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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2018 | |||||||||
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タイトル | CryoEM reconstruction of endophilin N-BAR tubes | |||||||||
マップデータ | This is a map of an endophilin-lipid tube. | |||||||||
試料 |
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キーワード | endocytosis / BAR / N-BAR / membrane remodeling | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Mizuno N / Jao CC / Langen R / Steven AC | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010 タイトル: Multiple modes of endophilin-mediated conversion of lipid vesicles into coated tubes: implications for synaptic endocytosis. 著者: Naoko Mizuno / Christine C Jao / Ralf Langen / Alasdair C Steven / 要旨: Endophilin A1 is a BAR (Bin/amphiphysin/Rvs) protein abundant in neural synapses that senses and induces membrane curvature, contributing to neck formation in presynaptic endocytic vesicles. To ...Endophilin A1 is a BAR (Bin/amphiphysin/Rvs) protein abundant in neural synapses that senses and induces membrane curvature, contributing to neck formation in presynaptic endocytic vesicles. To investigate its role in membrane remodeling, we used cryoelectron microscopy to characterize structural changes induced in lipid vesicles by exposure to endophilin. The vesicles convert rapidly to coated tubules whose morphology reflects the local concentration of endophilin. Their diameters and curvature resemble those of synaptic vesicles in situ. Three-dimensional reconstructions of quasicylindrical tubes revealed arrays of BAR dimers, flanked by densities that we equate with amphipathic helices whose folding and membrane insertion were attested by EPR. We also observed the compression of bulbous coated tubes into 70-A-wide cylindrical micelles, which appear to mimic the penultimate (hemi-fission) stage of endocytosis. Our findings suggest that the adaptability of endophilin-lipid interactions underlies dynamic changes of endocytic membranes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2018.map.gz | 1.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2018-v30.xml emd-2018.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD2018.png | 99.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2018 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2018_validation.pdf.gz | 235.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2018_full_validation.pdf.gz | 234.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2018_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2018 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a map of an endophilin-lipid tube. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Endophilin N-BAR domain-lipid tube
全体 | 名称: Endophilin N-BAR domain-lipid tube |
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要素 |
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-超分子 #1000: Endophilin N-BAR domain-lipid tube
超分子 | 名称: Endophilin N-BAR domain-lipid tube / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: endophilin BAR domain
分子 | 名称: endophilin BAR domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: endophilin / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Norway Rat |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 100 mM NaCl |
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グリッド | 詳細: Quantifoil 300 mesh grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at x 100,000 magnification |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 66000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side-entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, IHRSR |
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CTF補正 | 詳細: Phase flipping |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL |