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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20352 | |||||||||
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タイトル | Tetrameric cryo-EM ArnA | |||||||||
マップデータ | Local sharpened tetrameric cryo-EM ArnA | |||||||||
試料 |
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キーワード | Polymyxin resistance / hexamer / tetramer / ANTIBIOTIC | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process / UDP-glucuronic acid dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process ...: / UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process / UDP-glucuronic acid dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / NAD+ binding / response to antibiotic / protein-containing complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang M / Gehring K | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-electron microscopy structures of ArnA, a key enzyme for polymyxin resistance, revealed unexpected oligomerizations and domain movements. 著者: Meng Yang / Yu Seby Chen / Muneyoshi Ichikawa / Daniel Calles-Garcia / Kaustuv Basu / Rayan Fakih / Khanh Huy Bui / Kalle Gehring / 要旨: Gram-negative bacteria evade the attack of cationic antimicrobial peptides through modifying their lipid A structure in their outer membranes with 4-amino-4-deoxy-L-arabinose (Ara4N). ArnA is a ...Gram-negative bacteria evade the attack of cationic antimicrobial peptides through modifying their lipid A structure in their outer membranes with 4-amino-4-deoxy-L-arabinose (Ara4N). ArnA is a crucial enzyme in the lipid A modification pathway and its deletion abolishes the polymyxin resistance of gram-negative bacteria. Previous studies by X-ray crystallography have shown that full-length ArnA forms a three-bladed propeller-shaped hexamer. Here, the structures of ArnA determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM) reveal that ArnA exists in two 3D architectures, hexamer and tetramer. This is the first observation of a tetrameric ArnA. The hexameric cryo-EM structure is similar to previous crystal structures but shows differences in domain movements and conformational changes. We propose that ArnA oligomeric states are in a dynamic equilibrium, where the hexamer state is energetically more favorable, and its domain movements are important for cooperating with downstream enzymes in the lipid A-Ara4N modification pathway. The results provide us with new possibilities to explore inhibitors targeting ArnA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20352.map.gz | 4.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20352-v30.xml emd-20352.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20352_fsc.xml | 7.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20352.png | 33.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20352.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_20352_half_map_1.map.gz emd_20352_half_map_2.map.gz | 26.1 MB 25.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20352 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20352 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20352_validation.pdf.gz | 645.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20352_full_validation.pdf.gz | 644.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20352_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20352_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20352 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20352 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local sharpened tetrameric cryo-EM ArnA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.073 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: The half map of tetrameric cryo-EM ArnA
ファイル | emd_20352_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The half map of tetrameric cryo-EM ArnA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The half map of tetrameric cryo-EM ArnA
ファイル | emd_20352_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The half map of tetrameric cryo-EM ArnA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ArnA
全体 | 名称: ArnA |
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要素 |
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-超分子 #1: ArnA
超分子 | 名称: ArnA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Full length ArnA from E.coli |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 440 KDa |
-分子 #1: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA
分子 | 名称: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 32.717416 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKTVVFAYHD MGCLGIEALL AAGYEISAIF THTDNPGEKA FYGSVARLAA ERGIPVYAPD NVNHPLWVER IAQLSPDVIF SFYYRHLIY DEILQLAPAG AFNLHGSLLP KYRGRAPLNW VLVNGETETG VTLHRMVKRA DAGAIVAQLR IAIAPDDIAI T LHHKLCHA ...文字列: MKTVVFAYHD MGCLGIEALL AAGYEISAIF THTDNPGEKA FYGSVARLAA ERGIPVYAPD NVNHPLWVER IAQLSPDVIF SFYYRHLIY DEILQLAPAG AFNLHGSLLP KYRGRAPLNW VLVNGETETG VTLHRMVKRA DAGAIVAQLR IAIAPDDIAI T LHHKLCHA ARQLLEQTLP AIKHGNILEI AQRENEATCF GRRTPDDSFL EWHKPASVLH NMVRAVADPW PGAFSYVGNQ KF TVWSSRV HPHASKAQPG SVISVAPLLI ACGDGALEIV TGQAGDGITM QGSQLAQTLG LVQ UniProtKB: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA |
-分子 #2: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase
分子 | 名称: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 40.057586 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRVLILGVNG FIGNHLTERL LREDHYEVYG LDIGSDAISR FLNHPHFHFV EGDISIHSEW IEYHVKKCDV VLPLVAIATP IEYTRNPLR VFELDFEENL RIIRYCVKYR KRIIFPSTSE VYGMCSDKYF DEDHSNLIVG PVNKPRWIYS VSKQLLDRVI W AYGEKEGL ...文字列: MRVLILGVNG FIGNHLTERL LREDHYEVYG LDIGSDAISR FLNHPHFHFV EGDISIHSEW IEYHVKKCDV VLPLVAIATP IEYTRNPLR VFELDFEENL RIIRYCVKYR KRIIFPSTSE VYGMCSDKYF DEDHSNLIVG PVNKPRWIYS VSKQLLDRVI W AYGEKEGL QFTLFRPFNW MGPRLDNLNA ARIGSSRAIT QLILNLVEGS PIKLIDGGKQ KRCFTDIRDG IEALYRIIEN AG NRCDGEI INIGNPENEA SIEELGEMLL ASFEKHPLRH HFPPFAGFRV VESSSYYGKG YQDVEHRKPS IRNAHRCLDW EPK IDMQET IDETLDFFLR TVDLTDKPS UniProtKB: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |