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万見
- EMDB-19204: Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19204
タイトルStructure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Rho-bound Sec61
マップデータ
試料
  • 複合体: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derived from rhodopsin), and bound to the Sec61 translocon
キーワードRibosome / Membrane / Translocon
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67961 Å
データ登録者Lewis AJO / Hegde RS
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A022_1007 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of the dynamic ribosome-translocon complex.
著者: Aaron J O Lewis / Frank Zhong / Robert J Keenan / Ramanujan S Hegde /
要旨: The protein translocon at the endoplasmic reticulum comprises the Sec61 translocation channel and numerous accessory factors that collectively facilitate the biogenesis of secretory and membrane ...The protein translocon at the endoplasmic reticulum comprises the Sec61 translocation channel and numerous accessory factors that collectively facilitate the biogenesis of secretory and membrane proteins. Here, we leveraged recent advances in cryo-electron microscopy (cryo-EM) and structure prediction to derive insights into several novel configurations of the ribosome-translocon complex. We show how a transmembrane domain (TMD) in a looped configuration passes through the Sec61 lateral gate during membrane insertion; how a nascent chain can bind and constrain the conformation of ribosomal protein uL22; and how the translocon-associated protein (TRAP) complex can adjust its position during different stages of protein biogenesis. Most unexpectedly, we find that a large proportion of translocon complexes contains RAMP4 intercalated into Sec61's lateral gate, widening Sec61's central pore and contributing to its hydrophilic interior. These structures lead to mechanistic hypotheses for translocon function and highlight a remarkably plastic machinery whose conformations and composition adjust dynamically to its diverse range of substrates.
履歴
登録2023年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19204.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 420 pix.
= 562.716 Å		1.34 Å/pix.
x 420 pix.
= 562.716 Å		1.34 Å/pix.
x 420 pix.
= 562.716 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3398 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0231
最小 - 最大-0.07751635 - 0.25930557
平均 (標準偏差)0.00051175954 (±0.006776996)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 562.716 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19204_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19204_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derive...

全体名称: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derived from rhodopsin), and bound to the Sec61 translocon
要素
  • 複合体: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derived from rhodopsin), and bound to the Sec61 translocon

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超分子 #1: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derive...

超分子名称: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derived from rhodopsin), and bound to the Sec61 translocon
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Sample prepared by in vitro translation
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES-KOH buffer, pH 7.5
200.0 mMpotassium acetateKOAc
5.0 mMmagnesium acetateMg(OAc)2
0.25 % (w/w)digitonin
50.0 mMbiotin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17540 / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67961 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142538
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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