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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | cryoEM structure of purified Acs1 filament from meiotic yeast cells | |||||||||
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![]() | metabolic enzyme / filament / cryoEM / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Hugener J / Xu J / Wettstein R / Ioannidi L / Velikov D / Wollweber F / Henggeler A / Matos J / Pilhofer M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: FilamentID reveals the composition and function of metabolic enzyme polymers during gametogenesis. 著者: Jannik Hugener / Jingwei Xu / Rahel Wettstein / Lydia Ioannidi / Daniel Velikov / Florian Wollweber / Adrian Henggeler / Joao Matos / Martin Pilhofer / ![]() ![]() 要旨: Gamete formation and subsequent offspring development often involve extended phases of suspended cellular development or even dormancy. How cells adapt to recover and resume growth remains poorly ...Gamete formation and subsequent offspring development often involve extended phases of suspended cellular development or even dormancy. How cells adapt to recover and resume growth remains poorly understood. Here, we visualized budding yeast cells undergoing meiosis by cryo-electron tomography (cryoET) and discovered elaborate filamentous assemblies decorating the nucleus, cytoplasm, and mitochondria. To determine filament composition, we developed a "filament identification" (FilamentID) workflow that combines multiscale cryoET/cryo-electron microscopy (cryoEM) analyses of partially lysed cells or organelles. FilamentID identified the mitochondrial filaments as being composed of the conserved aldehyde dehydrogenase Ald4 and the nucleoplasmic/cytoplasmic filaments as consisting of acetyl-coenzyme A (CoA) synthetase Acs1. Structural characterization further revealed the mechanism underlying polymerization and enabled us to genetically perturb filament formation. Acs1 polymerization facilitates the recovery of chronologically aged spores and, more generally, the cell cycle re-entry of starved cells. FilamentID is broadly applicable to characterize filaments of unknown identity in diverse cellular contexts. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 49.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 42.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 52.7 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19550_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19550_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Purified Acetyl-CoA synthetase 1 filament from meiotic yeast cells
全体 | 名称: Purified Acetyl-CoA synthetase 1 filament from meiotic yeast cells |
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要素 |
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-超分子 #1: Purified Acetyl-CoA synthetase 1 filament from meiotic yeast cells
超分子 | 名称: Purified Acetyl-CoA synthetase 1 filament from meiotic yeast cells タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Acetyl-CoA synthetase 1 from yeast SK1 strain
分子 | 名称: Acetyl-CoA synthetase 1 from yeast SK1 strain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSPSAVQSSK LEEQSSEID K LKAKMSQS AS TAQQKKE HEY EHLTSV KIVP QRPIS DRLQP AIAT HYSPHL DGL QDYQRLH KE SIEDPAKF F GSKATQFLN WSKPFDKVFI PDSKTGRPS F QNNAWFLN GQ LNACYNC VDR HALKTP NKKA IIFEG ...文字列: MSPSAVQSSK LEEQSSEID K LKAKMSQS AS TAQQKKE HEY EHLTSV KIVP QRPIS DRLQP AIAT HYSPHL DGL QDYQRLH KE SIEDPAKF F GSKATQFLN WSKPFDKVFI PDSKTGRPS F QNNAWFLN GQ LNACYNC VDR HALKTP NKKA IIFEG DEPGQ GYSI TYKELL EEV CQVAQVL TY SMGVRKGD T VAVYMPMVP EAIITLLAIS RIGAIHSVV F AGFSSNSL RD RINDGDS KVV ITTDES NRGG KVIET KRIVD DALR ETPGVR HVL VYRKTNN PS VAFHAPRD L DWATEKKKY KTYYPCTPVD SEDPLFLLY T SGSTGAPK GV QHSTAGY LLG ALLTMR YTFD THQED VFFTA GDIG WITGHT YVV YGPLLYG CA TLVFEGTP A YPNYSRYWD IIDEHKVTQF YVAPTALRL L KRAGDSYI EN HSLKSLR CLG SVGEPI AAEV WEWYS EKIGK NEIP IVDTYW QTE SGSHLVT PL AGGVTPMK P GSASFPFFG IDAVVLDPNT GEELNTSHA E GVLAVKAA WP SFARTIW KNH DRYLDT YLNP YPGYY FTGDG AAKD KDGYIW ILG RVDDVVN VS GHRLSTAE I EAAIIEDPI VAECAVVGFN DDLTGQAVA A FVVLKNKS NW STATDDE LQD IKKHLV FTVR KDIGP FAAPK LIIL VDDLPK TRS GKIMRRI LR KILAGESD Q LGDVSTLSN PGIVRHLIDS VKL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: the initial model is determined from cryoEM structure of Acs1 determined by filamentID (D_1292136168) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 7310 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |