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- EMDB-20040: Precursor ribosomal RNA processing complex, State 2. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20040
タイトルPrecursor ribosomal RNA processing complex, State 2.
マップデータ
試料
  • 複合体: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease
    • タンパク質・ペプチド: CLP1_P domain-containing protein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードComplex / Ribonuclease / Polynucleotide kinase / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / Las1 complex / RNA processing / rRNA processing / endonuclease activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Las1 / Las1-like / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1/Grc3 / mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1 P-loop / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase GRC3 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pillon MC / Hsu AL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA ES103247 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM reveals active site coordination within a multienzyme pre-rRNA processing complex.
著者: Monica C Pillon / Allen L Hsu / Juno M Krahn / Jason G Williams / Kevin H Goslen / Mack Sobhany / Mario J Borgnia / Robin E Stanley /
要旨: Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The ...Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The endoribonuclease (RNase) Las1 and the polynucleotide kinase (PNK) Grc3 assemble into a multienzyme complex, herein designated RNase PNK, to orchestrate processing of precursor ribosomal RNA (rRNA). RNase PNK belongs to the functionally diverse HEPN nuclease superfamily, whose members rely on distinct cues for nuclease activation. To establish how RNase PNK coordinates its dual enzymatic activities, we solved a series of cryo-EM structures of Chaetomium thermophilum RNase PNK in multiple conformational states. The structures reveal that RNase PNK adopts a butterfly-like architecture, harboring a composite HEPN nuclease active site flanked by discrete RNA kinase sites. We identify two molecular switches that coordinate nuclease and kinase function. Together, our structures and corresponding functional studies establish a new mechanism of HEPN nuclease activation essential for ribosome production.
履歴
登録2019年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月17日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6of2
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20040.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20040.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 224 pix.
= 241.92 Å		1.08 Å/pix.
x 224 pix.
= 241.92 Å		1.08 Å/pix.
x 224 pix.
= 241.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-0.787425 - 28.107223999999999
平均 (標準偏差)0.004821982 (±0.7046653)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 241.92001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z241.920241.920241.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.78728.1070.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Precursor Ribosomal RNA Processing Complex

全体名称: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex
要素
  • 複合体: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease
    • タンパク質・ペプチド: CLP1_P domain-containing protein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex

超分子名称: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex coordinates removal of a transcribed spacer.
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
分子量理論値: 234 KDa

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分子 #1: Ribonuclease

分子名称: Ribonuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 43.842871 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMV QYIFTPWRNR AELLAVRAQF YPEHTSKTHL KKHHQSTFQD DEHIRSEKQK AVARVSMWM QRGGCPHMVE STALLVAAIL SDEAQGSGAA GGYAVRAAYS AAFSRFVTGL LDSHQDKQRK QSMYDVAKAV G LPAAFVEL ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMV QYIFTPWRNR AELLAVRAQF YPEHTSKTHL KKHHQSTFQD DEHIRSEKQK AVARVSMWM QRGGCPHMVE STALLVAAIL SDEAQGSGAA GGYAVRAAYS AAFSRFVTGL LDSHQDKQRK QSMYDVAKAV G LPAAFVEL RHQATHEQLP SLTRLRSAAR RALEWIWWYY WKGLGPVDMV QRGVNGKGVA GVGDTSESEE KDVGEEGGDA AA RCREGVV RLLESDVRVG GEAINGPGKE ELLAEFGEAL VLTTLDAAAG NTRDVGVLRR AIGLMREIVN GGDEDCMQLE NGK GNRDVE KLKEELKKGW EEIKRLAQEK EDSGDDQTED EDVDMEAEEE DKKEQQSGWV LYDEKEWVPK PIGIV

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: CLP1_P domain-containing protein

分子名称: CLP1_P domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 69.660539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHSSFQPNN SNFQRKAGGR LVLSTPDVER FVILGNYGVK VHQGEVTIAG ATLTPIDDVQ WVHAPHCHAL PVLRTANDTV IELLPCPTA QGLRELARLN PLFGRLWNET SDTFQIIYTS ADAPKRTSLR ELASHPAWNK KISELLTSTR RKPSPILFIC G PKSSGKST ...文字列:
MHHSSFQPNN SNFQRKAGGR LVLSTPDVER FVILGNYGVK VHQGEVTIAG ATLTPIDDVQ WVHAPHCHAL PVLRTANDTV IELLPCPTA QGLRELARLN PLFGRLWNET SDTFQIIYTS ADAPKRTSLR ELASHPAWNK KISELLTSTR RKPSPILFIC G PKSSGKST FGRLLTNRLM TDRAGHKSRS WKPVMVLDLD PGQPEFSPPG VVSLTKLRRP NLAPPFCHPG LSFGEKGLDG GN EGMTTVR MHAIASVTPA LDPAHFIACA RDLFAYYRRS ASQENIPLVV NTPGWIQGTG LDLLAELIAV LRPTEVLYMS EDG PEETVS ALREACASSS TIPFTMLPSQ PNSSGEGGGG GAASWTPATL RSMAMQSYFH LSPFSRDQQG GPGCEWNPTP LTHL CPWRV RLAGRPDERG VLGIVCYDHQ YAPELVSDAI NGMVMGLVRI EKKEALRGLA VPGDTSLSFT SSTSQGGCDD ELDSD SNSS SAPSFTSSSP SHLNSTPLLP LIPNPTGSPL SPQYTSLVGL VLIRGVSLTA SNPELHLLTP VPPSVLHSFR GDELVL VAG KFDAPTWAYV EGLYWKSNSK AAKRVDEERE DEDREESGGV EEEEEQDEVP WVEMLHGSAG RDVGSRVWRV RRDLGRS

UniProtKB: Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase GRC3

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70561
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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