLNNT FVGDRTYNLR DQKMVIPGIA TAIERLLQGE EQPLGNIVSS EPPAMPAFSA NG EKGKAAN YAGGMSLQEA LKQNAAAGNI KIVAYPDTNS LLVKGTAEQV HFIEMLVKAL DVAKRHVELS LWIVDLNKSD LER LGTSWS GSITIGDKLG VSLNQSSIST LDGSRFIAAV NALEEKKQAT VVSRPVLLTQ ENVPAIFDNN RTFYTKLIGE RNVA LEHVT YGTMIRVLPR FSADGQIEMS LDIEDGNDKT PQSDTTTSVD ALPEVGRTLI STIARVPHGK SLLVGGYTRD ANTDT VQSI PFLGKLPLIG SLFRYSSKNK SNVVRVFMIE PKEIVDPLTP DASESVNNIL KQSGAWSGDD KLQKWVRVYL DRGQEA IK

UniProtKB: SPI-1 type 3 secretion system secretin

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分子 #3: Protein PrgH

分子名称: Protein PrgH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
分子量理論値: 44.509367 KDa
配列文字列: METSKEKTIT SPGPYIVRLL NSSLNGCEFP LLTGRTLFVV GQSDALTASG QLPDIPADSF FIPLDHGGVN FEIQVDTDAT EIILHELKE GNSESRSVQL NTPIQVGELL ILIRPESEPW VPEQPEKLET SAKKNEPRFK NGIVAALAGF FILGIGTVGT L WILNSPQR ...文字列:
METSKEKTIT SPGPYIVRLL NSSLNGCEFP LLTGRTLFVV GQSDALTASG QLPDIPADSF FIPLDHGGVN FEIQVDTDAT EIILHELKE GNSESRSVQL NTPIQVGELL ILIRPESEPW VPEQPEKLET SAKKNEPRFK NGIVAALAGF FILGIGTVGT L WILNSPQR QAAELDSLLG QEKERFQVLP GRDKMLYVAA QNERDTLWAR QVLARGDYDK NARVINENEE NKRISIWLDT YY PQLAYYR IHFDEPRKPV FWLSRQRNTM SKKELEVLSQ KLRALMPYAD SVNITLMDDV TAAGQAEAGL KQQALPYSRR NHK GGVTFV IQGALDDVEI LRARQFVDSY YRTWGGRYVQ FAIELKDDWL KGRSFQYGAE GYIKMSPGHW YFPSPL

UniProtKB: Protein PrgH

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分子 #4: Surface presentation of antigens protein SpaP

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
分子量理論値: 25.249596 KDa
配列文字列: MGNDISLIAL LAFSTLLPFI IASGTCFVKF SIVFVMVRNA LGLQQIPSNM TLNGVALLLS MFVMWPIMHD AYVYFEDEDV TFNDISSLS KHVDEGLDGY RDYLIKYSDR ELVQFFENAQ LKRQYGEETE TVKRDKDEIE KPSIFALLPA YALSEIKSAF K IGFYLYLP ...文字列:
MGNDISLIAL LAFSTLLPFI IASGTCFVKF SIVFVMVRNA LGLQQIPSNM TLNGVALLLS MFVMWPIMHD AYVYFEDEDV TFNDISSLS KHVDEGLDGY RDYLIKYSDR ELVQFFENAQ LKRQYGEETE TVKRDKDEIE KPSIFALLPA YALSEIKSAF K IGFYLYLP FVVVDLVVSS VLLALGMMMM SPVTISTPIK LVLFVALDGW TLLSKGLILQ YMDIAT

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaP

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分子 #5: Surface presentation of antigens protein SpaR

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
分子量理論値: 28.499533 KDa
配列文字列: MFYALYFEIH HLVASAALGF ARVAPIFFFL PFLNSGVLSG APRNAIIILV ALGVWPHALN EAPPFLSVAM IPLVLQEAAV GVMLGCLLS WPFWVMHALG CIIDNQRGAT LSSSIDPANG IDTSEMANFL NMFAAVVYLQ NGGLVTMVDV LNKSYQLCDP M NECTPSLP ...文字列:
MFYALYFEIH HLVASAALGF ARVAPIFFFL PFLNSGVLSG APRNAIIILV ALGVWPHALN EAPPFLSVAM IPLVLQEAAV GVMLGCLLS WPFWVMHALG CIIDNQRGAT LSSSIDPANG IDTSEMANFL NMFAAVVYLQ NGGLVTMVDV LNKSYQLCDP M NECTPSLP PLLTFINQVA QNALVLASPV VLVLLLSEVF LGLLSRFAPQ MNAFAISLTV KSGIAVLIML LYFSPVLPDN VL RLSFQAT GLSSWFYERG ATHVLE

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaR

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分子 #6: Surface presentation of antigens protein SpaQ

分子名称: Surface presentation of antigens protein SpaQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
分子量理論値: 9.363229 KDa
配列文字列:
MDDLVFAGNK ALYLVLILSG WPTIVATIIG LLVGLFQTVT QLQEQTLPFG IKLLGVCLCL FLLSGWYGEV LLSYGRQVIF LALAKG

UniProtKB: Surface presentation of antigens protein SpaQ

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分子 #7: Protein PrgJ

分子名称: Protein PrgJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
分子量理論値: 10.934425 KDa
配列文字列:
MSIATIVPEN AVIGQAVNIR SMETDIVSLD DRLLQAFSGS AIATAVDKQT ITNRIEDPNL VTDPKELAIS QEMISDYNLY VSMVSTLTR KGVGAVETLL RS

UniProtKB: Protein PrgJ

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分子 #8: Protein PrgI

分子名称: Protein PrgI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
分子量理論値: 8.864868 KDa
配列文字列:
MATPWSGYLD DVSAKFDTGV DNLQTQVTEA LDKLAAKPSD PALLAAYQSK LSEYNLYRNA QSNTVKVFKD IDAAIIQNFR

UniProtKB: SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 51.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19141
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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