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- EMDB-19990: Structure of the AAP filament of Sulfolobus acidocaldarius strain... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19990
タイトルStructure of the AAP filament of Sulfolobus acidocaldarius strain MW039 (delta agl3 mutant).
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Aap filament of the S. acidocaldarius species deficient in sulfoquinovose transferase enzyme
    • タンパク質・ペプチド: DUF4352 domain-containing protein
キーワードcell surface appendage / N-glycosylation / mutagenesis / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Immunoglobulin-like fold / membrane / DUF4352 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Daum B / Isupov MN / Gaines M / McLaren M / Mollat C
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)109784European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Towards a molecular picture of the archaeal cell surface.
著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Mathew McLaren / Clara L Mollat / Risat Ul Haque / Jake K Stephenson / Shamphavi Sivabalasarma / Cyril Hanus / Daniel Kattnig / Vicki A M Gold / Sonja ...著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Mathew McLaren / Clara L Mollat / Risat Ul Haque / Jake K Stephenson / Shamphavi Sivabalasarma / Cyril Hanus / Daniel Kattnig / Vicki A M Gold / Sonja Albers / Bertram Daum /
要旨: Archaea produce various protein filaments with specialised functions. While some archaea produce only one type of filament, the archaeal model species Sulfolobus acidocaldarius generates four. These ...Archaea produce various protein filaments with specialised functions. While some archaea produce only one type of filament, the archaeal model species Sulfolobus acidocaldarius generates four. These include rotary swimming propellers analogous to bacterial flagella (archaella), pili for twitching motility (Aap), adhesive fibres (threads), and filaments facilitating homologous recombination upon UV stress (UV pili). Here, we use cryo-electron microscopy to describe the structure of the S. acidocaldarius archaellum at 2.0 Å resolution, and update the structures of the thread and the Aap pilus at 2.7 Å and 2.6 Å resolution, respectively. We define features unique to archaella of the order Sulfolobales and compare their structure to those of Aap and threads in the context of the S-layer. We define distinct N-glycan patterns in the three filaments and identify a putative O-glycosylation site in the thread. Finally, we ascertain whether N-glycan truncation leads to structural changes in archaella and Aap.
履歴
登録2024年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19990.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19990.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 288 pix.
= 265.248 Å		0.92 Å/pix.
x 288 pix.
= 265.248 Å		0.92 Å/pix.
x 288 pix.
= 265.248 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.921 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.032
最小 - 最大-0.051365126 - 0.15507545
平均 (標準偏差)0.00067538576 (±0.008387598)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 265.248 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19990_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19990_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Aap filament of the S. acidocaldarius species deficient in sulfoq...

全体名称: Aap filament of the S. acidocaldarius species deficient in sulfoquinovose transferase enzyme
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Aap filament of the S. acidocaldarius species deficient in sulfoquinovose transferase enzyme
    • タンパク質・ペプチド: DUF4352 domain-containing protein

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超分子 #1: Aap filament of the S. acidocaldarius species deficient in sulfoq...

超分子名称: Aap filament of the S. acidocaldarius species deficient in sulfoquinovose transferase enzyme
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

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分子 #1: DUF4352 domain-containing protein

分子名称: DUF4352 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
分子量理論値: 14.177022 KDa
配列文字列:
LSGAIVALIL VIAGVIIAIA VVLFAFGLIP GISNQGSIQV LGSGTITNST ASGSSRTIYN ITITVKNTGT TSISVTSINI NGQPFNING TAPSIPAGRT QPITFEVTPA SGKPNFSPGA SYTATIYFSN GQGAPATLIY QG

UniProtKB: DUF4352 domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 3
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Mixed population of filaments isolated from Sulfolobus acidocaldarius deficient in agl3 - UDP-sulfoquinovose synthase

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
ソフトウェア名称: EPU (ver. 3.5)
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 29189 / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 15.282 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -39.953 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 691479
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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