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万見
- EMDB-1910: Dimeric Homodimer of FtsZ1 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1910
タイトルDimeric Homodimer of FtsZ1 from Arabidopsis thaliana
マップデータThis is a homodimer of FtsZ1 monomers from Arabidopsis thaliana.
試料
  • 試料: Arabidopsis FtsZ1 homodimer
  • タンパク質・ペプチド: GTPase
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Smith AG / Johnson CB / Vitha S / Holzenburg A
引用ジャーナル: Arch Biochem Biophys / 年: 2011
タイトル: Oligomerization of plant FtsZ1 and FtsZ2 plastid division proteins.
著者: Aaron G Smith / Carol B Johnson / Stanislav Vitha / Andreas Holzenburg /
要旨: FtsZ was identified in bacteria as the first protein to localize mid-cell prior to division and homologs have been found in many plant species. Bacterial studies demonstrated that FtsZ forms a ring ...FtsZ was identified in bacteria as the first protein to localize mid-cell prior to division and homologs have been found in many plant species. Bacterial studies demonstrated that FtsZ forms a ring structure that is dynamically exchanged with a soluble pool of FtsZ. Our previous work established that Arabidopsis FtsZ1 and FtsZ2-1 are capable of in vitro self-assembly into two distinct filament types, termed type-I and type-II and noted the presence of filament precursor molecules which prompted this investigation. Using a combination of electron microscopy, gel chromatography and native PAGE revealed that (i) prior to FtsZ assembly initiation the pool consists solely of dimers and (ii) during assembly of the Arabidopsis FtsZ type-II filaments the most common intermediate between the dimer and filament state is a tetramer. Three-dimensional reconstructions of the observed dimer and tetramer suggest these oligomeric forms may represent consecutive steps in type-II filament assembly and a mechanism is proposed, which is expanded to include FtsZ assembly into type-I filaments. Finally, the results permit a discussion of the oligomeric nature of the soluble pool in plants.
履歴
登録2011年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1910.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1910.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 179.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a homodimer of FtsZ1 monomers from Arabidopsis thaliana.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.07 / ムービー #1: 1.07
最小 - 最大-0.47544459 - 1.35954654
平均 (標準偏差)0.0 (±0.24924706)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-18-18-18
サイズ363636
Spacing363636
セルA=B=C: 183.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.15.15.1
M x/y/z363636
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z183.600183.600183.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-18-18-18
NC/NR/NS363636
D min/max/mean-0.4751.360-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Arabidopsis FtsZ1 homodimer

全体名称: Arabidopsis FtsZ1 homodimer
要素
  • 試料: Arabidopsis FtsZ1 homodimer
  • タンパク質・ペプチド: GTPase

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超分子 #1000: Arabidopsis FtsZ1 homodimer

超分子名称: Arabidopsis FtsZ1 homodimer / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Homodimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 85 KDa / 理論値: 85 KDa / 手法: Gel chromatography

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分子 #1: GTPase

分子名称: GTPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GTPase / 集合状態: Homodimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 別称: Thale Cress / Organelle: Chloroplast
分子量実験値: 85 KDa / 理論値: 85 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 組換プラスミド: pPICZ

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, 1 mM EGTA, 5 mM MgAc, 2 mM GTP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Negative staining using 2% w/v uranyl acetate, protein was adsorbed for 10-20 sec
グリッド詳細: 400 mesh copper
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EX
アライメント法Legacy - 非点収差: Was corrected at 100kx
日付2010年9月21日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: SIA 15C (3k x 3k) / 実像数: 15 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 48500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Standard / 試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

詳細Autoboxing
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 12000
最終 2次元分類クラス数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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