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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18504 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba - Map F | ||||||||||||||||||
マップデータ | Map F, sharpened. | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription / Chloroplasts / Gene Expression / RNA / Polymerase | ||||||||||||||||||
生物種 | Sinapis alba (シロガラシ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | do Prado PFV / Ahrens FM / Pfannschmidt T / Hillen HS | ||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Structure of the multi-subunit chloroplast RNA polymerase. 著者: Paula F V do Prado / Frederik M Ahrens / Monique Liebers / Noah Ditz / Hans-Peter Braun / Thomas Pfannschmidt / Hauke S Hillen / 要旨: Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase ...Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase (PEP), a nearly 1 MDa complex composed of core subunits with homology to eubacterial RNA polymerases (RNAPs) and at least 12 additional chloroplast-specific PEP-associated proteins (PAPs). However, the architecture of this complex and the functions of the PAPs remain unknown. Here, we report the cryo-EM structure of a 19-subunit PEP complex from Sinapis alba (white mustard). The structure reveals that the PEP core resembles prokaryotic and nuclear RNAPs but contains chloroplast-specific features that mediate interactions with the PAPs. The PAPs are unrelated to known transcription factors and arrange around the core in a unique fashion. Their structures suggest potential functions during transcription in the chemical environment of chloroplasts. These results reveal structural insights into chloroplast transcription and provide a framework for understanding photosynthesis gene expression. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18504.map.gz | 306.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18504-v30.xml emd-18504.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18504.png | 10.9 KB | ||
マスクデータ | emd_18504_msk_1.map | 325 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18504.cif.gz | 4.2 KB | ||
その他 | emd_18504_additional_1.map.gz emd_18504_half_map_1.map.gz emd_18504_half_map_2.map.gz | 164.1 MB 301.9 MB 301.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18504 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18504 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18504_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18504_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18504_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18504_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18504 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18504 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18504.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Map F, sharpened. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18504_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map F, unsharpened.
ファイル | emd_18504_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map F, unsharpened. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Map F, half map A.
ファイル | emd_18504_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map F, half map A. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Map F, half map B.
ファイル | emd_18504_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Map F, half map B. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)
全体 | 名称: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP) |
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要素 |
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-超分子 #1: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)
超分子 | 名称: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17 |
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由来(天然) | 生物種: Sinapis alba (シロガラシ) |
分子量 | 理論値: 1 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.7 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123874 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |