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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20157 | |||||||||
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タイトル | Apoferritin from equine spleen at 4.3 Angstrom | |||||||||
マップデータ | Sharpen map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferritin complex / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / autophagosome / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Mendez JH / Randolph P / Stagg SM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019 タイトル: Throughput and resolution with a next-generation direct electron detector. 著者: Joshua H Mendez / Atousa Mehrani / Peter Randolph / Scott Stagg / 要旨: Direct electron detectors (DEDs) have revolutionized cryo-electron microscopy (cryo-EM) by facilitating the correction of beam-induced motion and radiation damage, and also by providing high- ...Direct electron detectors (DEDs) have revolutionized cryo-electron microscopy (cryo-EM) by facilitating the correction of beam-induced motion and radiation damage, and also by providing high-resolution image capture. A new-generation DED, the DE64, has been developed by Direct Electron that has good performance in both integrating and counting modes. The camera has been characterized in both modes in terms of image quality, throughput and resolution of cryo-EM reconstructions. The modulation transfer function, noise power spectrum and detective quantum efficiency (DQE) were determined for both modes, as well as the number of images per unit time. Although the DQE for counting mode was superior to that for integrating mode, the data-collection throughput for this mode was more than ten times slower. Since throughput and resolution are related in single-particle cryo-EM, data for apoferritin were collected and reconstructed using integrating mode, integrating mode in conjunction with a Volta phase plate (VPP) and counting mode. Only the counting-mode data resulted in a better than 3 Å resolution reconstruction with similar numbers of particles, and this increased performance could not be compensated for by the increased throughput of integrating mode or by the increased low-frequency contrast of integrating mode with the VPP. These data show that the superior image quality provided by counting mode is more important for high-resolution cryo-EM reconstructions than the superior throughput of integrating mode. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20157.map.gz | 8.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20157-v30.xml emd-20157.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20157_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20157.png | 119.5 KB | ||
その他 | emd_20157_half_map_1.map.gz emd_20157_half_map_2.map.gz | 29.9 MB 30 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20157 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20157 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20157_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20157_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20157_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20157 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20157 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20157.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpen map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.973 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Even half map
ファイル | emd_20157_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Odd half map
ファイル | emd_20157_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Apoferritin from equine spleen.
全体 | 名称: Apoferritin from equine spleen. |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin from equine spleen.
超分子 | 名称: Apoferritin from equine spleen. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Apoferritin readily available from Sigma-Aldrich. |
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由来(天然) | 生物種: Equus caballus (ウマ) / 組織: Spleen |
分子量 | 理論値: 481 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 8192 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8192 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.5 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-23 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 222 / 平均露光時間: 4.6 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |