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万見
- EMDB-2038: Mammalian AAA ATPase p97 A232E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2038
タイトルMammalian AAA ATPase p97 A232E mutant
マップデータp97 A232E
試料
  • 試料: Full length p97 IBMPFD mutant A232E
  • タンパク質・ペプチド: p97
キーワードp97 / VCP / IBMPFD / A232E
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Niwa H / Ewens CA / Tsang C / Yeung HO / Zhang X / Freemont PS
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2012
タイトル: The role of the N-domain in the ATPase activity of the mammalian AAA ATPase p97/VCP.
著者: Hajime Niwa / Caroline A Ewens / Chun Tsang / Heidi O Yeung / Xiaodong Zhang / Paul S Freemont /
要旨: p97/valosin-containing protein (VCP) is a type II ATPase associated with various cellular activities that forms a homohexamer with each protomer containing an N-terminal domain (N-domain); two ATPase ...p97/valosin-containing protein (VCP) is a type II ATPase associated with various cellular activities that forms a homohexamer with each protomer containing an N-terminal domain (N-domain); two ATPase domains, D1 and D2; and a disordered C-terminal region. Little is known about the role of the N-domain or the C-terminal region in the p97 ATPase cycle. In the p97-associated human disease inclusion body myopathy associated with Paget disease of bone and frontotemporal dementia, the majority of missense mutations are located at the N-domain D1 interface. Structure-based predictions suggest that such mutations affect the interaction of the N-domain with D1. Here we have tested ten major inclusion body myopathy associated with Paget disease of bone and frontotemporal dementia-linked mutants for ATPase activity and found that all have increased activity over the wild type, with one mutant, p97(A232E), having three times higher activity. Further mutagenesis of p97(A232E) shows that the increase in ATPase activity is mediated through D2 and requires both the N-domain and a flexible ND1 linker. A disulfide mutation that locks the N-domain to D1 in a coplanar position reversibly abrogates ATPase activity. A cryo-EM reconstruction of p97(A232E) suggests that the N-domains are flexible. Removal of the C-terminal region also reduces ATPase activity. Taken together, our data suggest that the conformation of the N-domain in relation to the D1-D2 hexamer is directly linked to ATP hydrolysis and that the C-terminal region is required for hexamer stability. This leads us to propose a model where the N-domain adopts either of two conformations: a flexible conformation compatible with ATP hydrolysis or a coplanar conformation that is inactive.
履歴
登録2012年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年2月2日-
マップ公開2012年2月15日-
更新2012年2月15日-
現状2012年2月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 13.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 13.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2038.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2038.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈p97 A232E
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.52 Å/pix.
x 128 pix.
= 450.56 Å		3.52 Å/pix.
x 128 pix.
= 450.56 Å		3.52 Å/pix.
x 128 pix.
= 450.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 13.800000000000001 / ムービー #1: 13.8
最小 - 最大0.0 - 141.231552120000003
平均 (標準偏差)0.63924396 (±6.21090364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 450.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.523.523.52
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z450.560450.560450.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.000141.2320.639

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full length p97 IBMPFD mutant A232E

全体名称: Full length p97 IBMPFD mutant A232E
要素
  • 試料: Full length p97 IBMPFD mutant A232E
  • タンパク質・ペプチド: p97

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超分子 #1000: Full length p97 IBMPFD mutant A232E

超分子名称: Full length p97 IBMPFD mutant A232E / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: one p97 homohexamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 540 KDa / 理論値: 540 KDa

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分子 #1: p97

分子名称: p97 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: p97 / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 250 mM KCl, 25 mM HEPES
グリッド詳細: holey carbon film on copper
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
撮影実像数: 50 / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.005 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.002 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Particles
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: imagic / 使用した粒子像数: 1029

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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