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- EMDB-19790: Restriction on Ku Inward Translocation Caps Telomere Ends -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19790
タイトルRestriction on Ku Inward Translocation Caps Telomere Ends
マップデータFull map
試料
  • 複合体: Yeast Ku, DNA Binary complex
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
    • DNA: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3')
キーワードTelomere / NHEJ / Rap1 / Ku / Chromosome / DNA Repair / Mutagenesis / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


donor selection / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / protein localization to chromosome / establishment of protein-containing complex localization to telomere / Ku70:Ku80 complex / double-strand break repair via break-induced replication / telomerase RNA binding / recombinational repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / telomeric DNA binding ...donor selection / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / protein localization to chromosome / establishment of protein-containing complex localization to telomere / Ku70:Ku80 complex / double-strand break repair via break-induced replication / telomerase RNA binding / recombinational repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / telomeric DNA binding / subtelomeric heterochromatin formation / Neutrophil degranulation / DNA helicase activity / telomere maintenance / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear envelope / chromatin organization / DNA helicase / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Ku70 / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain ...: / Ku70 / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase II subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Mattarocci S / Baconnais S / Roisne-Hamelin F / Pobiega S / Alibert O / Morin V / Deshayes A / Veaute X / Ropars V / Mazon G ...Mattarocci S / Baconnais S / Roisne-Hamelin F / Pobiega S / Alibert O / Morin V / Deshayes A / Veaute X / Ropars V / Mazon G / Busso D / Fernandez Varela P / Le Cam E / Charbonnier J / Cuniasse P / Marcand S
資金援助 フランス, 5件
OrganizationGrant number国
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)EQU202203014702 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15CE12-0007 DNA-Life フランス
Fondation ARC フランス
La ligue contre le cancer フランス
French Alternative Energies and Atomic Energy Commission (CEA) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Restriction of Ku translocation protects telomere ends.
著者: Stefano Mattarocci / Sonia Baconnais / Florian Roisné-Hamelin / Sabrina Pobiega / Olivier Alibert / Vincent Morin / Alice Deshayes / Xavier Veaute / Virginie Ropars / Maelenn Chevreuil / ...著者: Stefano Mattarocci / Sonia Baconnais / Florian Roisné-Hamelin / Sabrina Pobiega / Olivier Alibert / Vincent Morin / Alice Deshayes / Xavier Veaute / Virginie Ropars / Maelenn Chevreuil / Johannes Mehringer / Didier Busso / Gerard Mazon / Paloma Fernandez Varela / Éric Le Cam / Jean-Baptiste Charbonnier / Philippe Cuniasse / Stéphane Marcand /
要旨: Safeguarding chromosome ends against fusions via nonhomologous end joining (NHEJ) is essential for genome integrity. Paradoxically, the conserved NHEJ core factor Ku binds telomere ends. How it is ...Safeguarding chromosome ends against fusions via nonhomologous end joining (NHEJ) is essential for genome integrity. Paradoxically, the conserved NHEJ core factor Ku binds telomere ends. How it is prevented from promoting NHEJ remains unclear, as does the mechanism that allows Ku to coexist with telomere-protective DNA binding proteins, Rap1 in Saccharomyces cerevisiae. Here, we find that Rap1 directly inhibits Ku's NHEJ function at telomeres. A single Rap1 molecule near a double-stand break suppresses NHEJ without displacing Ku in cells. Furthermore, Rap1 and Ku form a complex on short DNA duplexes in vitro. Cryo-EM shows Rap1 blocks Ku's inward translocation on DNA - an essential step for NHEJ at DSBs. Nanopore sequencing of telomere fusions confirms this mechanism protects native telomere ends. These findings uncover a telomere protection mechanism where Rap1 restricts Ku's inward translocation. This switches Ku from a repair-promoting to a protective role preventing NHEJ at telomeres.
履歴
登録2024年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19790.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19790.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 336.384 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 336.384 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 336.384 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.657 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.091
最小 - 最大-1.3771838 - 1.866667
平均 (標準偏差)-0.0001973952 (±0.02092467)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 336.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_19790_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_19790_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Ku, DNA Binary complex

全体名称: Yeast Ku, DNA Binary complex
要素
  • 複合体: Yeast Ku, DNA Binary complex
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
    • DNA: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3')

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超分子 #1: Yeast Ku, DNA Binary complex

超分子名称: Yeast Ku, DNA Binary complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1

分子名称: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: KU70_YEAST ATP-dependent DNA helicase II subunit 1 OS=Saccharomyces cerevisiae
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 70.74532 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRSVTNAFGN SGELNDQVDE TGYRKFDIHE GILFCIELSE TMFKESSDLE YKSPLLEILE SLDELMSQLV ITRPGTAIGC YFYYCNRED AKEGIYELFP LRDINATFMK KLNDLLEDLS SGRISLYDYF MFQQTGSEKQ VRLSVLFTFM LDTFLEEIPG Q KQLSNKRV ...文字列:
MRSVTNAFGN SGELNDQVDE TGYRKFDIHE GILFCIELSE TMFKESSDLE YKSPLLEILE SLDELMSQLV ITRPGTAIGC YFYYCNRED AKEGIYELFP LRDINATFMK KLNDLLEDLS SGRISLYDYF MFQQTGSEKQ VRLSVLFTFM LDTFLEEIPG Q KQLSNKRV FLFTDIDKPQ EAQDIDERAR LRRLTIDLFD NKVNFATFFI GYADKPFDNE FYSDILQLGS HTNENTGLDS EF DGPSTKP IDAKYIKSRI LRKKEVKRIM FQCPLILDEK TNFIVGVKGY TMYTHEKAGV RYKLVYEHED IRQEAYSKRK FLN PITGED VTGKTVKVYP YGDLDINLSD SQDQIVMEAY TQKDAFLKII GFRSSSKSIH YFNNIDKSSF IVPDEAKYEG SIRT LASLL KILRKKDKIA ILWGKLKSNS HPSLYTLSPS SVKDYNEGFY LYRVPFLDEI RKFPSLLSYD DGSEHKLDYD NMKKV TQSI MGYFNLRDGY NPSDFKNPLL QKHYKVLHDY LLQIETTFDE NETPNTKKDR MMREDDSLRK LYYIRNKILE SEKSED PII QRLNKYVKIW NMFYKKFNDD NISIKEEKKP FDKKPKFNI

UniProtKB: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1

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分子 #2: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2

分子名称: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: KU80_YEAST ATP-dependent DNA helicase II subunit 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 71.324844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSESTTFIV DVSPSMMKNN NVSKSMAYLE YTLLNKSKKS RKTDWISCYL ANCPVSENSQ EIPNVFQIQS FLAPVTTTAT IGFIKRLKQ YCDQHSHDSS NEGLQSMIQC LLVVSLDIKQ QFQARKILKQ IVVFTDNLDD LDITDEEIDL LTEELSTRII L IDCGKDTQ ...文字列:
MSSESTTFIV DVSPSMMKNN NVSKSMAYLE YTLLNKSKKS RKTDWISCYL ANCPVSENSQ EIPNVFQIQS FLAPVTTTAT IGFIKRLKQ YCDQHSHDSS NEGLQSMIQC LLVVSLDIKQ QFQARKILKQ IVVFTDNLDD LDITDEEIDL LTEELSTRII L IDCGKDTQ EERKKSNWLK LVEAIPNSRI YNMNELLVEI TSPATSVVKP VRVFSGELRL GADILSTQTS NPSGSMQDEN CL CIKVEAF PATKAVSGLN RKTAVEVEDS QKKERYVGVK SIIEYEIHNE GNKKNVSEDD QSGSSYIPVT ISKDSVTKAY RYG ADYVVL PSVLVDQTVY ESFPGLDLRG FLNREALPRY FLTSESSFIT ADTRLGCQSD LMAFSALVDV MLENRKIAVA RYVS KKDSE VNMCALCPVL IEHSNINSEK KFVKSLTLCR LPFAEDERVT DFPKLLDRTT TSGVPLKKET DGHQIDELME QFVDS MDTD ELPEIPLGNY YQPIGEVTTD TTLPLPSLNK DQEENKKDPL RIPTVFVYRQ QQVLLEWIHQ LMINDSREFE IPELPD SLK NKISPYTHKK FDSTKLVEVL GIKKVDKLKL DSELKTELER EKIPDLETLL KRGEQHSRGS PNNSNN

UniProtKB: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2

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分子 #3: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*...

分子名称: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.643248 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)

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分子 #4: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*...

分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.244084 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, pH 8.04
凍結凍結剤: ETHANE
詳細DNA 6 E-6 M Ku 6 E-6 M

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 689183
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 3
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5y58

chain_id: K, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5y58

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3ukg

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3ukg

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 124.5
得られたモデル

PDB-8s82:
Restriction on Ku Inward Translocation Caps Telomere Ends

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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