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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20531 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Toll receptor EM map from template picks | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Sharpened map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using template picks | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Rapp M / Bepler T / Morin A / Brasch J / Shapiro L / Noble AJ / Berger B | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 9件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2019 タイトル: Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs. 著者: Tristan Bepler / Andrew Morin / Micah Rapp / Julia Brasch / Lawrence Shapiro / Alex J Noble / Bonnie Berger / 要旨: Cryo-electron microscopy is a popular method for the determination of protein structures; however, identifying a sufficient number of particles for analysis can take months of manual effort. Current ...Cryo-electron microscopy is a popular method for the determination of protein structures; however, identifying a sufficient number of particles for analysis can take months of manual effort. Current computational approaches find many false positives and require ad hoc postprocessing, especially for unusually shaped particles. To address these shortcomings, we develop Topaz, an efficient and accurate particle-picking pipeline using neural networks trained with a general-purpose positive-unlabeled learning method. This framework enables particle detection models to be trained with few sparsely labeled particles and no labeled negatives. Topaz retrieves many more real particles than conventional picking methods while maintaining low false-positive rates, is capable of picking challenging unusually shaped proteins (for example, small, non-globular and asymmetric particles), produces more representative particle sets and does not require post hoc curation. We demonstrate the performance of Topaz on two difficult datasets and three conventional datasets. Topaz is modular, standalone, free and open source ( http://topaz.csail.mit.edu ). | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20531.map.gz | 117.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20531-v30.xml emd-20531.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20531.png | 41.4 KB | ||
マスクデータ | emd_20531_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_20531_additional.map.gz emd_20531_additional_1.map.gz emd_20531_half_map_1.map.gz emd_20531_half_map_2.map.gz | 62 MB 62 MB 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20531 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20531 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20531_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20531_full_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20531_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20531 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20531 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10215 (タイトル: Rabbit muscle aldolase single particle cryoEM / Data size: 1.4 TB Data #1: Micrographs along with all other magnification images from the collection [micrographs - single frame] Data #2: Micrograph frames [micrographs - multiframe] Data #3: CryoEM structures in the paper [picked particles - single frame - unprocessed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using template picks | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_20531_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using...
ファイル | emd_20531_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using template picks | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using...
ファイル | emd_20531_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using template picks | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using...
ファイル | emd_20531_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using template picks | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using...
ファイル | emd_20531_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map after CryoSparc 2.9 non-uniform refinement using template picks | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Toll receptor
全体 | 名称: Toll receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: Toll receptor
超分子 | 名称: Toll receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 組換細胞: S2 |
分子量 | 理論値: 105 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 平均電子線量: 73.48 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |