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万見
- EMDB-20194: Structure of the TRPV3 K169A sensitized mutant in the presence of... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20194
タイトルStructure of the TRPV3 K169A sensitized mutant in the presence of 2-APB at 3.6 A resolution
マップデータFull map
試料
  • 複合体: Human TRPV3 ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3,Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
  • リガンド: 2-aminoethyl diphenylborinate
キーワードIon channel / TRP channel / TRPV channel / Metal transport / Membrane transport / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hair cycle / osmosensory signaling pathway / response to temperature stimulus / TRP channels / positive regulation of calcium ion import / sodium channel activity / calcium ion import across plasma membrane / actin filament organization / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity ...negative regulation of hair cycle / osmosensory signaling pathway / response to temperature stimulus / TRP channels / positive regulation of calcium ion import / sodium channel activity / calcium ion import across plasma membrane / actin filament organization / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / lysosome / receptor complex / cilium / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zubcevic L / Borschel WF
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R35NS097241 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIC ES103326 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Regulatory switch at the cytoplasmic interface controls TRPV channel gating.
著者: Lejla Zubcevic / William F Borschel / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Seok-Yong Lee /
要旨: Temperature-sensitive transient receptor potential vanilloid (thermoTRPV) channels are activated by ligands and heat, and are involved in various physiological processes. ThermoTRPV channels possess ...Temperature-sensitive transient receptor potential vanilloid (thermoTRPV) channels are activated by ligands and heat, and are involved in various physiological processes. ThermoTRPV channels possess a large cytoplasmic ring consisting of N-terminal ankyrin repeat domains (ARD) and C-terminal domains (CTD). The cytoplasmic inter-protomer interface is unique and consists of a CTD coiled around a β-sheet which makes contacts with the neighboring ARD. Despite much existing evidence that the cytoplasmic ring is important for thermoTRPV function, the mechanism by which this unique structure is involved in thermoTRPV gating has not been clear. Here, we present cryo-EM and electrophysiological studies which demonstrate that TRPV3 gating involves large rearrangements at the cytoplasmic inter-protomer interface and that this motion triggers coupling between cytoplasmic and transmembrane domains, priming the channel for opening. Furthermore, our studies unveil the role of this interface in the distinct biophysical and physiological properties of individual thermoTRPV subtypes.
履歴
登録2019年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月22日-
マップ公開2019年5月22日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ot5
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20194.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.15243746 - 0.26606923
平均 (標準偏差)0.000009427482 (±0.008201666)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ513513513
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1520.2660.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_20194_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_20194_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human TRPV3 ion channel

全体名称: Human TRPV3 ion channel
要素
  • 複合体: Human TRPV3 ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3,Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
  • リガンド: 2-aminoethyl diphenylborinate

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超分子 #1: Human TRPV3 ion channel

超分子名称: Human TRPV3 ion channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3,...

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3,Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.981859 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)EEQRRKKR RLKKRIFAAV SE GCVEELV ELLVELQELC RRRHDEDVPD FLMHKLTASD TGATCLMKAL LNINPNTKEI VRILLAFAEE NDILGRFINA EYT EEAYEG ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)EEQRRKKR RLKKRIFAAV SE GCVEELV ELLVELQELC RRRHDEDVPD FLMHKLTASD TGATCLMKAL LNINPNTKEI VRILLAFAEE NDILGRFINA EYT EEAYEG QTALNIAIER RQGDIAALLI AAGADVNAHA KGAFFNPKYQ HEGFYFGETP LALAACTNQP EIVQLLMEHE QTDI TSRDS RGNNILHALV TVAEDFKTQN DFVKRMYDMI LLRSGNWELE TTRNNDGLTP LQLAAKMGKA EILKYILSRE IKEKR LRSL SRKFTDWAYG PVSSSLYDLT NVDTTTDNSV LEITVYNTNI DNRHEMLTLE PLHTLLHMKW KKFAKHMFFL SFCFYF FYN ITLTLVSYYR PREEEAIPHP LALTHKMGWL QLLGRMFVLI WAMCISVKEG IAIFLLRPSD LQSILSDAWF HFVFFIQ AV LVILSVFLYL FAYKEYLACL VLAMALGWAN MLYYTRGFQS MGMYSVMIQK VILHDVLKFL FVYIVFLLGF GVALASLI E KCPKDNKDCS SYGSFSDAVL ELFKLTIGLG DLNIQQNSKY PILFLFLLIT YVILTFVLLL NMLIALMGET VENVSKESE RIWRLQRART ILEFEKMLPE WLRSRFRMGE LCKVAEDDFR LCLRINEVKW TEWKTHVSFL NEDPGPVRRT DFNKIQDSSR NNSKTTLNA FEEVEEFPET SVVDAGLEVL FQGDYKDDDD KAHHHHHH

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

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分子 #2: 2-aminoethyl diphenylborinate

分子名称: 2-aminoethyl diphenylborinate / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: FZ4
分子量理論値: 225.094 Da
Chemical component information

ChemComp-FZ4:
2-aminoethyl diphenylborinate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Monodisperse sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9115

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 79006
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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