EMDB-18513: CRYO-EM CONSENSUS MAP OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-18513

タイトル

CRYO-EM CONSENSUS MAP OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 snoRNA overexpression

マップデータ

CRYO-EM CONSENSUS MAP OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 snoRNA overexpression

試料

複合体: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 snoRNA overexpression

キーワード

Leishmania major snoRNA Ribosome / RIBOSOME

生物種

Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Rajan KS / Yonath A / Bashan A

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 snoRNA overexpression
著者: Rajan KS / Yonath A / Bashan A

履歴

登録	2023年9月26日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年10月2日	-
マップ公開	2024年10月2日	-
更新	2024年10月2日	-
現状	2024年10月2日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_18513.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_18513.map.gz	335.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-18513-v30.xml emd-18513.xml	22.8 KB 22.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_18513_fsc.xml	17 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_18513.png	84.3 KB
Filedesc metadata	emd-18513.cif.gz	3.9 KB
その他	emd_18513_half_map_1.map.gz emd_18513_half_map_2.map.gz	338.7 MB 338.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18513 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18513	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_18513_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_18513_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_18513_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_18513_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18513 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18513	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18419C 18512C 8qhuC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_18513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

CRYO-EM CONSENSUS MAP OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 snoRNA overexpression

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.75 Å/pix. x 480 pix. = 358.56 Å	0.75 Å/pix. x 480 pix. = 358.56 Å	0.75 Å/pix. x 480 pix. = 358.56 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.747 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.005
最小 - 最大	-0.01144909 - 0.05156433
平均 (標準偏差)	0.0005189044 (±0.0034254764)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half map 1

ファイル

emd_18513_half_map_1.map

注釈

Half map 1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイル

emd_18513_half_map_2.map

注釈

Half map 2

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 sn...

全体	名称: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 snoRNA overexpression
要素	複合体: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 snoRNA overexpression

-
超分子 #1: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 sn...

超分子	名称: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 snoRNA overexpression タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#86 詳細: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : LM32Cs1C1 snoRNA overexpression
由来(天然)	生物種: Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.6
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm 最小デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 17216
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134493
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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