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- EMDB-20005: CryoEM map of the hyperactive ClpB mutant K476C, bound to casein,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20005
タイトルCryoEM map of the hyperactive ClpB mutant K476C, bound to casein, post-state
マップデータhyperactive ClpB mutant K476C, bound to casein, state_2
試料
  • 複合体: hyperactive ClpB mutant K476C bound to casein
    • 複合体: hyperactive ClpB mutant K476C
      • タンパク質・ペプチド: Hyperactive disaggregase ClpB
    • 複合体: alpha-s1-casein
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-S1-casein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードdisaggregase / CLPB / AAA+ / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to heat / response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain ...Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein ClpB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rizo AR / Lin J-B
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for substrate gripping and translocation by the ClpB AAA+ disaggregase.
著者: Alexandrea N Rizo / JiaBei Lin / Stephanie N Gates / Eric Tse / Stephen M Bart / Laura M Castellano / Frank DiMaio / James Shorter / Daniel R Southworth /
要旨: Bacterial ClpB and yeast Hsp104 are homologous Hsp100 protein disaggregases that serve critical functions in proteostasis by solubilizing protein aggregates. Two AAA+ nucleotide binding domains (NBDs) ...Bacterial ClpB and yeast Hsp104 are homologous Hsp100 protein disaggregases that serve critical functions in proteostasis by solubilizing protein aggregates. Two AAA+ nucleotide binding domains (NBDs) power polypeptide translocation through a central channel comprised of a hexameric spiral of protomers that contact substrate via conserved pore-loop interactions. Here we report cryo-EM structures of a hyperactive ClpB variant bound to the model substrate, casein in the presence of slowly hydrolysable ATPγS, which reveal the translocation mechanism. Distinct substrate-gripping interactions are identified for NBD1 and NBD2 pore loops. A trimer of N-terminal domains define a channel entrance that binds the polypeptide substrate adjacent to the topmost NBD1 contact. NBD conformations at the seam interface reveal how ATP hydrolysis-driven substrate disengagement and re-binding are precisely tuned to drive a directional, stepwise translocation cycle.
履歴
登録2019年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月10日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6oay
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20005.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20005.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈hyperactive ClpB mutant K476C, bound to casein, state_2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 264.192 Å		1.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 264.192 Å		1.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 264.192 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.032 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.23499985 - 0.4250638
平均 (標準偏差)0.00072879874 (±0.010268151)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 264.192 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0321.0321.032
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.192264.192264.192
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2350.4250.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : hyperactive ClpB mutant K476C bound to casein

全体名称: hyperactive ClpB mutant K476C bound to casein
要素
  • 複合体: hyperactive ClpB mutant K476C bound to casein
    • 複合体: hyperactive ClpB mutant K476C
      • タンパク質・ペプチド: Hyperactive disaggregase ClpB
    • 複合体: alpha-s1-casein
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-S1-casein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: hyperactive ClpB mutant K476C bound to casein

超分子名称: hyperactive ClpB mutant K476C bound to casein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: hyperactive ClpB mutant K476C

超分子名称: hyperactive ClpB mutant K476C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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超分子 #3: alpha-s1-casein

超分子名称: alpha-s1-casein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: Protein was purchased from Sigma-Aldrich. Purified from bovine milk.
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Hyperactive disaggregase ClpB

分子名称: Hyperactive disaggregase ClpB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 97.018469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRLDRLTNKF QLALADAQSL ALGHDNQFIE PLHLMSALLN QEGGSVSPLL TSAGINAGQL RTDINQALNR LPQVEGTGGD VQPSQDLVR VLNLCDNVAQ KRGDNFISSE LFVLAALESR GTVADILKAA GATTANITQA IEQMRGGESV NDQGAEDQRQ A LKKYTIDL ...文字列:
MRLDRLTNKF QLALADAQSL ALGHDNQFIE PLHLMSALLN QEGGSVSPLL TSAGINAGQL RTDINQALNR LPQVEGTGGD VQPSQDLVR VLNLCDNVAQ KRGDNFISSE LFVLAALESR GTVADILKAA GATTANITQA IEQMRGGESV NDQGAEDQRQ A LKKYTIDL TERAEQGKLD PVIGRDEEIR RTIQVLQRRT KNNPVLIGEP GVGKTAIVEG LAQRIINGEV PEGLKGRRVL AL DMGALVA GAKYRGEFEE RLKGVLNDLA KQEGNVILFI DELHTMVGAG KADGAMDAGN MLKPALARGE LHCVGATTLD EYR QYIEKD AALERRFQKV FVAEPSVEDT IAILRGLKER YELHHHVQIT DPAIVAAATL SHRYIADRQL PDKAIDLIDE AASS IRMQI DSKPEELDRL DRRIIQLKLE QQALMKESDE ASKKRLDMLN EELSDKERQY SELEEEWKAE KASLSGTQTI KCELE QAKI AIEQARRVGD LARMSELQYG KIPELEKQLE AATQLEGKTM RLLRNKVTDA EIAEVLARWT GIPVSRMMES EREKLL RME QELHHRVIGQ NEAVDAVSNA IRRSRAGLAD PNRPIGSFLF LGPTGVGKTE LCKALANFMF DSDEAMVRID MSEFMEK HS VSRLVGAPPG YVGYEEGGYL TEAVRRRPYS VILLDEVEKA HPDVFNILLQ VLDDGRLTDG QGRTVDFRNT VVIMTSNL G SDLIQERFGE LDYAHMKELV LGVVSHNFRP EFINRIDEVV VFHPLGEQHI ASIAQIQLKR LYKRLEERGY EIHISDEAL KLLSENGYDP VYGARPLKRA IQQQIENPLA QQILSGELVP GKVIRLEVNE DRIVAVQRSR SHHHHHH

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分子 #2: Alpha-S1-casein

分子名称: Alpha-S1-casein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 2.230741 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 213059
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6oay:
Structure of the hyperactive ClpB mutant K476C, bound to casein, post-state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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