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万見
- EMDB-1924: Ribosome Assembly Factors Prevent Premature Translation Initiatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1924
タイトルRibosome Assembly Factors Prevent Premature Translation Initiation by 40S Assembly Intermediates
マップデータSurface rendered Ltv1 deletion map
試料
  • 試料: S. cerevisiae pre-40S ribosomal particle with Ltv1 deletion
  • 複合体: pre-40S
キーワードpre-40S / 40S intermediate / Ltv1 deletion
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Strunk BS / Loucks CR / Su M / Vashisth H / Cheng S / Schilling J / BrooksIII CL / Karbstein K / Skiniotis G
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Ribosome assembly factors prevent premature translation initiation by 40S assembly intermediates.
著者: Bethany S Strunk / Cherisse R Loucks / Min Su / Harish Vashisth / Shanshan Cheng / Justin Schilling / Charles L Brooks / Katrin Karbstein / Georgios Skiniotis /
要旨: Ribosome assembly in eukaryotes requires approximately 200 essential assembly factors (AFs) and occurs through ordered events that initiate in the nucleolus and culminate in the cytoplasm. Here, we ...Ribosome assembly in eukaryotes requires approximately 200 essential assembly factors (AFs) and occurs through ordered events that initiate in the nucleolus and culminate in the cytoplasm. Here, we present the electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of a late cytoplasmic 40S ribosome assembly intermediate from Saccharomyces cerevisiae at 18 angstrom resolution. We obtained cryo-EM reconstructions of preribosomal complexes lacking individual components to define the positions of all seven AFs bound to this intermediate. These late-binding AFs are positioned to prevent each step in the translation initiation pathway. Together, they obstruct the binding sites for initiation factors, prevent the opening of the messenger RNA channel, block 60S subunit joining, and disrupt the decoding site. These redundant mechanisms probably ensure that pre-40S particles do not enter the translation pathway, which would result in their rapid degradation.
履歴
登録2011年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年11月4日-
マップ公開2011年11月4日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1924.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Surface rendered Ltv1 deletion map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.24 Å/pix.
x 160 pix.
= 358.4 Å		2.24 Å/pix.
x 160 pix.
= 358.4 Å		2.24 Å/pix.
x 160 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-2.1019 - 3.94117
平均 (標準偏差)0.0028384 (±0.359594)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.242.242.24
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-2.1023.9410.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae pre-40S ribosomal particle with Ltv1 deletion

全体名称: S. cerevisiae pre-40S ribosomal particle with Ltv1 deletion
要素
  • 試料: S. cerevisiae pre-40S ribosomal particle with Ltv1 deletion
  • 複合体: pre-40S

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超分子 #1000: S. cerevisiae pre-40S ribosomal particle with Ltv1 deletion

超分子名称: S. cerevisiae pre-40S ribosomal particle with Ltv1 deletion
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Monodisperse / Number unique components: 1
分子量理論値: 1.4 MDa

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超分子 #1: pre-40S

超分子名称: pre-40S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: pre-40S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Bakers' yeast
分子量理論値: 1.4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50mM Tris-Cl, 100mM NaCl, 10mM MgCl2, 0.075% NP40, 1mM imidazole, 2mM EGTA, 10 mM BME
グリッド詳細: Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 85 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 89 K / 最高: 89 K / 平均: 89 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.24 µm / 実像数: 350 / 平均電子線量: 16 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 66964 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Manual particle selection
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 詳細: Final map was filtered to 20A resolution / 使用した粒子像数: 10235
最終 角度割当詳細: EMAN convention

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3o2z
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: NAMD
詳細Protocol: MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: CC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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