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- EMDB-19570: CryoEM structure of the gTuRC-CM1dim complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19570
タイトルCryoEM structure of the gTuRC-CM1dim complex
マップデータ3D Refinement map of the gTuRC-CM1dim complex
試料
  • 複合体: gTuRC-CM1dim complex
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma-1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Actin b
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 3
    • タンパク質・ペプチド: CM1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 4
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 5
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 6
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic-spindle organizing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic-spindle organizing protein 2A
キーワードgTuRC / gTuSC / CM1 / CDK5RAP2 / gamma-tubulin / microtubule / alfa/beta-tubulin nucleation / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / microtubule nucleator activity / polar microtubule / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / microtubule nucleation ...microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / microtubule nucleator activity / polar microtubule / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / non-motile cilium / cell leading edge / pericentriolar material / microtubule organizing center / mitotic sister chromatid segregation / mitotic spindle assembly / single fertilization / spindle assembly / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / condensed nuclear chromosome / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / brain development / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / neuron migration / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / apical part of cell / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / protein-containing complex assembly / microtubule binding / microtubule / neuron projection / cilium / ciliary basal body / centrosome / GTP binding / structural molecule activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal ...MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin gamma-1 chain / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing protein 2A / Gamma-tubulin complex component 3 / Gamma-tubulin complex component 6 / Gamma-tubulin complex component 5 / Gamma-tubulin complex component 2 / Gamma-tubulin complex component 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Llorca O / Serna M / Gonzalez-Rodriguez N
資金援助 スペイン, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)AEI/10.13039/501100011 003 スペイン
European Regional Development FundPID2020-114429RB-I00European Union
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2024
タイトル: CDK5RAP2 activates microtubule nucleator γTuRC by facilitating template formation and actin release.
著者: Marina Serna / Fabian Zimmermann / Chithran Vineethakumari / Nayim Gonzalez-Rodriguez / Oscar Llorca / Jens Lüders /
要旨: To organize microtubules, cells tightly control the activity of the microtubule nucleator γ-tubulin ring complex (γTuRC). The open ring-shaped γTuRC was proposed to nucleate microtubules by a ...To organize microtubules, cells tightly control the activity of the microtubule nucleator γ-tubulin ring complex (γTuRC). The open ring-shaped γTuRC was proposed to nucleate microtubules by a template mechanism. However, its splayed structure does not match microtubule symmetry, leaving it unclear how γTuRC becomes an efficient nucleator. Here, we identify the mechanism of γTuRC activation by CDK5RAP2 centrosomin motif 1 (CM1). Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we find that activation involves binding of multiple CM1 dimers to five distinct sites around the outside of the γTuRC cone, which crucially depends on regulatory modules formed by MZT2 and the N-terminal extensions of GCP2 subunits. CM1 binding promotes lateral interactions between GCP subunits to facilitate microtubule-like conformations and release of luminal actin that is integral to non-activated γTuRC. We propose a model where generation of γTuRC with an expanded conformational range, rather than perfect symmetry, is sufficient to boost nucleation activity.
履歴
登録2024年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19570.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19570.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D Refinement map of the gTuRC-CM1dim complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 601.2 Å		1.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 601.2 Å		1.67 Å/pix.
x 360 pix.
= 601.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011
最小 - 最大-0.019136854 - 0.0659452
平均 (標準偏差)0.000117333 (±0.0020949293)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 601.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19570_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : gTuRC-CM1dim complex

全体名称: gTuRC-CM1dim complex
要素
  • 複合体: gTuRC-CM1dim complex
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma-1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Actin b
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 3
    • タンパク質・ペプチド: CM1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 4
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 5
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 6
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic-spindle organizing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic-spindle organizing protein 2A

+
超分子 #1: gTuRC-CM1dim complex

超分子名称: gTuRC-CM1dim complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Tubulin gamma-1 chain

分子名称: Tubulin gamma-1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.22777 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDLE PRVIHSILNS PYAKLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF DIIDREADGS DSLEGFVLCH SIAGGTGSGL GSYLLERLND R YPKKLVQT ...文字列:
MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDLE PRVIHSILNS PYAKLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF DIIDREADGS DSLEGFVLCH SIAGGTGSGL GSYLLERLND R YPKKLVQT YSVFPNQDEM SDVVVQPYNS LLTLKRLTQN ADCVVVLDNT ALNRIATDRL HIQNPSFSQI NQLVSTIMSA ST TTLRYPG YMNNDLIGLI ASLIPTPRLH FLMTGYTPLT TDQSVASVRK TTVLDVMRRL LQPKNVMVST GRDRQTNHCY IAI LNIIQG EVDPTQVHKS LQRIRERKLA NFIPWGPASI QVALSRKSPY LPSAHRVSGL MMANHTSISS LFERTCRQYD KLRK REAFL EQFRKEDMFK DNFDEMDTSR EIVQQLIDEY HAATRPDYIS WGTQEQ

UniProtKB: Tubulin gamma-1 chain

+
分子 #2: Actin b

分子名称: Actin b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 40.697316 KDa
配列文字列: DEEVAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI EHGIVTNWDD MEKIWHHTFY NELRVAPEE HPVLLTEAPL NPKANREKMT QIMFETFNTP AMYVAIQAVL SLYASGRTTG IVLDSGDGVS HTVPIYEGYA L PHAILRLD ...文字列:
DEEVAALVVD NGSGMCKAGF AGDDAPRAVF PSIVGRPRKD SYVGDEAQSK RGILTLKYPI EHGIVTNWDD MEKIWHHTFY NELRVAPEE HPVLLTEAPL NPKANREKMT QIMFETFNTP AMYVAIQAVL SLYASGRTTG IVLDSGDGVS HTVPIYEGYA L PHAILRLD LAGRDLTDYL MKILTERGYS FTTTEEREIV RDIKEKLCYV ALDFEQEMAT AASSSSLEKS YELKDGQVIT IG NERFRCP EALFQPSFLG MEACGIHETT YNSIMKCDVD IRKDLYANTV LSGGTTMYPG IADRMQKEIT ALAPSTMKIK IIA PPERKY SVWIGGSILA SLSTFQQMWI SKQEYDESGP SIVHRKCF

+
分子 #3: Gamma-tubulin complex component 2

分子名称: Gamma-tubulin complex component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.666953 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSEFRIHHDV NELLSLLRVH GGDGAEVYID LLQKNRTPYV TTTVSAHSAK VKIAEFSRTP EDFLKKYDEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLT EDKETLQYLQ QNAKERAELA AAAVGSSTTS INVPAAASKI SMQELEELRK QLGSVATGST LQQSLELKRK M LRDKQNKK ...文字列:
MSEFRIHHDV NELLSLLRVH GGDGAEVYID LLQKNRTPYV TTTVSAHSAK VKIAEFSRTP EDFLKKYDEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLT EDKETLQYLQ QNAKERAELA AAAVGSSTTS INVPAAASKI SMQELEELRK QLGSVATGST LQQSLELKRK M LRDKQNKK NSGQHLPIFP AWVYERPALI GDFLIGAGIS TDTALPIGTL PLASQESAVV EDLLYVLVGV DGRYVSAQPL AG RQSRTFL VDPNLDLSIR ELVHRILPVA ASYSAVTRFI EEKSSFEYGQ VNHALAAAMR TLVKEHLILV SQLEQLHRQG LLS LQKLWF YIQPAMRTMD ILASLATSVD KGECLGGSTL SLLHDRSFSY TGDSQAQELC LYLTKAASAP YFEVLEKWIY RGII HDPYS EFMVEEHELR KERIQEDYND KYWDQRYTIV QQQIPSFLQK MADKILSTGK YLNVVRECGH DVTCPVAKEI IYTLK ERAY VEQIEKAFNY ASKVLLDFLM EEKELVAHLR SIKRYFLMDQ GDFFVHFMDL AEEELRKPVE DITPPRLEAL LELALR MST ANTDPFKDDL KIDLMPHDLI TQLLRVLAIE TKQEKAMAHA DPTELALSGL EAFSFDYIVK WPLSLIINRK ALTRYQM LF RHMFYCKHVE RQLCSVWISN KTAKQHSLHS AQWFAGAFTL RQRMLNFVQN IQYYMMFEVM EPTWHILEKN LKSASNID D VLGHHTGFLD TCLKDCMLTN PELLKVFSKL MSVCVMFTNC MQKFTQSMKL DGELGGQTLE HSTVLGLPAG AEERARKEL ARKHLAEHAD TVQLVSGFEA TINKFDKNFS AHLLDLLARL SIYSTSDCEH GMASVISRLD FNGFYTERLE RLSAERSQKA TPQVPVLRG PPAPAPRVAV TAQ

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 2

+
分子 #4: Gamma-tubulin complex component 3

分子名称: Gamma-tubulin complex component 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 103.710102 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MATPDQKSPN VLLQNLCCRI LGRSEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVAEKIKK ELIRQRREAD AALFSELHRK LHSQGVLKN KWSILYLLLS LSEDPRRQPS KVSSYATLFA QALPRDAHST PYYYARPQTL PLSYQDRSAQ SAQSSGSVGS S GISSIGLC ...文字列:
MATPDQKSPN VLLQNLCCRI LGRSEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVAEKIKK ELIRQRREAD AALFSELHRK LHSQGVLKN KWSILYLLLS LSEDPRRQPS KVSSYATLFA QALPRDAHST PYYYARPQTL PLSYQDRSAQ SAQSSGSVGS S GISSIGLC ALSGPAPAPQ SLLPGQSNQA PGVGDCLRQQ LGSRLAWTLT ANQPSSQATT SKGVPSAVSR NMTRSRREGD TG GTMEITE AALVRDILYV FQGIDGKNIK MNNTENCYKV EGKANLSRSL RDTAVRLSEL GWLHNKIRRY TDQRSLDRSF GLV GQSFCA ALHQELREYY RLLSVLHSQL QLEDDQGVNL GLESSLTLRR LLVWTYDPKI RLKTLAALVD HCQGRKGGEL ASAV HAYTK TGDPYMRSLV QHILSLVSHP VLSFLYRWIY DGELEDTYHE FFVASDPTVK TDRLWHDKYT LRKSMIPSFM TMDQS RKVL LIGKSINFLH QVCHDQTPTT KMIAVTKSAE SPQDAADLFT DLENAFQGKI DAAYFETSKY LLDVLNKKYS LLDHMQ AMR RYLLLGQGDF IRHLMDLLKP ELVRPATTLY QHNLTGILET AVRATNAQFD SPEILRRLDV RLLEVSPGDT GWDVFSL DY HVDGPIATVF TRECMSHYLR VFNFLWRAKR MEYILTDIRK GHMCNAKLLR NMPEFSGVLH QCHILASEMV HFIHQMQY Y ITFEVLECSW DELWNKVQQA QDLDHIIAAH EVFLDTIISR CLLDSDSRAL LNQLRAVFDQ IIELQNAQDA IYRAALEEL QRRLQFEEKK KQREIEGQWG VTAAEEEEEN KRIGEFKESI PKMCSQLRIL THFYQGIVQQ FLVLLTTSSD ESLRFLSFRL DFNEHYKAR EPRLRVSLGT RGRRSSHT

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 3

+
分子 #5: CM1

分子名称: CM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.765963 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH GSDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDGI RIQADQTPE DLDMEDNDII EAHREQIGGA WSHPQFEKSA TVSPTRARNM KDFENQITEL KKENFNLKLR IYFLEERMQQ E FHGDDEAA ...文字列:
MGSSHHHHHH GSDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDGI RIQADQTPE DLDMEDNDII EAHREQIGGA WSHPQFEKSA TVSPTRARNM KDFENQITEL KKENFNLKLR IYFLEERMQQ E FHGDDEAA ELMQQVNVLK LTVEDLEKER DFYFGKLRNI ELICQENEGE NDPVLQRIVD ILYATDEGFV I

+
分子 #6: Gamma-tubulin complex component 4

分子名称: Gamma-tubulin complex component 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.179969 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRSGLQVSQD FPFLHPSETS VLNRLCRLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQD HHPSQQGQGG LHGIYLRAF CTGLDSVLQP YRQALLDLEQ EFLGDPHLSI SHVNYFLDQF QLLFPSVMVV VEQIKSQKIH GCQILETVYK H SCGGLPPV ...文字列:
MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRSGLQVSQD FPFLHPSETS VLNRLCRLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQD HHPSQQGQGG LHGIYLRAF CTGLDSVLQP YRQALLDLEQ EFLGDPHLSI SHVNYFLDQF QLLFPSVMVV VEQIKSQKIH GCQILETVYK H SCGGLPPV RSALEKILAV CHGVMYKQLS AWMLHGLLLD QHEEFFIKQG PSSGNVSAQP EEDEEDLGIG GLTGKQLREL QD LRLIEEE NMLAPSLKQF SLRVEILPSY IPVRVAEKIL FVGESVQMFE NQNVNLTRKG SILKNQEDTF AAELHRLKQQ PLF SLVDFE QVVDRIRSTV AEHLWKLMVE ESDLLGQLKI IKDFYLLGRG ELFQAFIDTA QHMLKTPPTA VTEHDVNVAF QQSA HKVLL DDDNLLPLLH LTIEYHGKEH KADATQAREG PSRETSPREA PASGWAALGL SYKVQWPLHI LFTPAVLEKY NVVFK YLLS VRRVQAELQH CWALQMQRKH LKSNQTDAIK WRLRNHMAFL VDNLQYYLQV DVLESQFSQL LHQINSTRDF ESIRLA HDH FLSNLLAQSF ILLKPVFHCL NEILDLCHSF CSLVSQNLGP LDERGAAQLS ILVKGFSRQS SLLFKILSSV RNHQINS DL AQLLLRLDYN KYYTQAGGTL GSFGM

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 4

+
分子 #7: Gamma-tubulin complex component 5

分子名称: Gamma-tubulin complex component 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 118.467547 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MARHGPPWSR LDAQQERDVR ELVRGVAGLQ DEADPNFQLA LNFAWSNFRF HRFLDVNSHK IEKTIEGIYE KFVIHSDLSK AASWKRLTE EFLNAPLPSI KEIKTDAHYS ILSLLLCLSD SPSNSSYVET PRNKEVEKKD DFDWGKYLME DEEMDIGPYM D TPNWSEES ...文字列:
MARHGPPWSR LDAQQERDVR ELVRGVAGLQ DEADPNFQLA LNFAWSNFRF HRFLDVNSHK IEKTIEGIYE KFVIHSDLSK AASWKRLTE EFLNAPLPSI KEIKTDAHYS ILSLLLCLSD SPSNSSYVET PRNKEVEKKD DFDWGKYLME DEEMDIGPYM D TPNWSEES EEENDQQPLS REDSGIQVDR TPLEEQDQNR KLDPCISWKD EPDDRSWLEH HVVHQYWTAR PSQFPHSLHL HS NLAAVWD QHLYSSDPLY VPDDRVLVTE TQVIRETLWL LSGVKKLFIF QLIDGKVTVR NNIIVTHLTH SCLRSVLEQI AAY GQVVFR LQEFIDEVMG HSSESMLPGS GSVPKKSTEA PFRTYQAFMW ALYKYFISFK EELAEIEKCI INNDTTITLA IVVD KLAPR LSQLKVLHKV FSTGVAEVPP DTRNVVRASH LLNTLYKAIL EYDNVGEASE QTVSLLFSLW VETVRPYLQT VDEWI VHGH LWDGAREFII QRNKNVPVNH RDFWYATYTL YSVSEKTENE EKMSDNASAS SGSDQGPSSR QHTMVSFLKP VLKQII MAG KSMQLLKNLQ CAESTTCQAG ARDAERKSLY TLFLESVQSR LRHGEDSTPQ VLTEQQATKE NLMKMQSIAE SHLELDD VH DPLLAINFAR MYLEQSDFHE KFAGGDVCVD RSSESVTCQT FELTLRSCLY PHIDKQYLDC CGNLMQTLKK DYRLVEYL Q AMRNFFLMEG GDTMYDFYTS IFDKIREKET WQNVSFLNVQ LQEAVGQRYP EDSSRLSISF ENVDTAKKKL PVHILDGLT LSYKVPWPVD IVISLECQKI YNQVFLLLLQ IKWAKYSLDV LLFGELVSTA EKPRLKEGLI HEQDTVAQFG PQKEPVRQQI HRMFLLRVK LMHFVNSLHN YIMTRILHST GLEFQHQVEE AKDLDQLIKI HYRYLSTIHD RCLLREKVSF VKEAIMKVLN L ALMFADGW QAGLGTWRME SIEKMESDFK NCHMFLVTIL NKAVCRGSFP HLESLALSLM AGMEQS

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 5

+
分子 #8: Gamma-tubulin complex component 6

分子名称: Gamma-tubulin complex component 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200.733641 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASITQLFDD LCEALLPAAK THLGQRSVNR KRAKRSLKKV AYNALFTNLF QDETQQLQPD MSKLPARNKI LMLSFDLRVG GLGPKADRL EELVEELEAA PCCPLLEVGS VLDLLVQLAG SGPPQVLPRK RDYFLNNKHV GRNVPYSGYD CDDLSVFEMD V QSLISREE ...文字列:
MASITQLFDD LCEALLPAAK THLGQRSVNR KRAKRSLKKV AYNALFTNLF QDETQQLQPD MSKLPARNKI LMLSFDLRVG GLGPKADRL EELVEELEAA PCCPLLEVGS VLDLLVQLAG SGPPQVLPRK RDYFLNNKHV GRNVPYSGYD CDDLSVFEMD V QSLISREE CLCHSMIQET LQVMEAAPGT GLPTVGLFSF GDPCGDRFER DTRVSLFGAL VHSRTYDMDV RLGLPPVPDN AD LSGLAIK VPPSVDQWED EGFQSASNLT PDSQSEPSVT PDVDLWEAAL TYEASKRRCW ERVGCPPGHR EEPYLTEAGR DAF DKFCRL HQGELQLLAG GVLQAPQPVL VKECELVKDV LNVLIGVVSA TFSLCQPAQA FVVKRGVHVS GASPESISSL LSEV AEYGT CYTRLSHFSL QPVLDSLYSK GLVFQAFTSG LRRYLQYYRA CVLSTPPTLS LLTIGFLFKK LGRQLRYLAE LCGVG AVLP GTCGGGPRAA FPTGVKLLSY LYQEALHNCS NEHYPVLLSL LKTSCEPYTR FIHDWVYSGV FRDAYGEFMI QVNHEY LSF RDKLYWTHGY VLISKEVEDC VPVFLKHIAH DIYVCGKTIN LLKLCCPRHY LCWSDVPVPR ISVIFSLEEL KEIEKDC AV YVGRMERVAR HSSVSKEEKE LRMEIAKQEL IAHAREAASR VLSALSDRQM SERMALDARK REQFQRLKEQ FVKDQERR Q AARQEELDDD FSYARELRDR ERRLKSLEEE LERKARQALV DHYSKLSAEA ARREQKALWR IQRHRLESAR LRFLLEDEK HIQEMLKAVS EAHQPQEPPD VLLSVHPQVT SPGPEHPEGG QGCDSGSAEQ HSPAWDGWNR PGLLTPQPLK PLAVGAGGRG LQQAEGARP FSDSLSIGDF LPVGPGAEPS VQTGMVPLLE VALQTINLDL PPSAPGEAPA AASTQPSRPQ EYDFSTVLRP A VATSPAPG PLQAAECSLG SSGLQLWEDS CGKMDACGSA SRETLLPSHP PRRAALEEGS SQPTERLFGQ VSGGGLPTGD YA SEIAPTR PRWNTHGHVS DASIRVGENV SDVAPTQPRW NTHGHVSNAS ISLGESVSDV APTRPRWNIH GHVSNASIRV GEN VSDVAP TRPRWNTHGH VSNASIRVGE NVSDVAPTRP RWNTHGHVSD ASISLGESVS DMAPARPRWN THGHVSDASI SLGE SVSDM APTRPRWNTH GHVSDTSIRV GENVSDVAPI RSRCNTHGHV SDASISLGEP VSDVVSTRPR WNTHVPIPPP HMVLG ALSP EAEPNTPRPQ QSPPGHTSQS ALSLGAQSTV LDCGPRLPVE VGPSLSSPSS GCGEGSISVG ENVSDVAPTQ PWWPNT PGD SVSEELGPGR SGDTEDLSPN WPLNSQEDTA AQSSPGRGEE AEASAAEAQG GEQAYLAGLA GQYHLERYPD SYESMSE PP IAHLLRPVLP RAFAFPVDPQ VQSAADETAV QLSELLTLPV LMKRSITAPL AAHISLVNKA AVDYFFVELH LEAHYEAL R HFLLMEDGEF AQSLSDLLFE KLGAGQTPGE LLNPLVLNSV LSKALQCSLH GDTPHASNLS LALKYLPEVF APNAPDVLS CLELRYKVDW PLNIVITEGC VSKYSGVFSF LLQLKLMMWA LKDVCFHLKR TALLSHMAGS VQFRQLQLFK HEMQHFVKVI QGYIANQIL HVTWCEFRAR LATVGDLEEI QRAHAEYLHK AVFRGLLTEK AAPVMNVIHS IFSLVLKFRS QLISQAWGPP G GPRGAEHP NFALMQQSYN TFKYYSHFLF KVVTKLVNRG YQPHLEDFLL RINFNNYYQD A

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 6

+
分子 #9: Mitotic-spindle organizing protein 1

分子名称: Mitotic-spindle organizing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.485724 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASSSGAGAA AAAAAANLNA VRETMDVLLE ISRILNTGLD METLSICVRL CEQGINPEAL SSVIKELRKA TEALKAAENM TS

UniProtKB: Mitotic-spindle organizing protein 1

+
分子 #10: Mitotic-spindle organizing protein 2A

分子名称: Mitotic-spindle organizing protein 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.240576 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MAAQGVGPGP GSAAPPGLEA ARQKLALRRK KVLSTEEMEL YELAQAAGGG IDPDVFKILV DLLKLNVAPL AVFQMLKSMC AGQRLASEP QDPAAVSLPT SSVPETRGRD KGSAALGGVL ALAERSNHEG SSQRMPRQPS ATRLPKGGGP GKSPTQGST

UniProtKB: Mitotic-spindle organizing protein 2A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 10.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 94094 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 55.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4399521
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 579078
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 4.0+), RELION (ver. 4.0))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7as4

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6x0v

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8rx1:
CryoEM structure of the gTuRC-CM1dim complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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