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万見
- EMDB-1970: Negative stained image reconstruction of HIV spike protein in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1970
タイトルNegative stained image reconstruction of HIV spike protein in complex with PGT128 Fab at 14 Angstrom resolution
マップデータHIV Envelope protein in complex with Fab PGT128
試料
  • 試料: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGT128 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: Human immunodeficiency virus envelope protein
  • タンパク質・ペプチド: PGT128 monoclonal antibody fragment
キーワードHIV / broadly neutralizing antibody / glycan shield
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Khayat R / Pejchal R / Julien J-P / Wilson IA
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: A potent and broad neutralizing antibody recognizes and penetrates the HIV glycan shield.
著者: Robert Pejchal / Katie J Doores / Laura M Walker / Reza Khayat / Po-Ssu Huang / Sheng-Kai Wang / Robyn L Stanfield / Jean-Philippe Julien / Alejandra Ramos / Max Crispin / Rafael Depetris / ...著者: Robert Pejchal / Katie J Doores / Laura M Walker / Reza Khayat / Po-Ssu Huang / Sheng-Kai Wang / Robyn L Stanfield / Jean-Philippe Julien / Alejandra Ramos / Max Crispin / Rafael Depetris / Umesh Katpally / Andre Marozsan / Albert Cupo / Sebastien Maloveste / Yan Liu / Ryan McBride / Yukishige Ito / Rogier W Sanders / Cassandra Ogohara / James C Paulson / Ten Feizi / Christopher N Scanlan / Chi-Huey Wong / John P Moore / William C Olson / Andrew B Ward / Pascal Poignard / William R Schief / Dennis R Burton / Ian A Wilson /
要旨: The HIV envelope (Env) protein gp120 is protected from antibody recognition by a dense glycan shield. However, several of the recently identified PGT broadly neutralizing antibodies appear to ...The HIV envelope (Env) protein gp120 is protected from antibody recognition by a dense glycan shield. However, several of the recently identified PGT broadly neutralizing antibodies appear to interact directly with the HIV glycan coat. Crystal structures of antigen-binding fragments (Fabs) PGT 127 and 128 with Man(9) at 1.65 and 1.29 angstrom resolution, respectively, and glycan binding data delineate a specific high mannose-binding site. Fab PGT 128 complexed with a fully glycosylated gp120 outer domain at 3.25 angstroms reveals that the antibody penetrates the glycan shield and recognizes two conserved glycans as well as a short β-strand segment of the gp120 V3 loop, accounting for its high binding affinity and broad specificity. Furthermore, our data suggest that the high neutralization potency of PGT 127 and 128 immunoglobulin Gs may be mediated by cross-linking Env trimers on the viral surface.
履歴
登録2011年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年10月20日-
マップ公開2011年10月21日-
更新2011年10月21日-
現状2011年10月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1970.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1970.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV Envelope protein in complex with Fab PGT128
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.63715 - 3.57025
平均 (標準偏差)0.0105322 (±0.257004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 348.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.800348.800348.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-1.6373.5700.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of ...

全体名称: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGT128 monoclonal antibody
要素
  • 試料: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGT128 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: Human immunodeficiency virus envelope protein
  • タンパク質・ペプチド: PGT128 monoclonal antibody fragment

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超分子 #1000: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of ...

超分子名称: HIV spike protein 664G construct in complex with Fab fragment of PGT128 monoclonal antibody
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: One trimer binds to three Fabs / Number unique components: 2
分子量実験値: 445 KDa / 手法: Size exclusion chromatography and light scattering

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分子 #1: Human immunodeficiency virus envelope protein

分子名称: Human immunodeficiency virus envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Spike protein
詳細: The PGT128 Fab was complexed to the spike protein, partially deglycosylated, purified using size exclusion chromatography, and concentrated.
コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
株: KNH1144 SOSIP 664G / 別称: Spike protien
組換発現生物種: 293S / 組換プラスミド: pP14

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分子 #2: PGT128 monoclonal antibody fragment

分子名称: PGT128 monoclonal antibody fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Fab fragment / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% Uranyl Formate for 30 seconds
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 293 K / 最高: 293 K / 平均: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: -2 mrad
日付2011年8月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 0.109 µm / 実像数: 357 / 平均電子線量: 16 e/Å2 / 詳細: Data collected on CCD / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.95 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an DoG Picker, and cleaned using reference free class averaging.
CTF補正詳細: Micrograph and each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Sparx / 使用した粒子像数: 12824
最終 角度割当詳細: SPIDER:theta 90 degrees, phi 120 degrees
最終 2次元分類クラス数: 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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