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- EMDB-19733: Cryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19733
タイトルCryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules
マップデータ
試料
  • 複合体: Heptameric complex of Arf1 with GSP and Mg
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
  • リガンド: water
キーワードMembrane tubules / Arf1 / COPI / PROTEIN TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / regulation of Golgi organization / organelle membrane contact site / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport ...Synthesis of PIPs at the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / regulation of Golgi organization / organelle membrane contact site / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / Golgi vesicle transport / positive regulation of mitochondrial fusion / regulation of fatty acid metabolic process / Golgi to plasma membrane transport / positive regulation of mitochondrial fission / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / macroautophagy / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Haupt C / Semchonok DA / Stubbs MT / Bacia K / Desfosses A / Kastritis PL / Hamdi F
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HI2 ドイツ
引用ジャーナル: Cell Structure / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules
著者: Haupt C / Semchonok DA / Stubbs MT / Bacia K / Desfosses A
履歴
登録2024年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19733.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.53 Å/pix.
x 384 pix.
= 587.677 Å		1.53 Å/pix.
x 384 pix.
= 587.677 Å		1.53 Å/pix.
x 384 pix.
= 587.677 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.53041 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 15.0
最小 - 最大-279.330660000000023 - 554.632449999999949
平均 (標準偏差)-0.30801257 (±5.8531713)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 587.6775 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19733_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_19733_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19733_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19733_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heptameric complex of Arf1 with GSP and Mg

全体名称: Heptameric complex of Arf1 with GSP and Mg
要素
  • 複合体: Heptameric complex of Arf1 with GSP and Mg
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Heptameric complex of Arf1 with GSP and Mg

超分子名称: Heptameric complex of Arf1 with GSP and Mg / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: ADP-ribosylation factor 1

分子名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: A myristoyl group (derived from myristic acid) is covalently attached to the N-terminus via an amide bond.
コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: small monomeric GTPase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 20.552438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGLFASKLFS NLFGNKEMRI LMVGLDGAGK TTVLYKLKLG EVITTIPTIG FNVETVQYKN ISFTVWDVGG QDRIRSLWRH YYRNTEGVI FVVDSNDRSR IGEAREVMQR MLNEDELRNA AWLVFANKQD LPEAMSAAEI TEKLGLHSIR NRPWFIQATC A TSGEGLYE GLEWLSNSLK NST

UniProtKB: ADP-ribosylation factor 1

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE

分子名称: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: GSP
分子量理論値: 539.246 Da
Chemical component information

ChemComp-GSP:
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 14 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
50.0 mMKOAc
1.2 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12483 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1489051
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.1) / 使用した粒子像数: 485140
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 125000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2ksq


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 16-178 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 94.1
得られたモデル

PDB-8s5e:
Cryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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