EMDB-19555: cryo-tomogram of FIB-milled meiotic yeast cell containing filamen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-19555

タイトル

cryo-tomogram of FIB-milled meiotic yeast cell containing filaments in the cytoplasm

マップデータ

試料

細胞: cryo FIB-milled meiotic yeast cells

キーワード

metabolic enzyme / filament / cryoET / CYTOSOLIC PROTEIN / cytoplasm

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Hugener J / Xu J / Wettstein R / Ioannidi L / Velikov D / Wollweber F / Henggeler A / Matos J / Pilhofer M

資金援助

スイス, European Union, 2件

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2024
タイトル: FilamentID reveals the composition and function of metabolic enzyme polymers during gametogenesis
著者: Hugener J / Xu J / Wettstein R / Ioannidi L / Velikov D / Wollweber F / Henggeler A / Matos J / Pilhofer M

履歴

登録	2024年2月5日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年6月26日	-
マップ公開	2024年6月26日	-
更新	2024年6月26日	-
現状	2024年6月26日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_19555.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_19555.map.gz	653.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-19555-v30.xml emd-19555.xml	8.4 KB 8.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_19555.png	211.7 KB
Filedesc metadata	emd-19555.cif.gz	3.8 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19555 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19555	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_19555_validation.pdf.gz	513.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_19555_full_validation.pdf.gz	512.8 KB	表示
XML形式データ	emd_19555_validation.xml.gz	5.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_19555_validation.cif.gz	5.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19555 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19555	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	19548C 19549C 19550C 19551C 19552C 19553C 19554C 19556C 19557C 19558C 8rwjC 8rwkC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_19555.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 706.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	17.36 Å/pix. x 208 pix. = 3610.88 Å	17.36 Å/pix. x 928 pix. = 16110.08 Å	17.36 Å/pix. x 960 pix. = 16665.602 Å
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 17.36 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

最小 - 最大	-244.609440000000006 - 264.689450000000022
平均 (標準偏差)	-0.000000000723376 (±20.259170000000001)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : cryo FIB-milled meiotic yeast cells

全体	名称: cryo FIB-milled meiotic yeast cells
要素	細胞: cryo FIB-milled meiotic yeast cells

-
超分子 #1: cryo FIB-milled meiotic yeast cells

超分子	名称: cryo FIB-milled meiotic yeast cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: SK1

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成	集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 1500 / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 / 集束イオンビーム - 最終厚さ: 150 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam 550. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.96 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終再構成	使用した粒子像数: 61

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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