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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1860 | |||||||||
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タイトル | Visualising an RNA genome poised for release from its receptor complex. | |||||||||
マップデータ | This is a cryo-EM icosahedrally-averaged reconstruction of bacteriophage MS2 bound to an F-pilus with a 5-fold axis. | |||||||||
試料 |
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キーワード | MS2 / F-pili / virus-receptor complex | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Enterobacterio phage MS2 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Toropova K / Stockley PG / Ranson NA | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011 タイトル: Visualising a viral RNA genome poised for release from its receptor complex. 著者: Katerina Toropova / Peter G Stockley / Neil A Ranson / 要旨: We describe the cryo-electron microscopy structure of bacteriophage MS2 bound to its receptor, the bacterial F-pilus. The virus contacts the pilus at a capsid 5-fold vertex, thus locating the surface- ...We describe the cryo-electron microscopy structure of bacteriophage MS2 bound to its receptor, the bacterial F-pilus. The virus contacts the pilus at a capsid 5-fold vertex, thus locating the surface-accessible portion of the single copy of the pilin-binding maturation protein present in virions. This arrangement allows a 5-fold averaged map to be calculated, showing for the first time in any virus-receptor complex the nonuniform distribution of RNA within the capsid. Strikingly, at the vertex that contacts the pilus, a rod of density that may include contributions from both genome and maturation protein sits above a channel that goes through the capsid to the outside. This density is reminiscent of the DNA density observed in the exit channel of double-stranded DNA phages, suggesting that the RNA-maturation protein complex is poised to leave the capsid as the first step of the infection process. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1860.map.gz | 25.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1860-v30.xml emd-1860.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1860_1860_emdb.jpg | 116.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1860 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1860_validation.pdf.gz | 211.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1860_full_validation.pdf.gz | 210.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1860_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1860 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a cryo-EM icosahedrally-averaged reconstruction of bacteriophage MS2 bound to an F-pilus with a 5-fold axis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacteriophage MS2 in complex with F-pilus
全体 | 名称: Bacteriophage MS2 in complex with F-pilus |
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要素 |
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-超分子 #1000: Bacteriophage MS2 in complex with F-pilus
超分子 | 名称: Bacteriophage MS2 in complex with F-pilus / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One to one, icosahedral virus bound to filamentous pilus Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Enterobacterio phage MS2
超分子 | 名称: Enterobacterio phage MS2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: MS2 詳細: MS2 in complex with F-pilus, icosahedrally-averaged. NCBI-ID: 12022 / 生物種: Enterobacterio phage MS2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: MS2 |
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宿主 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 280 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-超分子 #2: F-PILUS
超分子 | 名称: F-PILUS / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / Name.synonym: F-PILUS / 集合状態: helical multimer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: BW22246 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.5 mM EDTA |
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グリッド | 詳細: Lacey carbon copper mesh grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 22 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: Double-sided custom pneumatic blotter 手法: 1.6s blot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 9.88 µm / 実像数: 252 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase flipping each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 2739 |
最終 2次元分類 | クラス数: 78 |