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- EMDB-18511: Mycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18511
タイトルMycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA and RbpA in State II
マップデータLoc-Scale filtered map
試料
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA and RbpA in State II
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: Helicase
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-binding protein RbpA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHelD / RNA polymerase / transcription initiation / Mycobacteria / TRANSCRIPTION / rifampicin resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...DNA helicase complex / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / hydrolase activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal ...: / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase-binding protein RbpA / Helicase / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Koval T / Krasny L / Dohnalek J / Kouba T
資金援助 チェコ, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech Republic23-06295S チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LM2023042 チェコ
Czech Academy of Sciences86652036 チェコ
Grant Agency of the Czech Republic23-06295S チェコ
European Union (EU)LX22NPO5103European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular insights into RNA polymerase recycling by mycobacterial HelD
著者: Koval T / Dohnalek L / Libor K / Kouba T
履歴
登録2023年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Loc-Scale filtered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 380 pix.
= 314.26 Å		0.83 Å/pix.
x 380 pix.
= 314.26 Å		0.83 Å/pix.
x 380 pix.
= 314.26 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.21529932 - 0.7252522
平均 (標準偏差)0.0028523328 (±0.024578119)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 314.26 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18511_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: RELION post-processed

ファイルemd_18511_additional_1.map
注釈RELION post-processed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_18511_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18511_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA...

全体名称: Mycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA and RbpA in State II
要素
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA and RbpA in State II
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: Helicase
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-binding protein RbpA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Mycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA...

超分子名称: Mycobacterium smegmatis RNA polymerase in complex with HelD, SigA and RbpA in State II
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 37.959441 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EETVAENRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDIILNL KGLVVSSDD DEPVTMYLRK QGPGVVTAGD IVPPAGVTVH NPDMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNKASGAEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLISQRPTLS EETVAENRSR FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTDIILNL KGLVVSSDD DEPVTMYLRK QGPGVVTAGD IVPPAGVTVH NPDMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNKASGAEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV EATRVEQRTD FDKLIIDVET KNSISPRDAL ASAGGTLVEL FGLARELNAD SEHIEIGPSP AE ADHIASF ALPIDDLDLT VRSYNCLKRE GVHTVGELVA RTESDLLDIR NFGQKSIDEV KIKLHQLGLS LKDSPATFDP SEV AGYDAA TGTWTSDAGY DLDDNQDYAE TEQL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 128.680141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLEGCILAVS SQSKSNAITN NSVPGAPNRV SFAKLREPLE VPGLLDVQTD SFEWLVGSDR WRQAAIDRGE ENPVGGLEEV LAELSPIED FSGSMSLSFS DPRFDEVKAS VDECKDKDMT YAAPLFVTAE FINNNTGEIK SQTVFMGDFP MMTEKGTFII N GTERVVVS ...文字列:
MLEGCILAVS SQSKSNAITN NSVPGAPNRV SFAKLREPLE VPGLLDVQTD SFEWLVGSDR WRQAAIDRGE ENPVGGLEEV LAELSPIED FSGSMSLSFS DPRFDEVKAS VDECKDKDMT YAAPLFVTAE FINNNTGEIK SQTVFMGDFP MMTEKGTFII N GTERVVVS QLVRSPGVYF DETIDKSTEK TLHSVKVIPG RGAWLEFDVD KRDTVGVRID RKRRQPVTVL LKALGWTNEQ IV ERFGFSE IMMGTLEKDT TSGTDEALLD IYRKLRPGEP PTKESAQTLL ENLFFKEKRY DLARVGRYKV NKKLGLNAGK PIT SSTLTE EDVVATIEYL VRLHEGQTSM TVPGGVEVPV EVDDIDHFGN RRLRTVGELI QNQIRVGLSR MERVVRERMT TQDV EAITP QTLINIRPVV AAIKEFFGTS QLSQFMDQNN PLSGLTHKRR LSALGPGGLS RERAGLEVRD VHPSHYGRMC PIETP EGPN IGLIGSLSVY ARVNPFGFIE TPYRKVENGV VTDQIDYLTA DEEDRHVVAQ ANSPTDENGR FTEDRVMVRK KGGEVE FVS ADQVDYMDVS PRQMVSVATA MIPFLEHDDA NRALMGANMQ RQAVPLVRSE APLVGTGMEL RAAIDAGDVV VADKTGV IE EVSADYITVM ADDGTRQSYR LRKFARSNHG TCANQRPIVD AGQRVEAGQV IADGPCTQNG EMALGKNLLV AIMPWEGH N YEDAIILSNR LVEEDVLTSI HIEEHEIDAR DTKLGAEEIT RDIPNVSDEV LADLDERGIV RIGAEVRDGD ILVGKVTPK GETELTPEER LLRAIFGEKA REVRDTSLKV PHGESGKVIG IRVFSREDDD ELPAGVNELV RVYVAQKRKI SDGDKLAGRH GNKGVIGKI LPVEDMPFLP DGTPVDIILN THGVPRRMNI GQILETHLGW VAKAGWNIDV AAGVPDWASK LPEELYSAPA D STVATPVF DGAQEGELAG LLGSTLPNRD GEVMVDADGK STLFDGRSGE PFPYPVTVGY MYILKLHHLV DDKIHARSTG PY SMITQQP LGGKAQFGGQ RFGEMECWAM QAYGAAYTLQ ELLTIKSDDT VGRVKVYEAI VKGENIPEPG IPESFKVLLK ELQ SLCLNV EVLSSDGAAI EMRDGDDEDL ERAAANLGIN LSRNESASVE DLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 146.712891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLDVNFFDEL RIGLATADDI RNWSYGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCEK IFGPTRDWEC YCGKYKRVRF KGIICERCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVTHIWYFKG VPSRLGYLLD LAPKDLEKII YFAAYVITSV DDEMRHNELS TLEAEMAVEK K AVEDQRDA ...文字列:
MLDVNFFDEL RIGLATADDI RNWSYGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCEK IFGPTRDWEC YCGKYKRVRF KGIICERCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVTHIWYFKG VPSRLGYLLD LAPKDLEKII YFAAYVITSV DDEMRHNELS TLEAEMAVEK K AVEDQRDA DLEARAQKLE ADLAELEAEG AKSDVRRKVR DSGEREMRQL RDRAQRELDR LDEIWNTFTK LAPKQLIVDE VL YRELQDR YGEYFTGAMG AESIKKLIEN FDIDAEAESL REVIRSGKGQ KKLRALKRLK VVAAFQQSGN SPMGMVLDAV PVI PPELRP MVQLDGGRFA TSDLNDLYRR VINRNNRLKR LIDLGAPEII VNNEKRMLQE SVDALFDNGR RGRPVTGPGN RPLK SLSDL LKGKQGRFRQ NLLGKRVDYS GRSVIVVGPQ LKLHQCGLPK LMALELFKPF VMKRLVDLNH AQNIKSAKRM VERQR PQVW DVLEEVIAEH PVLLNRAPTL HRLGIQAFEP QLVEGKAIQL HPLVCEAFNA DFDGDQMAVH LPLSAEAQAE ARILML SSN NILSPASGKP LAMPRLDMVT GLYYLTTLVE GATGEYQAAT KDAPEQGVYS SPAEAIMAMD RGALSVRAKI KVRLTEL RP PTDLEAQLFE NGWKPGDAWT AETTLGRVMF NELLPKSYPF VNEQMHKKVQ ARIINDLAER FPMIVVAQTV DKLKDAGF Y WATRSGVTVS MADVLVPPQK QEILERHEAE ADAIERKYQR GALNHTERNE SLVKIWQDAT EEVGKALEEF YPADNPIIT IVKSGATGNL TQTRTLAGMK GLVTNPKGEF IPRPIKSSFR EGLTVLEYFI NTHGARKGLA DTALRTADSG YLTRRLVDVS QDVIVREHD CETERGINVT LAERGPDGTL IRDAHVETSA FARTLATDAV DANGNVIIER GHDLGDPAID ALLAAGITTV K VRSVLTCT SATGVCAMCY GRSMATGKLV DIGEAVGIVA AQSIGEPGTQ LTMRTFHQGG VTGGADIVGG LPRVQELFEA RV PRNKAPI ADVAGRVRLE ESDKFFKITI VPDDGGEEVV YDKLSKRQRL RVITHEDGTE GVLSDGDHVE VGDQLMEGAA DPH EVLRVQ GPREVQIHLV KEVQEVYRAQ GVSIHDKHIE VIVRQMLRRV TIIDSGSTEF LPGSLTERAE FEAENRRVVA EGGE PAAGR PVLMGITKAS LATDSWLSAA SFQETTRVLT DAAINCRSDK LNGLKENVII GKLIPAGTGI SRYRNIQVQP TEEAR AAAY TIPSYEDQYY SPDFGQATGA AVPLDDYGYS DYR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.544763 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSTPHADAQL NAADDLGIDS SAASAYDTPL GITNPPIDEL LSRASSKYAL VIYAAKRARQ INDYYNQLGD GILEYVGPLV EPGLQEKPL SIALREIHGD LLEHTEGE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 51.573551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAATKASPAT EEPVKRTATK TPAKKAPAKR AAKSAAAKAG GKAPAKKAPA KRAAKGTAAK PEDGVTDDLE VTDDLEAEPG EDLDVEDTD LELDDLDSDD DTAVEDEEEE ADAATPAVAT AKAADDDIDE PSEKDKASGD FVWDEEESEA LRQARKDAEL T ASADSVRA ...文字列:
MAATKASPAT EEPVKRTATK TPAKKAPAKR AAKSAAAKAG GKAPAKKAPA KRAAKGTAAK PEDGVTDDLE VTDDLEAEPG EDLDVEDTD LELDDLDSDD DTAVEDEEEE ADAATPAVAT AKAADDDIDE PSEKDKASGD FVWDEEESEA LRQARKDAEL T ASADSVRA YLKQIGKVAL LNAEEEVELA KRIEAGLYAT QKLAELAEKG EKLPVQQRRD MQWICRDGDR AKNHLLEANL RL VVSLAKR YTGRGMAFLD LIQEGNLGLI RAVEKFDYTK GYKFSTYATW WIRQAITRAM ADQARTIRIP VHMVEVINKL GRI QRELLQ DLGREPTPEE LAKEMDITPE KVLEIQQYAR EPISLDQTIG DEGDSQLGDF IEDSEAVVAV DAVSFTLLQD QLQS VLETL SEREAGVVRL RFGLTDGQPR TLDEIGQVYG VTRERIRQIE SKTMSKLRHP SRSQVLRDYL D

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

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分子 #6: Helicase

分子名称: Helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 81.298078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGRDYEDEL QSERDYVAGL YARLDAERAQ SQRRYAAALR EHGGTAVERD AEVRALAKDI ARLNVADNGL CFGRLDTLDD ARLYIGRLG IFDRDNDFEP LLLDWRAPMA RPFYVATAAN PENMRRRRQF HTLGRKVVDF TDEILGRPTG AEHDATNDAA L LAAVNAPR ...文字列:
MSGRDYEDEL QSERDYVAGL YARLDAERAQ SQRRYAAALR EHGGTAVERD AEVRALAKDI ARLNVADNGL CFGRLDTLDD ARLYIGRLG IFDRDNDFEP LLLDWRAPMA RPFYVATAAN PENMRRRRQF HTLGRKVVDF TDEILGRPTG AEHDATNDAA L LAAVNAPR GEGMRDIVAT IQAEQDQVIR LDHTGVLVIE GGPGTGKTVV ALHRVAYLLY TYRKQMERHG VLVVGPTPAF LD HIGRVLP SLGESDAVFM TPGDFVPGLH VTAEDTPEAA EVKGSLKILD VLKAAVADRQ ELPSEPIPID LSDVTMRIDA ETA KWARDE ARKTGLPHNE ARAEFVDVVT YVVTERAVAR IGRGWLTRDD KHAWEKMRAD VVGELEDHEQ FNAALDALWP ILTP EDVLA QLYTSHERLR AAGAPECLWR ADGEAWTVSD VPLLDELVDL LGRNKAADEA AERERREEEA YAAGVLDLMV DREDL MDDE DHLLAQDLID AEELADRFKE QDNRELSERA AADREWTYGH VVVDEAQELS EMDWRLLMRR CPRRSFTIVG DLAQRR SPA GARSWGAMLD SYVPGRWVYK SLSVNYRTPA EIMAVAAAVL AEFAPDATPP DSVRACGVAP WARQVTDDDI ASAIAEF VS EEAGREGTSV VIGPPDVPGT VPPSETKGLE FDAVLVVEPE RILADGPRGA AELYVALTRA TQRLGVLYRD ALPQALAG L AEGDAAATVE QRTSA

UniProtKB: Helicase

+
分子 #7: RNA polymerase-binding protein RbpA

分子名称: RNA polymerase-binding protein RbpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.078731 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MADRVLRGSR LGAVSYETDR NHDLAPRQVA RYRTDNGEEF DVPFADDAEI PGTWLCRNGL EGTLIEGDVP EPKKVKPPRT HWDMLLERR SVEELEELLK ERLDLIKAKR RGTGS

UniProtKB: RNA polymerase-binding protein RbpA

+
分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6yxu

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57499
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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