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- EMDB-19015: Local refinement of the PDCoV spike glycoprotein ectodomain in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19015
タイトルLocal refinement of the PDCoV spike glycoprotein ectodomain in complex with the 22C10 antibody Fab fragment
マップデータ
試料
  • 複合体: Local refinement of the PDCoV spike glycoprotein ectodomain in complex with the 22C10 antibody Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: PDCoV spike glycoprotein S1A domain
    • タンパク質・ペプチド: 22C10 antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 22C10 antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSpike / coronavirus / antibody / complex / VIRAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Debski-Antoniak O / Hurdiss DL
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Innovative Medicines InitiativeLSHM19136 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Neutralizing antibodies reveal cryptic vulnerabilities and interdomain crosstalk in the porcine deltacoronavirus spike protein.
著者: Wenjuan Du / Oliver Debski-Antoniak / Dubravka Drabek / Rien van Haperen / Melissa van Dortmondt / Joline van der Lee / Ieva Drulyte / Frank J M van Kuppeveld / Frank Grosveld / Daniel L ...著者: Wenjuan Du / Oliver Debski-Antoniak / Dubravka Drabek / Rien van Haperen / Melissa van Dortmondt / Joline van der Lee / Ieva Drulyte / Frank J M van Kuppeveld / Frank Grosveld / Daniel L Hurdiss / Berend-Jan Bosch /
要旨: Porcine deltacoronavirus (PDCoV) is an emerging enteric pathogen that has recently been detected in humans. Despite this zoonotic concern, the antigenic structure of PDCoV remains unknown. The virus ...Porcine deltacoronavirus (PDCoV) is an emerging enteric pathogen that has recently been detected in humans. Despite this zoonotic concern, the antigenic structure of PDCoV remains unknown. The virus relies on its spike (S) protein for cell entry, making it a prime target for neutralizing antibodies. Here, we generate and characterize a set of neutralizing antibodies targeting the S protein, shedding light on PDCoV S interdomain crosstalk and its vulnerable sites. Among the four identified antibodies, one targets the S1A domain, causing local and long-range conformational changes, resulting in partial exposure of the S1B domain. The other antibodies bind the S1B domain, disrupting binding to aminopeptidase N (APN), the entry receptor for PDCoV. Notably, the epitopes of these S1B-targeting antibodies are concealed in the prefusion S trimer conformation, highlighting the necessity for conformational changes for effective antibody binding. The binding footprint of one S1B binder entirely overlaps with APN-interacting residues and thus targets a highly conserved epitope. These findings provide structural insights into the humoral immune response against the PDCoV S protein, potentially guiding vaccine and therapeutic development for this zoonotic pathogen.
履歴
登録2023年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19015.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19015.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 360 pix.
= 367.92 Å		1.02 Å/pix.
x 360 pix.
= 367.92 Å		1.02 Å/pix.
x 360 pix.
= 367.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.022 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.231
最小 - 最大-0.30283946 - 0.7379021
平均 (標準偏差)-0.00042068728 (±0.014717739)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 367.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19015_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19015_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19015_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Local refinement of the PDCoV spike glycoprotein ectodomain in co...

全体名称: Local refinement of the PDCoV spike glycoprotein ectodomain in complex with the 22C10 antibody Fab fragment
要素
  • 複合体: Local refinement of the PDCoV spike glycoprotein ectodomain in complex with the 22C10 antibody Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: PDCoV spike glycoprotein S1A domain
    • タンパク質・ペプチド: 22C10 antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 22C10 antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Local refinement of the PDCoV spike glycoprotein ectodomain in co...

超分子名称: Local refinement of the PDCoV spike glycoprotein ectodomain in complex with the 22C10 antibody Fab fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78 KDa

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分子 #1: PDCoV spike glycoprotein S1A domain

分子名称: PDCoV spike glycoprotein S1A domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 119.212852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DDLLDLLTFP GAHRFLHKPT RNSSSLYSRA NNNFDVGVLP GYPTKNVNLF SPLTNSTLPI NGLHRSYQPL MLNCLTKITN HTLSMYLLP SEIQTYSCGG AMVKYQTHDA VRIILDLTAT DHISVEVVGQ HGENYVFVCS EQFNYTTALH NSTFFSLNSE L YCFTNNTY ...文字列:
DDLLDLLTFP GAHRFLHKPT RNSSSLYSRA NNNFDVGVLP GYPTKNVNLF SPLTNSTLPI NGLHRSYQPL MLNCLTKITN HTLSMYLLP SEIQTYSCGG AMVKYQTHDA VRIILDLTAT DHISVEVVGQ HGENYVFVCS EQFNYTTALH NSTFFSLNSE L YCFTNNTY LGILPPDLTD FTVYRTGQFY ANGYLLGTLP ITVNYVRLYR GHLSANSAHF ALANLTDTLI TLTNTTISQI TY CDKSVVD SIACQRSSHE VEDGFYSDPK SAVRARQRTI VTLPKLPELE VVQLNISAHM DFGEARLDSV TINGNTSYCV TKP YFRLET NFMCTGCTMN LRTDTCSFDL SAVNNGMSFS QFCLSTESGA CEMKIIVTYV WNYLLRQRLY VTAVEGQTHT GTTS VHATD TSSVITDVCT DYTIYGVSGT GIIKPSDLLL HNGIAFTSPT GELYAFKNIT TGKTLQVLPC ETPSQLIVIN NTVVG AITS SNSTENNRFT TTIVTPTFFY STNATTFNCT KPVLSYGPIS VCSDGAIVGT STLQNTRPSI VSLYDGEVEI PSAFSL SVQ TEYLQVQAEQ VIVDCPQYVC NGNSRCLQLL AQYTSACSNI EAALHSSAQL DSREIINMFQ TSTQSLQLAN ITNFKGD YN FSSILTTRIG GRSAIEDLLF NKVVTSGLGT VDQDYKSCSR DMAIADLVCS QYYNGIMVLP GVVDAEKMAM YTGSLTGA M VFGGLTAAAA IPFATAVQAR LNYVALQTNV LQENQKILAE SFNQAVGNIS LALSSVNDAI QQTSEALNTV AIAIKKIQT VVNQQGEALS HLTAQLSNNF QAISTSIQDI YNRLEEVEAN QQVDRLITGR LAALNAYVTQ LLNQMSQIRQ SRLLAQQKIN ECVKSQSPR YGFCGNGTHI FSLTQTAPNG IFFMHAVLVP NKFTRVNASA GICVDNTRGY SLQPQLILYQ FNNSWRVTPR N MYEPRLPR QADFIQLTDC SVTFYNTTAA NLPNIIPDII DVNQTVSDII DNLPTATPPQ WDVGIYNNTI LNLTVEINDL QE RSKNLSQ IADRLQNYID NLNNTLVDLE WLNRVETYLK WP

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分子 #2: 22C10 antibody heavy chain

分子名称: 22C10 antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.107698 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVRLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVSI ITDSGGGTYF ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTALYYCVKV GFCYSSTCPF DYWGQGTLVT VS

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分子 #3: 22C10 antibody light chain

分子名称: 22C10 antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.553769 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ELVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVS SDLAWYQQRP GRAPRLLIYD ASTRTTGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCH QYNNWLTFGQ GTRLEI

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 112743
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Non-uniform refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6bfu


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Initial fitting was done using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8r9x:
Local refinement of the PDCoV spike glycoprotein ectodomain in complex with the 22C10 antibody Fab fragment

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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