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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | IFTA1 in retrograde Intraflagellar transport trains | |||||||||
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![]() | Cilia / IFT / train / retrograde / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.6 Å | |||||||||
![]() | Lacey SE / Pigino G | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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![]() | ![]() タイトル: Retrograde intraflagellar transport trains are a unique polymeric arrangement of IFT complexes 著者: Lacey SE / Graziadei A / Pigino G | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 25.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 10.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 68.5 KB 7.9 MB 7.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 799.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 798.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The main map after Locspiral filtering and masking....
ファイル | emd_19516_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The main map after Locspiral filtering and masking. This was then used for composite map generation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19516_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19516_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : In situ retrograde intraflagellar transport trains in dhc1b-3 mut...
全体 | 名称: In situ retrograde intraflagellar transport trains in dhc1b-3 mutant Chlamydomonas reinhardtii cilia |
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要素 |
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-超分子 #1: In situ retrograde intraflagellar transport trains in dhc1b-3 mut...
超分子 | 名称: In situ retrograde intraflagellar transport trains in dhc1b-3 mutant Chlamydomonas reinhardtii cilia タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Temperature sensitive cells incubated at restrictive temperature (34 degrees C) for 10 hours and plunge frozen on grids. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: dhc1b-3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 2.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用したサブトモグラム数: 5896 |
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抽出 | トモグラム数: 756 / 使用した粒子像数: 10455 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |