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万見
- EMDB-19992: Tail tube and extended tail sheath tube of Klebsiella phage KP1 v... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19992
タイトルTail tube and extended tail sheath tube of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
マップデータ
試料
  • ウイルス: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tail sheath protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
キーワードViral tail / sheath / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
: / Tail sheath protein Gp18-like domain I / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain ...: / Tail sheath protein Gp18-like domain I / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail sheath protein / Tail tube protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella phage KP1 (ファージ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Orlova EV / Isupov MN
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Baseplate cup of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
著者: Orlova EV / Isupov MN
履歴
登録2024年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19992.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19992.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 426.8 Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 426.8 Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 426.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.34
最小 - 最大-0.4021123 - 0.86827135
平均 (標準偏差)0.008655765 (±0.05176212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 426.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19992_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19992_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Klebsiella phage KP1

全体名称: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tail sheath protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein

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超分子 #1: Klebsiella phage KP1

超分子名称: Klebsiella phage KP1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2070202 / 生物種: Klebsiella phage KP1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Tail sheath protein

分子名称: Tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 54 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 71.695094 KDa
配列文字列: MPLVSPGIEL KETSVQSTVV LNATGRAAIV GKFQWGPAYQ VTQITNEVEL VDMFGGPNNQ TADYFMSAMN FLQYGNDLRT VRVVNREAA KNASPLVDNI EWEITTAGSN YEVGDKITVK YADQVVDDTG SVTEVDSDGK IKSVFIPTSK IIAYAKSINQ Y PDLGSSWT ...文字列:
MPLVSPGIEL KETSVQSTVV LNATGRAAIV GKFQWGPAYQ VTQITNEVEL VDMFGGPNNQ TADYFMSAMN FLQYGNDLRT VRVVNREAA KNASPLVDNI EWEITTAGSN YEVGDKITVK YADQVVDDTG SVTEVDSDGK IKSVFIPTSK IIAYAKSINQ Y PDLGSSWT TTITSQSSGV SAVITLGKII SDSTVLLTEP ETAHEEMTKT EFQTALAKYK MPGIVAAYPG ELGNQLEIEI VS KAAFDKG EQLTIYPAGG KRASTAKAVF GYGPQTDTQY AIIVRRDGAV VESAVLSTSR QDKDIYGNNI FMDDYFSKGS SRY IFATAQ GWPEGFAGVI RLGGGVSANE SVTAGDLIQG WDLFGDREAL RVNLLIAGAC AGETDEIAST VQKHVSSIAD ERQD CLALI SPPRSTIVNI PLTRAVDNLI DWRQGEGSYD SANMNINTTY AAIDGNYKYQ YDKYNDVNRW VPLAADIAGL CARTD DIAQ PWMSPAGYRR GQILNCIKLA IEPRQAHRDR MYQAGINPVT GQGTGDGFIL FGDKTATTVP TPFDRINVRR LFNMLK NNI GDSSKWQLFE LNDNFTRSSF RMETSQYLAG IKALGGVYDF RVVCDTTNNT PAVIDRNEFV ASFYIKPARS INYITLN FV ATATGADFDE LIGP

UniProtKB: Tail sheath protein

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分子 #2: Tail tube protein

分子名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 54 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
分子量理論値: 18.633738 KDa
配列文字列:
MELTDITRAF ESGDFARPNL FEVEIPYLGR NFSFKCKAAP MPAGIVEKVP VGYMNRKINV AGDRTYDDWT VTIYNDDKHE VRKAIIAWQ AQAHAQGNDI SGMTPADYKK VATVRQFSRD GKTITNEHTI TGLWPTNVGE VQMDWDSNNE VETFETTFAI D WWE

UniProtKB: Tail tube protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92.0 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 78.7 K / 最高: 93.6 K
詳細Alignment procedure: EPU Autocoma and Autosrigmate Residual tilt (if alignment procedure is coma free, mrad): 68 Software used to collect images EPU 2.4, Tomo 5.13 Film/CCD/Direct electron detector model*: post GIF K3
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 83505 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 40.22 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 16.93 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 7017
Segment selection選択した数: 40161 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9ev2:
Tail tube and extended tail sheath tube of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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