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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament. | |||||||||
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![]() | cell surface appendage / N-glycosylation / O-glycosylation / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å | |||||||||
![]() | Isupov MN / Gaines M / McLaren M / Daum B | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament. 著者: Isupov MN / Gaines M / McLaren M / Daum B | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 31.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 45.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 799.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 798.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rzlMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.829 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19608_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19608_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Filament 0406
全体 | 名称: Filament 0406 |
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要素 |
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-超分子 #1: Filament 0406
超分子 | 名称: Filament 0406 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament.
分子 | 名称: Sulfolobus acidocaldarius threads (0406) filament. / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 19.720252 KDa |
配列 | 文字列: DVIYYYQGQI TVGNVAPPMY FAIQPNGNAK IGNNSNVPSY INAQPSSGGS GFTAQVNITN ATYNYYFNFM GLAVSKTGYI YLAKVAYSY TATNNPIQNA TLYIMNQQGQ IVYKYKLIVN GVVNSTLPST PLQINSGSYI VSLLIVPYQG TLPKTPSNDL A TITVNFGF SPMTASPPPI PLPSP UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MAN |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-MAN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 3 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 20579 / 平均露光時間: 2.57 sec. / 平均電子線量: 43.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8rzl: |
-原子モデル構築 2
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8rzl: |