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- EMDB-19761: Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa recombinase A (RecA) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19761
タイトルCryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa recombinase A (RecA) in complex with ssDNA 72mer and ATPgS
マップデータ
試料
  • 複合体: recombinase A (RecA) assembled onto ssDNA 72-mer in presence of ATPgS and Mg2+
    • 複合体: Recombinase A (RecA)
      • タンパク質・ペプチド: Protein RecA
    • 複合体: ssDNA
      • DNA: DNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードrecombinase / co-protease activator / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / single-stranded DNA binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / : / recA bacterial DNA recombination protein / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. ...DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / : / recA bacterial DNA recombination protein / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / synthetic construct (人工物) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者De Felice S / Vascon F / Huber ST / Grinzato A / Jakobi AJ / Cendron L
資金援助 イタリア, 1件
OrganizationGrant number国
Italian Ministry of Education イタリア
引用ジャーナル: iScience / 年: 2025
タイトル: Snapshots of SOS response reveal structural requisites for LexA autoproteolysis.
著者: Filippo Vascon / Sofia De Felice / Matteo Gasparotto / Stefan T Huber / Claudio Catalano / Monica Chinellato / Riccardo Mezzetti / Alessandro Grinzato / Francesco Filippini / Lorenzo Maso / ...著者: Filippo Vascon / Sofia De Felice / Matteo Gasparotto / Stefan T Huber / Claudio Catalano / Monica Chinellato / Riccardo Mezzetti / Alessandro Grinzato / Francesco Filippini / Lorenzo Maso / Arjen J Jakobi / Laura Cendron /
要旨: Antimicrobial resistance poses a severe threat to human health and stands out among the pathogens responsible for this emergency. The SOS response to DNA damage is crucial in bacterial evolution, ...Antimicrobial resistance poses a severe threat to human health and stands out among the pathogens responsible for this emergency. The SOS response to DNA damage is crucial in bacterial evolution, influencing resistance development and adaptability in challenging environments, especially under antibiotic exposure. Recombinase A (RecA) and the transcriptional repressor LexA are the key players that orchestrate this process, determining either the silencing or the active transcription of the genes under their control. By integrating state-of-the-art structural approaches with binding and functional assays, we elucidated the molecular events activating the SOS response in , focusing on the RecA-LexA interaction. Our findings identify the conserved determinants and strength of the interactions that allow RecA to trigger LexA autocleavage and inactivation. These results provide the groundwork for designing novel antimicrobial strategies and exploring the potential translation of -derived approaches, to address the implications of infections.
履歴
登録2024年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19761.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.568 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.568 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.568 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.105
最小 - 最大-0.023681452 - 0.32972655
平均 (標準偏差)0.0038203949 (±0.019199077)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 317.568 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19761_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_19761_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_19761_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19761_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19761_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : recombinase A (RecA) assembled onto ssDNA 72-mer in presence of A...

全体名称: recombinase A (RecA) assembled onto ssDNA 72-mer in presence of ATPgS and Mg2+
要素
  • 複合体: recombinase A (RecA) assembled onto ssDNA 72-mer in presence of ATPgS and Mg2+
    • 複合体: Recombinase A (RecA)
      • タンパク質・ペプチド: Protein RecA
    • 複合体: ssDNA
      • DNA: DNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: recombinase A (RecA) assembled onto ssDNA 72-mer in presence of A...

超分子名称: recombinase A (RecA) assembled onto ssDNA 72-mer in presence of ATPgS and Mg2+
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Recombinase A (RecA)

超分子名称: Recombinase A (RecA) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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超分子 #3: ssDNA

超分子名称: ssDNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Protein RecA

分子名称: Protein RecA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 35.062066 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GDENKKRALA AALGQIERQF GKGAVMRMGD HERQAIPAIS TGSLGLDIAL GIGGLPKGRI VEIYGPESSG KTTLTLSVIA EAQKQGATC AFVDAEHALD PDYAGKLGVN VDDLLVSQPD TGEQALEITD MLVRSNAVDV IIVDSVAALV PKAEIEGEMG D AHVGLQAR ...文字列:
GDENKKRALA AALGQIERQF GKGAVMRMGD HERQAIPAIS TGSLGLDIAL GIGGLPKGRI VEIYGPESSG KTTLTLSVIA EAQKQGATC AFVDAEHALD PDYAGKLGVN VDDLLVSQPD TGEQALEITD MLVRSNAVDV IIVDSVAALV PKAEIEGEMG D AHVGLQAR LMSQALRKIT GNIKNANCLV IFINQIRMKI GVMFGNPETT TGGNALKFYA SVRLDIRRTG AVKEGDEVVG SE TRVKVVK NKVSPPFRQA EFQILYGKGI YRTGEIIDLG VQLGLVEKSG AWYSYQGSKI GQGKANAAKY LEDNPEIGSV LEK TIRDQL LA

UniProtKB: Protein RecA

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分子 #2: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.171814 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度2.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 15.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 59.2 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 202842
Segment selection選択した数: 427064
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
詳細: a homology model for the atomic structure of RecA-ssDNA-ATPgS complex was generated with Swissmodel
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: SwissModel / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8s70:
Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa recombinase A (RecA) in complex with ssDNA 72mer and ATPgS

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原子モデル構築 2

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8s70:
Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa recombinase A (RecA) in complex with ssDNA 72mer and ATPgS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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