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万見
- EMDB-20178: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with the elic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20178
タイトルModified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with the elicited V3-glycan patch antibody Ab275MUR
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer with three Ab275MUR Fabs and three 8ANC195 Fabs
    • 複合体: RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer
      • タンパク質・ペプチド: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp41
      • タンパク質・ペプチド: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp120
    • 複合体: Ab275MUR Fab
      • タンパク質・ペプチド: Ab275MUR antibody Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Ab275MUR antibody Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 broadly-neutralizing antibody / Env trimer structure / V3-glycan patch / cryo-EM / RC1 / immunogen design / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Mus musculoides (ネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Abernathy ME / Gristick HB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI100148 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50 GM082545-06 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Immunization expands B cells specific to HIV-1 V3 glycan in mice and macaques.
著者: Amelia Escolano / Harry B Gristick / Morgan E Abernathy / Julia Merkenschlager / Rajeev Gautam / Thiago Y Oliveira / Joy Pai / Anthony P West / Christopher O Barnes / Alexander A Cohen / ...著者: Amelia Escolano / Harry B Gristick / Morgan E Abernathy / Julia Merkenschlager / Rajeev Gautam / Thiago Y Oliveira / Joy Pai / Anthony P West / Christopher O Barnes / Alexander A Cohen / Haoqing Wang / Jovana Golijanin / Daniel Yost / Jennifer R Keeffe / Zijun Wang / Peng Zhao / Kai-Hui Yao / Jens Bauer / Lilian Nogueira / Han Gao / Alisa V Voll / David C Montefiori / Michael S Seaman / Anna Gazumyan / Murillo Silva / Andrew T McGuire / Leonidas Stamatatos / Darrell J Irvine / Lance Wells / Malcolm A Martin / Pamela J Bjorkman / Michel C Nussenzweig /
要旨: Broadly neutralizing monoclonal antibodies protect against infection with HIV-1 in animal models, suggesting that a vaccine that elicits these antibodies would be protective in humans. However, it ...Broadly neutralizing monoclonal antibodies protect against infection with HIV-1 in animal models, suggesting that a vaccine that elicits these antibodies would be protective in humans. However, it has not yet been possible to induce adequate serological responses by vaccination. Here, to activate B cells that express precursors of broadly neutralizing antibodies within polyclonal repertoires, we developed an immunogen, RC1, that facilitates the recognition of the variable loop 3 (V3)-glycan patch on the envelope protein of HIV-1. RC1 conceals non-conserved immunodominant regions by the addition of glycans and/or multimerization on virus-like particles. Immunization of mice, rabbits and rhesus macaques with RC1 elicited serological responses that targeted the V3-glycan patch. Antibody cloning and cryo-electron microscopy structures of antibody-envelope complexes confirmed that immunization with RC1 expands clones of B cells that carry the anti-V3-glycan patch antibodies, which resemble precursors of human broadly neutralizing antibodies. Thus, RC1 may be a suitable priming immunogen for sequential vaccination strategies in the context of polyclonal repertoires.
履歴
登録2019年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月29日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6orq
  • 表面レベル: 1.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6orq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20178.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20178.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.44 Å/pix.
x 256 pix.
= 367.616 Å		1.44 Å/pix.
x 256 pix.
= 367.616 Å		1.44 Å/pix.
x 256 pix.
= 367.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.436 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.02 / ムービー #1: 1.02
最小 - 最大-2.3921328 - 3.5628066
平均 (標準偏差)-0.0004616329 (±0.14429614)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 367.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4361.4361.436
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z367.616367.616367.616
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ304304304
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.3923.563-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20178_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_20178_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_20178_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer with three Ab275...

全体名称: Complex of RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer with three Ab275MUR Fabs and three 8ANC195 Fabs
要素
  • 複合体: Complex of RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer with three Ab275MUR Fabs and three 8ANC195 Fabs
    • 複合体: RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer
      • タンパク質・ペプチド: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp41
      • タンパク質・ペプチド: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp120
    • 複合体: Ab275MUR Fab
      • タンパク質・ペプチド: Ab275MUR antibody Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Ab275MUR antibody Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer with three Ab275...

超分子名称: Complex of RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer with three Ab275MUR Fabs and three 8ANC195 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4
詳細: Fab fragments generated by recombinant expression and complexed with the RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 600 KDa

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超分子 #2: RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer

超分子名称: RC1 variant of BG505 SOSIP.664 trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: Ab275MUR Fab

超分子名称: Ab275MUR Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody using Ficin
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)

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分子 #1: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp41

分子名称: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.736852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVSLGFLGAA GSTMGAASMT LTVQARNLLS GIVQQQSNLL RAPEPQQHLL KDTHWGIKQL QARVLAVEHY LRDQQLLGIW GCSGKLICC TNVPWNSSWS NRNLSEIWDN MTWLQWDKEI SNYTQIIYGL LEESQNQQEK NEQDLLALD

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分子 #2: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp120

分子名称: RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.050211 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYAPNLL SNMRGELKQC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYAPNLL SNMRGELKQC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV IIRSENI TNNAKNILVQ LNTPVQINCT RPNNNTVKSI RIGPGQAFYY FGDIIGDIRM AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFAQSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSIVLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRV

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分子 #3: Ab275MUR antibody Fab heavy chain

分子名称: Ab275MUR antibody Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.418949 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLQESGGD LVKPGGSLKL SCAASGFTFS RYGMSWVRQT PDKRLEWVAT ISSGGSYTYY PDSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMSSLKSE DTAMYYCARH GITTVGVAMD YWGQGTYSHV SSA

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分子 #4: Ab275MUR antibody Fab light chain

分子名称: Ab275MUR antibody Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.943238 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPAS LAVSLGQRAT ISCKASQSVD YDGDSYMNWY QQKPGQPPKL LIYAASNLES GIPARFSGSG SGTDFTLNIH PVEEEDAAT YYCQQSNEDP YTFGAGTKLE LKRTDAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT ...文字列:
DIVMTQSPAS LAVSLGQRAT ISCKASQSVD YDGDSYMNWY QQKPGQPPKL LIYAASNLES GIPARFSGSG SGTDFTLNIH PVEEEDAAT YYCQQSNEDP YTFGAGTKLE LKRTDAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC (UNK)ATHKTSTSP IVKSFNRNEC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 29 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
120.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 328 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 49308
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5t3z

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5t3z

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4fqq

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4fqq

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6orq:
Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with the elicited V3-glycan patch antibody Ab275MUR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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