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- EMDB-20271: Structure of the K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20271
タイトルStructure of the K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex
マップデータK. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex
試料
  • 複合体: K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ndc10
    • タンパク質・ペプチド: Ctf13
    • タンパク質・ペプチド: Skp1
    • タンパク質・ペプチド: Cep3
キーワードyeast centromere-binding complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin family protein binding / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / DNA binding / zinc ion binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / : / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily ...Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / : / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit / KLLA0F13816p / KLLA0E03807p / KLLA0D09977p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Lee PD / Wei H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of the Centromere Binding Factor 3 Complex from Kluyveromyces lactis.
著者: Phong D Lee / Hui Wei / Dongyan Tan / Stephen C Harrison /
要旨: Kinetochores are the multiprotein complexes that link chromosomal centromeres to mitotic-spindle microtubules. Budding yeast centromeres comprise three sequential "centromere-determining elements", ...Kinetochores are the multiprotein complexes that link chromosomal centromeres to mitotic-spindle microtubules. Budding yeast centromeres comprise three sequential "centromere-determining elements", CDEI, II, and III. CDEI (8 bp) and CDEIII (∼25 bp) are conserved between Kluyveromyces lactis and Saccharomyces cerevisiae, but CDEII in the former is twice as long (160 bp) as CDEII in the latter (80 bp). The CBF3 complex recognizes CDEIII and is required for assembly of a centromeric nucleosome, which in turn recruits other kinetochore components. To understand differences in centromeric nucleosome assembly between K. lactis and S. cerevisiae, we determined the structure of a K. lactis CBF3 complex by electron cryomicroscopy at ∼4 Å resolution and compared it with published structures of S. cerevisiae CBF3. We show differences in the pose of Ndc10 and discuss potential models of the K. lactis centromeric nucleosome that account for the extended CDEII length.
履歴
登録2019年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2019年9月18日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6p7w
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20271.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.424 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.424 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.424 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0605 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.028194346 - 0.059118193
平均 (標準偏差)0.00013470373 (±0.0014574879)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 305.424 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06051.06051.0605
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z305.424305.424305.424
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0280.0590.000

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添付データ

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ハーフマップ: K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex, half map 1

ファイルemd_20271_half_map_1.map
注釈K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex, half map 2

ファイルemd_20271_half_map_2.map
注釈K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex

全体名称: K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex
要素
  • 複合体: K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ndc10
    • タンパク質・ペプチド: Ctf13
    • タンパク質・ペプチド: Skp1
    • タンパク質・ペプチド: Cep3

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超分子 #1: K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex

超分子名称: K. lactis CBF3 core - Ndc10 D1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)

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分子 #1: Ndc10

分子名称: Ndc10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 47.053719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKLDSLLKE LPTRTAHLYR SIWHKYTEWL KTMPDLTGAD LKLFLSQKYI VKYIASHDDI AKDPLPTCDA MIWFSRALDI ENNDVLVLQ QRLYGLVKLL EFDYSNVIAI LQKISINLWN PSTDSLQSKH FKTCQDKLKL LLDFQWKFNT NVSFEDRTTV S LKDLQCIL ...文字列:
MSKLDSLLKE LPTRTAHLYR SIWHKYTEWL KTMPDLTGAD LKLFLSQKYI VKYIASHDDI AKDPLPTCDA MIWFSRALDI ENNDVLVLQ QRLYGLVKLL EFDYSNVIAI LQKISINLWN PSTDSLQSKH FKTCQDKLKL LLDFQWKFNT NVSFEDRTTV S LKDLQCIL DDENGKCGLA HSSKPNFVLV PNFQSPFTCP IFTMAVYYYL RFHGVKKYYK GDGYQILSQL EHIPIIRGKS LD QYPRELT LGNWYPTIFK YCQLPYTKKH WFQVNQEWPQ FPDFSDSSEN TSTLAESDSE NTIGIPDFYI EKMNRTKLQP CPQ VHVHLF PTDLPPDIQA VFDLLNSVLV TSLPLLYRVF PTHDIFLDPS LKTPQNIAFL TGTLPLDIES QEHLLAQLID KTGT VSEIG SG

UniProtKB: KLLA0E03807p

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分子 #2: Ctf13

分子名称: Ctf13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 46.159945 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFDTKLFLSL PIDIRYTVYF FLGDVVQNVR PPAKSDIFND ELIAYPNIRE FNQSLVDKYS KHIGVYDYIP NFIPNWCRDF DLLRHDIIL TDRLRVCLQY EEQWFSVQWI VVSGELEIGI FTTDEQFLQV SYTINEYCHL LSIAQQDLRL GINVSDINDV N ELCKEIQH ...文字列:
MFDTKLFLSL PIDIRYTVYF FLGDVVQNVR PPAKSDIFND ELIAYPNIRE FNQSLVDKYS KHIGVYDYIP NFIPNWCRDF DLLRHDIIL TDRLRVCLQY EEQWFSVQWI VVSGELEIGI FTTDEQFLQV SYTINEYCHL LSIAQQDLRL GINVSDINDV N ELCKEIQH RWLFDTVSYI SFINCWDLDH ENVVSIIPCM ESFNNLHMLR IESKNMFNNL INTQGVRENP GKTIVYNVRQ NI FELELYT LRDLGYKSVV DLQKWEQLQC LSLSGCEFID LNNLILPQHC KMLILKEVKY IIWWDLSHLL KRIRPQWIIN GQV KKPTKK EEEEESEWYN LYLEVVQTYQ PLNFIELHNA KRVKGNLILP ARLVTESRIK ISNGTKVDSV LLI

UniProtKB: KLLA0F13816p

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分子 #3: Skp1

分子名称: Skp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 21.081141 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSKENQNVVL VSVEGERFVV DRKIAERSLL LKNYLQDLNS GDLHDDNDAD DDEDDEEDGD DEIVMPVPNV RSSVLQKVIE WAVHHKDSN FPDEDDDDSR KAAPVDPWDR EFLKVDQEML YEIILAANYL NIKPLLDAGC KVVAEMIRGR TPEEIRRTFN I VNDFTPEE EAAIRRENEW AEDR

UniProtKB: E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit

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分子 #4: Cep3

分子名称: Cep3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 74.165312 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSKPKISLTK GKHPCTFCQA RKVKCDRSLP ACQNCIERNV TELCEYDDNG SRKRARLADD VNLYDKKLFN IWNQYERLWI HDTLGQCQQ GVYMGIAFPL DVSEYNNTKD FYGYECLFSK ESIFKILDHS LERLGWLYFG FFTDISELPY QMERYWNEYE S MNINLENE ...文字列:
MSKPKISLTK GKHPCTFCQA RKVKCDRSLP ACQNCIERNV TELCEYDDNG SRKRARLADD VNLYDKKLFN IWNQYERLWI HDTLGQCQQ GVYMGIAFPL DVSEYNNTKD FYGYECLFSK ESIFKILDHS LERLGWLYFG FFTDISELPY QMERYWNEYE S MNINLENE EATTRQTTFK KSADQILWDL VLRSVIVMTI YYMPAKSILS LVDIDAIEKY PLDFSESNEG VDELKKKYEI FD YCLRHTL NKVLRTIFTL PPDVRTLQIF LILSNTNFLQ IYPSLGNNIL VHCIHLAKVL GIKDFKLKIN DSGSTRLQKL SMH NIWFRL STVDYMRSSP NKIIALHTDN SSALTRKTLF THCSIDSIDV YDVESNLEVL RWKITSLDRD LEVSEPSLKT LKAM KELLG LLDRKTSVSN DASFNTKFES FFLKLQCNFV MWKILRYEFM QYGVTNGLQK LCCPARRIIA LVANFLKEDY FEYTT HPFC VHILCVIAGF FSFYCIFHEA DEVRDLRNDA VGLLKLLFDP LRPVISCFFS NLSRLEELRH IWKSVEITDQ ANRLVH PVM YVLKTDIIKL KRNLEIISGS LKDANYQETF KDKLEIDINT PALSSDFLEV VREFNLSHPL DINGKMSRQN N

UniProtKB: KLLA0D09977p

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 63177
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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